En vertu de l'article 108-2 de la loi n° 84-53 du 26 janvier 1984 portant dispositions statutaires relatives à la fonction publique territoriale, le service de médecine préventive a pour mission d'éviter toute altération de l'état de santé des agents du fait de leur travail, notamment en surveillant les conditions d'hygiène du travail, les risques de contagion et l'état de santé des agents. À cet effet, les agents font l'objet d'une surveillance médicale et sont soumis à un examen médical périodique au minimum tous les deux ans, en application de l'article 20 du décret n° 85-603 du 10 juin 1985 relatif à l'hygiène et à la sécurité du travail ainsi qu'à la médecine professionnelle et préventive dans la fonction publique territoriale.

Le médecin de prévention effectue un suivi médical personnalisé de l'agent visant à vérifier, dans la durée, la compatibilité de l'état de santé de l'agent avec les conditions de travail liées au poste occupé par l'agent. En plus de cet examen médical minimum, le médecin de prévention exerce une surveillance médicale particulière à l'égard de certaines catégories de personnels en vertu de l'article 21 du décret du 10 juin 1985 précité (personnes reconnues travailleurs handicapés, les femmes enceintes, les agents réintégrés après un congé de longue maladie ou de longue durée, les agents occupant des postes dans des services comportant des risques spéciaux, notamment ceux recensés dans les fiches de risques professionnels, les agents souffrant de pathologies particulières).

Le médecin de prévention définit la fréquence et la nature de ces visites médicales. L'examen médical périodique et la surveillance médicale particulière présentent un caractère obligatoire. L'autorité territoriale dont relève le médecin s'assure du bon suivi de cette surveillance médicale, notamment par le biais des convocations. Actuellement, l'employeur n'a juridiquement aucun moyen d'imposer à un agent une visite médicale afin d'apprécier son aptitude à occuper ses fonctions. Ce point pourrait être abordé dans le cadre de la modification des dispositions relatives à la médecine de prévention, qui sera engagée au second semestre 2020. Toutefois, le tribunal administratif de Paris a pu considérer, pour la fonction publique de l'Etat, que les dispositions de l'article 24 du décret du 14 mars 1986 relatif à la désignation des médecins agréés, à l'organisation des comités médicaux et des commissions de réforme, aux  conditions d'aptitude physique pour l'admission aux emplois publics et au régime de congés de maladie des fonctionnaires « ne subordonnent pas la mise en congé de maladie à une demande du fonctionnaire et ne sauraient donc par elles-mêmes faire obstacle à ce qu'un fonctionnaire soit placé d'office dans cette position dès lors que sa maladie a été dûment constatée et qu'elle le met dans l'impossibilité d'exercer ses fonctions. Ainsi, lorsque l'administration a engagé une procédure de mise en congé de longue maladie conformément à l'article 34 du décret du 30 juillet 1987, elle peut, à titre conservatoire et dans l'attente de l'avis du comité médical sur la mise en congé de longue maladie, placer l'agent concerné en congé d'office lorsque la maladie de l'agent a été dûment constatée et le met dans l'impossibilité d'exercer ses fonctions » (TA Paris 20 décembre 2018, 36-07-10).

Les dispositions sont identiques dans la fonction publique territoriale et les articles 14 et 24 du décret n° 87-602 du 30 juillet 1987 pris pour l'application de la loi n° 84-53 du 26 janvier 1984 portant dispositions statutaires relatives à la fonction publique territoriale et relatif à l'organisation des comités médicaux, aux conditions d'aptitude physique et au régime des congés de maladie des fonctionnaires territoriaux sont analogues aux articles 24 et 34 du décret du 14 mars 1986 précité.