La procédure disciplinaire est caractérisée par le respect des droits de la défense. Lorsque le Conseil de Discipline examine une afffaire, son président indique aux autres membres, en début de séance, les conditions dans lesquelles le fonctionnaire et ses conseils ont eu communication intégrale du dossier individuel et des pièces annexes. Le rapport de l'employeur et les observations écrites de l'agent sont lues en séance.
Le Conseil de Discipline entend séparément chaque témoin cité. Son président peut néanmoins décider de confronter des témoins ou d'entendre à nouveau certains d'entre eux (aticle 9 du décret n° 89-677 du 18 septembre 1989). La méconnaissance de ces garanties peut entraîner l'annulation de la procédure pour vice de forme, sauf si l'intéressé a en accepté préalablement le principe.