La Haute autorité de lutte contre les discriminations et pour l'égalité (la HALDE) a la charge de lutter, depuis le 1er janvier 2005, contre toutes les formes de discrimination. Elle peut être saisie par une personne qui s'estime victime d'une telle situation, ou prendre elle-même en charge la gestion d'une discrimination dont elle aurait connaissance (loi n° 2004-1486 du 30 décembre 2004).
Une diminution du régime indemnitaire fondée sur l'état de santé des agents constitue une discrimination. La HALDE rappelle qu'une jurisprudence du Conseil d'État proscrit les modulations qui introduisent des distinctions fondées sur les motifs d'absence ou leur durée.
La loi (article 6 de la loi n° 83-634 du 13 juillet 1983) prohibe toute distinction directe ou indirecte entre les fonctionnaires sur ce fondement. La sanction d’une discrimination fondée sur l'état de santé avait déjà fait l’objet d’une décision rendue par la Cour de cassation à propos d'une augmentation salariale (n° 04-45.733 du 7 février 2006). Relevons, néanmoins, que dans les collectivités locales aucune disposition n'autorise le maintien aux agents absents d’une fraction quelconque du régime indemnitaire ; la loi n'organisant que la continuité du traitement (CAA Marseille n° 00MA01833 Mme X du 10 juin 2003).