Lorsque les élus locaux qui exercent une activité professionnelle au sein du secteur privé sont placés en congé maladie, ils perçoivent des indemnités journalières.

Le bénéfice de ces indemnités journalières est alors subordonné au respect des dispositions de l'article L. 323-6 du code de la sécurité sociale : le salarié doit observer les prescriptions du praticien, se soumettre aux contrôles organisés par le service du contrôle médical, respecter les heures de sorties autorisées par le praticien et s'abstenir de toute activité non autorisée.

Afin de sécuriser juridiquement le versement des indemnités journalières aux élus locaux placés en arrêt maladie, la loi n° 2019-1461 du 27 décembre 2019 relative à l'engagement dans la vie locale et à la proximité de l'action publique, a précisé au sein de ce même article que « les élus locaux peuvent poursuivre l'exercice de leur mandat, sous réserve de l'accord formel de leur praticien ».

Dans la mesure où ils ne relèvent pas du régime général de la sécurité sociale, les fonctionnaires placés en congé maladie ne sont pas concernés par le bénéfice des indemnités journalières. Les règlements qui régissent leurs statuts prévoient, selon la nature du congé, le maintien des droits à traitement selon des durées et modalités adaptées. Ainsi, un fonctionnaire placé en congé de maladie ordinaire peut conserver l'intégralité de son traitement pendant trois mois, puis conserver un demi-traitement pendant les neuf mois suivants.

Toutefois, aux termes de l'article 25 du décret n° 86-442 du 14 mars 1986 modifié relatif à la désignation des médecins agréés, à l'organisation des comités médicaux et des commissions de réforme, aux conditions d'aptitude physique pour l'admission aux emplois publics et au régime de congés de maladie des fonctionnaires : « l'administration peut faire procéder à tout moment à la contre-visite du demandeur par un médecin agréé ; le fonctionnaire doit se soumettre, sous peine d'interruption du versement de sa rémunération, à cette contre-visite ».

Des dispositions identiques sont prévues pour la fonction publique territoriale et la fonction publique hospitalière. Le fonctionnaire qui ne se soumet pas à cette contre-visite voit le versement de sa rémunération interrompu. C'est pourquoi il est fortement recommandé à l'élu concerné de demander au praticien à l'origine de l'arrêt de maladie l'autorisation d'exercer son mandat, afin de pouvoir, le cas échéant, justifier ses absences et sécuriser juridiquement sa situation.

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