Aucune disposition législative ou réglementaire ne subordonnant le bénéfice des droits statutaires à congé de maladie à l’installation effective de l’agent, l’agent qui est absent le jour de sa nomination, pour sa première affectation, en raison d’un congé de maladie, est considéré comme étant juridiquement en position d’activité (cf. C.A.A. Versailles, 5 février 2008, n° 06VE01850). Compte tenu, notamment, des dispositions de l’article 6 de la loi n° 83-634 du 13 juillet 1983 portant droits et obligations des fonctionnaires, prohibant les discriminations liées à l’état de santé, et de la jurisprudence européenne, l’intéressé sera nommé à la date initialement prévue et placé simultanément en congé de maladie ordinaire, comme cela peut se faire pour les agents nommés pendant un congé de maternité. La décision de nomination peut valablement être prise au jour de la prise effective de ses fonctions, sans que cela ait pour effet de différer la date de nomination et de rémunération en tant que fonctionnaire. 

De même, le fonctionnaire territorial affecté dans un service ou une partie de service chargé de la mise en oeuvre de compétences transférées d'une commune à un établissement public de coopération intercommunale (EPCI) et bénéficiaire d'un congé de maladie à la date du transfert de compétences doit être regardé, pour l'application de l'article L. 5211-4-1 du code général des collectivités territoriales (CGCT), comme remplissant en totalité ses fonctions dans le service ou la partie de service concerné par le transfert de compétences, nonobstant l'interruption d'activité qui résulte de son congé légal. Dans cette hypothèse, l'établissement public verse au fonctionnaire son traitement dans les conditions prévues par les dispositions précitées du 2° de l'article 57 de la loi n° 84-53 du 26 janvier 1984 et, le cas échéant, pourvoit à son reclassement en cas d'inaptitude temporaire ou définitive consécutive à l'accident de service qui a justifié le placement en congé de maladie.

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