A l’issue de la période de travail à temps partiel, les intéressés qui demeurent en congé maladie recouvrent les droits des agents exerçant leurs fonctions à temps plein. L’autorisation d’accomplir un service à temps partiel est suspendue pendant la durée du congé de maternité, de paternité et du congé pour adoption. Les bénéficiaires de tels congés sont rétablis, pour la durée de ces congés, dans les droits des agents exerçant leurs fonctions à temps plein.
Une jurisprudence du CE n° 150103 du 2 février 1996, CHR d’Angers, précise que dans l’hypothèse où l’agent sollicite, alors qu’il demeure placé en congé de maladie, le renouvellement de son autorisation de travail à temps partiel, l’administration pouvait légalement accepter le renouvellement de celle-ci bien que l’intéressé reste placé en maladie.