Une collectivité ne peut prévoir par délibération le maintien du versement de l’indemnité de fonctions, de sujétions et d'expertise (IFSE), dans les mêmes proportions que le traitement, à ses agents placés en congé de longue maladie (CLM), de longue durée (CLD) et de grave maladie (CGM) sans méconnaître le principe de parité entre les fonctions publiques.

En effet, ces conditions d’attribution instaurent, au profit des agents de la collectivité, une situation plus favorable que celle des fonctionnaires de l'Etat définie par le décret n° 2010-997 du 26 août 2010 relatif au régime de maintien des primes et indemnités des agents publics de l'Etat et des magistrats de l'ordre judiciaire dans certaines situations de congés.

Une cour administrative d’appel s’était précédemment prononcée en sens contraire : « Si aucune disposition légale ou réglementaire ne prévoit le maintien du versement des indemnités attachées à l'exercice des fonctions pendant les périodes de CLM ou de CLD, il n'y en a pas davantage qui fasse obstacle à ce qu'une collectivité territoriale puisse légalement, lorsque des circonstances particulières lui paraissent le justifier, procéder à un tel maintien. La circonstance que les conditions d'attribution de l'IFSE soient, de ce seul point de vue, plus avantageuses que celles dont bénéficient les agents de l'Etat exerçant des fonctions équivalentes n'est pas, par elle-même, de nature à établir que la somme de la part IFSE et de la part CIA du RIFSEEP dépasserait le plafond global des primes octroyées aux agents de l'Etat, ni que, par conséquent, ce régime indemnitaire méconnaîtrait le principe de parité entre les agents relevant des diverses fonctions publiques » (CAA Nancy n° 19NC00326 du 17 novembre 2020). Dans cette affaire, l’État s’est pourvu en cassation

La DGCL s’était exprimée dans le même sens que la Cour administrative d’appel de Paris dans l’arrêt commenté du 9 avril 2021 en estimant que l’organe délibérant ne peut instituer des règles plus favorables que celles prévues par le décret n° 2010-997 du 26 août 2010 (foire aux questions (FAQ) consacrée à la mise en œuvre dans les collectivités territoriales du RIFSEEP).

Pour rappel, aux termes de ce texte, le bénéfice des primes est maintenu aux agents de l’Etat dans les mêmes proportions que le traitement pendant le congé annuel, le congé de maladie ordinaire, le congé pour invalidité temporaire imputable au servie (CITIS), le congé de maternité, de paternité et accueil de l’enfant ou d’adoption.

Il faut par ailleurs noter que depuis le 31 juillet 2021, les agents de l’Etat placés en temps partiel pour raison thérapeutique bénéficient du maintien du régime indemnitaire dans les mêmes proportions que le traitement, soit de la totalité des primes (décret n° 2021-997 du 28 juillet 2021).

Jusqu’à présent, le ministère de la fonction publique considérait que dans cette situation, les fonctionnaires conservaient leur régime indemnitaire au prorata de la durée effective de service (circulaire NOR : CPAF1807455C du 15 mai 2018).

Compte tenu de la portée du principe de parité précisée par l’arrêt de la Cour administrative d’appel de Paris, les collectivités territoriales peuvent désormais prévoir, par délibération, le maintien de la totalité du régime indemnitaire des agents bénéficiant du temps partiel thérapeutique.

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