L'article 28 de la loi n° 83-634 du 13 juillet 1983 portant droits et obligations des fonctionnaires et constituant le titre premier du statut général pose pour principe que : « Tout fonctionnaire, quel que soit son rang dans la hiérarchie, est responsable de l'exécution des tâches qui lui sont confiées. Il doit se conformer aux instructions de son supérieur hiérarchique, sauf dans le cas où l'ordre donné est manifestement illégal et de nature à compromettre gravement un intérêt public. ».

Il résulte de ces dispositions que la subordination hiérarchique impose au fonctionnaire de se soumettre au contrôle de l'autorité supérieure compétente, de faire preuve de loyauté dans l'exercice de ses fonctions et de respecter les lois et règlements de toute nature. Il ne peut donc être ordonné au fonctionnaire d'accomplir des actes qui sont contraires aux lois ou qui constituent des crimes ou délits et, selon les jurisprudences de la chambre criminelle de la Cour de cassation et du Conseil d'État, l'exécution d'un ordre qui constitue une infraction pénale n'est, pour l'agent public, ni un fait justificatif ni une excuse.

Lorsque l'agent public ne peut avoir de doute sur la violation sérieuse des lois qu'il risque de compromettre en obéissant à un ordre donné par un supérieur hiérarchique, il ne commettra aucune faute disciplinaire en refusant de l'exécuter. Si, en règle générale, le refus d'obéissance est de nature à justifier une sanction disciplinaire, il est des cas où la désobéissance peut devenir un devoir. Il est même des cas où l'obéissance justifiera une poursuite pénale ou une sanction disciplinaire et sera considérée comme un manquement à l'honneur ou à la probité et sanctionnée comme telle.

Enfin, dans le cas où il y aurait abus d'autorité tel que défini par le code pénal, l'obéissance hiérarchique est une excuse absolutoire qui entraîne une exemption de la peine qui sera alors infligée au supérieur.

Source : Q.E. n° 49 504 - J.O. A.N. du 18/08/2009