Le décret n° 85-1250 du 26 novembre 1985 relatif aux congés annuels des fonctionnaires territoriaux prévoit la possibilité de reporter l’année suivante le congé dû, sur la base d’une « autorisation exceptionnelle » de l’autorité territoriale.

Or , une Circulaire NOR COTB1117639C du 8 juillet 2011 prend désormais en compte pour la fonction publique territoriale les conséquences de l’arrêt de la Cour de justice de l’Union européenne (CJUE) du 20 janvier 2009 concernant l’incidence des congés maladie sur les congés annuels payés. Selon cet arrêt, la directive 2003/88/CE du Parlement européen et du Conseil du 4 novembre 2003 concernant certains aspects de l'aménagement du temps de travail   s'oppose à ce que des dispositions nationales privent un salarié de la possibilité de prendre tout ou partie de ses congés annuels payés, alors qu’il a été placé en congé maladie sur la fin de la période de référence.

Au vu de ces éléments, il appartient à l’autorité territoriale d’accorder automatiquement le report des congés annuels au titre de l’année écoulée à l’agent qui, du fait de l’un des congés de maladie prévus par l’article 57 de la loi du 26 janvier 1984 (congé de maladie ordinaire, congé pour accident de service ou maladie professionnelle, congé de longue maladie, congé de longue durée) n’a pas pu prendre tout ou partie dudit congé au terme de la période de référence.

A noter que tout comme celle concernant l’Etat, cette circulaire ne tranche pas explicitement la question du nombre de jours reportés après un congé de longue maladie ou de longue durée.

Par ailleurs, en ne prévoyant pas la possibilité de verser une indemnité de congés payés non pris dans cette circonstance avant la cessation définitive des fonctions (le juge européen s’est opposé en 2003 à ce que des dispositions nationales prévoient que, lors de la fin de la relation de travail, aucune indemnité financière de congé annuel payé non pris n'est payée au travailleur qui a été en congé de maladie durant tout ou partie de la période de référence et/ou d'une période de report),  le statut de la fonction publique n'est pas conforme au droit européen.

Dans le cas des agents non titulaires, le décret n°88-145 du 15 février 1988 qui limite les cas de versement de l'indemnité de congés payés (impossibilité de prise de congés du fait de l’administration avant un licenciement non disciplinaire ou une fin de contrat) n'est pas davantage conforme au droit communautaire.

Source CIG