La circulaire du ministre de l'intérieur NOR COTB1117639C en date du 8 juillet 2011 précise qu'il appartient à l'autorité territoriale d'accorder automatiquement le report des congés annuels non pris pour cause de maladie.

Ainsi que l'ont rappelé plusieurs réponses ministérielles (réponse n° 08187, publiée au JO Sénat du 28 février 2019 et réponse n° 39414, publiée au JO de l'Assemblée nationale le 11 janvier 2022), les agents territoriaux qui n'ont pas pu prendre leurs congés annuels pour cause de maladie peuvent reporter ces congés annuels non pris, dans les conditions fixées par la jurisprudence de la Cour de justice de l'Union européenne (notamment, arrêt C-350/06 et C-520/06 du 20 janvier 2009) et la jurisprudence administrative (notamment, décisions du Conseil d'État du 26 avril 2017, n° 406009 et du 14 juin 2017, n° 391131).

 À ce titre, le juge communautaire estime d'une part, qu'une demande présentée au-delà d'une période de quinze mois qui suit l'année au titre de laquelle les droits à congés ont été ouverts peut être rejetée par l'employeur et, d'autre part, que le report doit s'exercer dans la limite d'un congé annuel de quatre semaines. Le respect de ces conditions s'impose à tous les employeurs et agents publics. La prise des congés annuels reportés est soumise, comme toute demande de congés, à l'accord de l'employeur.

L'autorité territoriale peut fixer le calendrier des congés dans l'intérêt du service. Ainsi, l'article 3 du décret n° 85-1250 du 26 novembre 1985 relatif aux congés annuels des fonctionnaires territoriaux dispose que le calendrier des congés annuels est fixé, par l'autorité territoriale, après consultation des fonctionnaires intéressés, compte tenu des fractionnements et échelonnements de congés que l'intérêt du service peut rendre nécessaires. En ce sens, il est de jurisprudence constante d'une part, que les dates de ces congés restent soumises à l'accord exprès du chef de service (Cour administrative d'appel de Bordeaux, 6 novembre 2003, n° 99BX02762) et d'autre part, que tout refus de congé doit se fonder sur les nécessités de service (Cour administrative d'appel de Nantes, 25 avril 2013, n° 12NT00320).

De plus, l'exercice effectif des droits à congé est subordonné à une demande de la part de l'agent, le Conseil d'État rappelant qu'aucune disposition n'autorise une autorité hiérarchique à placer d'office un agent en congé annuel (Conseil d'État, 25 juin 2014, n° 354376).

Par ailleurs, le juge administratif a admis que l'administration est en droit d'aménager, dans l'intérêt du service, la période durant laquelle les congés annuels peuvent être pris (Cour administrative d'appel de Bordeaux, 13 juillet 2000, n° 96BX01489).

La Haute assemblée considère ainsi que l'intérêt du service peut justifier qu'un chef de service impose à ses agents un calendrier des congés (Conseil d'État, 14 octobre 2015, n° 387347).

L'agent en congé de maladie ordinaire a la possibilité d'alimenter son compte épargne-temps (CET) dans les conditions de droit commun (réponse ministérielle à la question écrite n° 07811, publiée au JO Sénat du 21 février 2019).

En cas de litige entre l'agent et l'autorité hiérarchique, portant sur les conditions d'alimentation du CET, aux termes de l'article 10 du décret n° 2004-878 du 26 août 2004 relatif au compte épargne-temps dans la fonction publique territoriale, « tout refus opposé à une demande de congés au titre du compte épargne-temps doit être motivé ». Dans cette hypothèse, ce même article 10 prévoit que l'agent peut former un recours devant l'autorité dont il relève, qui statue après consultation de la commission administrative paritaire.

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