Aux termes de l'article 115 de la loi n° 2010-1657 du 29 décembre 2010 de finances pour 2011, « la période pendant laquelle le fonctionnaire relevant de la loi n° 83-634 du 13 juillet 1983 portant droits et obligations des fonctionnaires ou l'agent non titulaire bénéficie d'un congé pour raison de santé ne peut générer de temps de repos lié au dépassement de la durée annuelle de travail ».

Une circulaire ministérielle n° NOR MFPF1202031C du 18 janvier 2012 a défini les modalités de mise en œuvre de l'article 115 précité. Il en résulte que l'acquisition de jours de réduction du temps de travail (RTT) est conditionnée à la réalisation de durées effectives de travail supérieures à la durée légale de travail, soit 35 heures hebdomadaires.

En vertu de l'article 4 du décret n° 2001-623 du 12 juillet 2001 pris pour l'application de l'article 7-1 de la loi n° 84-53 du 26 janvier 1984 et relatif à l'aménagement et à la réduction du temps de travail dans la fonction publique territoriale, l'organe délibérant de la collectivité ou de l'établissement détermine, après avis du comité technique compétent, les conditions de mise en place des cycles de travail.

Ainsi, les collectivités territoriales peuvent instaurer un cycle de travail annualisé sous réserve de respecter les règles relatives à la durée légale et aux garanties minimales. En l'absence de texte définissant les modalités de calcul de l'annualisation du temps de travail dans le versant territorial, il appartient aux collectivités territoriales d'effectuer régulièrement un décompte des heures effectivement réalisées afin de déterminer, au fil de l'eau et non en fin d'année, si l'agent dont le temps de travail est annualisé a effectué la totalité des heures correspondant à son temps de travail annuel.

 L'autorité territoriale doit, à ce titre, mettre en œuvre un décompte annualisé du temps de travail (Cour administrative d'appel de Lyon, 18 novembre 2019, n° 17LY03522). Elle peut ainsi élaborer des plannings individuels mensuels fixant les horaires de travail des agents annualisés et fixer des bornes quotidiennes et hebdomadaires entre lesquelles les horaires de chaque agent sont susceptibles de varier (Conseil d'État, 21 juin 2021, n° 437768).

En outre, la haute assemblée considère que l'autorité territoriale est compétente pour déterminer les conséquences des congés de maladie des agents dont le cycle de travail est annualisé en termes de calcul de leur temps de travail annuel effectif. Et d'ajouter « lorsque le cycle de travail repose sur l'alternance de journées de travail effectif tantôt inférieures à sept heures, tantôt supérieures à sept heures, correspondant, sur l'année, à un nombre total d'heures de travail effectif de 1 607 heures, (l'employeur) peut légalement retenir que l'agent en congé de maladie doit être regardé comme ayant effectué sept heures de travail effectives, quand bien même, selon la période du cycle de travail en cause, la journée de travail pour laquelle l'agent est en congé de maladie devait normalement comporter un nombre d'heures de travail effectives supérieur ou inférieur à sept heures. » (Conseil d'État, 4 novembre 2020, n° 426093).

De plus, le Conseil d'État estime également que le temps de travail excédant la durée forfaitaire de sept heures par jour, non réalisé du fait du congé de maladie peut être imputé sur le temps de travail effectif que doit réaliser ce même agent au-delà de la durée quotidienne de travail en période du cycle annuel où cette durée est en principe inférieure à sept heures par jour (décision précitée, n° 426093). La possibilité de récupérer des heures de travail lorsque l'arrêt de travail intervient lors d'un cycle bas durant lequel le temps de travail est inférieur à la durée hebdomadaire de travail est laissée, sous réserve d'une appréciation souveraine du juge, à la libre appréciation de l'employeur territorial.

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