La Cour administrative d'appel de Versailles a rappelé « qu'un fonctionnaire ne peut exercer, lorsqu'il est placé en congé de maladie ou de longue maladie, un travail rémunéré » (arrêt n° 03VE01708 du 13 décembre 2005). L'article 28 du décret précité prévoit une seule exception : l'agent en congé de longue maladie ou de longue durée peut pratiquer « les activités ordonnées et contrôlées médicalement au titre de la réadaptation ». Le juge administratif a précisé que « la simple recommandation médicale d'exercer une activité ne saurait faire regarder celle-ci comme ordonnée et contrôlée » (CAA Nancy 5 juillet 2010, req. n° 09NC01630). Il en résulte que cette activité doit faire l'objet d'une prescription délivrée par un médecin.
Ainsi, en cas d'accord entre l'administration, l'agent, le médecin de prévention et le médecin traitant de l'agent, voire le cas échéant après avis du comité médical ou de la commission de réforme, l'agent peut être admis à exercer une activité minime dans son administration et sous contrôle médical, en vue d'une réadaptation professionnelle. Il ne s'agit pas d'un exercice des fonctions à temps partiel thérapeutique ni même d'une étape préalable à l'examen d'une éventuelle inaptitude au poste ou aux fonctions du fonctionnaire. Par exemple, les activités ordonnées et contrôlées médicalement peuvent conduire à ce que l'agent reprenne une activité de très faible importance dans son service afin d'éviter un risque de désinsertion professionnelle. L'agent demeure placé en congé de longue maladie ou de longue durée et perçoit en conséquence la rémunération afférente à cette situation administrative.