Deux cas sont à distinguer :
1) les employeurs publics dont les agents relèvent du régime général (contractuels de droit public, fonctionnaires dont la durée de travail est inférieure à 28 heures hebdomadaires) peuvent demander à l'assurance maladie le remboursement des indemnités journalières correspondant aux arrêts de travail dérogatoires pour les agents considérés comme vulnérables, placés en ASA. Cette prise en charge s’opère via le dispositif de droit commun de remboursement des IJSS soit directement en cas de subrogation, soit indirectement par compensation sur la rémunération suivante de l'agent qui les a perçues.
2) Les employeurs publics dont les agents relèvent du régime spécial CNRACL, ne peuvent plus avoir recours au dispositif dérogatoire mis en place dans le cadre de la première période de confinement et demander à l'assurance maladie le remboursement des indemnités journalières correspondant aux arrêts de travail dérogatoires pour les agents considérés comme vulnérables, et qui auraient été placés en ASA.
Questions réponses relatives à la prise en compte dans la fonction publique territoriale de l’évolution de l’épidémie de Covid-19 (Version mise à jour au 18 février 2021)