L’agent territorial est placé en congé de maladie ordinaire dans les conditions de droit commun.

Suivant la situation de l’agent au regard de ses droits à congé de maladie ordinaire, il percevra son plein traitement ou son demi-traitement.

La loi n°2020-290 du 23 mars 2020 d’urgence pour faire face à l’épidémie de covid-19 supprime, à compter de sa date de promulgation (24 mars 2020) le délai de carence pour tous les arrêts de travail liés à une maladie dans l'ensemble des régimes (régime général, régime agricole et régimes spéciaux dont la fonction publique) pendant la durée de l'état d'urgence sanitaire (article 8 de la loi).

Les personnes malades percevront donc, de manière exceptionnelle, une indemnité journalière ou le maintien de leur traitement dès le 1^er jour de leur arrêt de travail. C'est une situation dérogatoire par rapport à la situation habituelle, qui prévoit un délai de carence de trois jours pour les indemnités journalières et d'un jour pour le maintien du traitement dans la fonction publique.

Désormais, tous les arrêts de travail, qu'ils soient liés au covid-19 ou non, sont indemnisés dès le 1^er jour d'arrêt, que cela soit pour les personnes atteintes d'une pathologie, les personnes vulnérables qui présentent un risque accru de développer une forme grave d'infection au covid-19 ou encore les parents contraints de garder leur(s) enfant(s) de moins de 16 ans du fait de la fermeture de leur établissement scolaire ou de leur crèche. V. d) ci-après.

Par principe, le maintien du régime indemnitaire, en cas de congé de maladie ordinaire, doit être expressément prévu par une délibération de la collectivité ou de l’établissement public.

Compte tenu du caractère exceptionnel de la situation sanitaire et de son impact sur la situation individuelle des agents publics, les collectivités et leurs groupements sont invitées, le cas échéant, à délibérer afin de permettre le maintien du régime indemnitaire des agents territoriaux placés en congé de maladie ordinaire atteints du coronavirus. Ainsi une délibération ultérieure en ce sens pourra, à titre exceptionnel, revêtir un caractère rétroactif à compter du 1^er février 2020.

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