Le Conseil commun de la fonction publique du 7 juillet 2026 a confirmé une rupture profonde entre le gouvernement, les organisations syndicales et une partie des employeurs publics. Le projet de décret réformant les congés pour raison de santé des agents publics a été rejeté à l’unanimité par les organisations syndicales représentatives.

Ce rejet ne constitue pas un simple désaccord technique. Il révèle une crise de confiance beaucoup plus large autour de la santé au travail, de la rémunération des agents malades, du temps partiel thérapeutique et du rôle de l’employeur public dans l’accompagnement des situations de fragilité.

1. Un vote de rupture au Conseil commun de la fonction publique

Le rejet unanime du projet de décret lors du Conseil commun de la fonction publique du 7 juillet 2026 marque une étape importante dans la dégradation du dialogue social national.

Une première opposition massive avait déjà été exprimée lors de la séance du 19 juin 2026. La reconvocation de l’instance n’a pas permis de rapprocher les positions. Au contraire, elle a confirmé l’ampleur du désaccord entre l’administration et les représentants du personnel.

Les organisations syndicales reprochent principalement au gouvernement de présenter une réforme structurante sans véritable négociation préalable. Elles considèrent que le texte modifie profondément les droits des agents malades, sans apporter de garanties suffisantes sur la prévention, l’accompagnement médical et le maintien dans l’emploi.

2. Ce que prévoit le projet de décret sur les congés maladie

Le projet de décret modifie plusieurs aspects importants de la gestion des congés pour raison de santé dans la fonction publique.

Il prévoit notamment un encadrement plus strict des prescriptions médicales. Le congé de maladie ordinaire initial serait limité à un mois maximum, tandis que chaque renouvellement serait plafonné à deux mois. Le médecin pourrait déroger à ces limites, mais uniquement à condition de justifier sa décision.

Le texte prévoit également que la prolongation de l’arrêt soit établie par le praticien à l’origine de la prescription initiale. À défaut, la prolongation pourrait être regardée comme un nouvel arrêt, avec le risque de déclencher un nouveau jour de carence.

Cette logique de fractionnement est présentée comme un outil de maîtrise des arrêts de travail. Mais elle soulève une difficulté majeure : elle peut multiplier les démarches administratives, les transmissions de justificatifs, les saisies de paie et les risques d’erreur.

3. Le temps partiel thérapeutique au cœur des inquiétudes

Le temps partiel thérapeutique est l’un des points les plus sensibles du projet de décret.

Ce dispositif constitue normalement un outil de maintien dans l’emploi. Il permet à un agent de reprendre progressivement son activité lorsque son état de santé ne lui permet pas encore d’exercer à temps complet.

Le projet de réforme introduit toutefois un délai d’instruction de trente jours lorsque le temps partiel thérapeutique est demandé sans arrêt préalable ou immédiatement après un congé maladie. Pendant ce délai, l’employeur peut solliciter un médecin agréé et, le cas échéant, saisir le conseil médical.

Les organisations syndicales craignent que ce mécanisme ne produise l’effet inverse de celui recherché. Un agent prêt à reprendre progressivement pourrait être contraint de prolonger son arrêt faute de réponse rapide de l’administration.

4. Des contrôles administratifs renforcés

Le projet de décret renforce également les possibilités de contrôle à domicile des agents en arrêt maladie.

L’autorité territoriale pourrait vérifier le respect des plages horaires de présence obligatoire prévues par l’arrêt de travail. En cas d’absence injustifiée lors d’une visite de contrôle, le versement de la rémunération pourrait être suspendu jusqu’au terme de l’arrêt en cours.

Cette mesure est particulièrement sensible. Pour les organisations syndicales, elle traduit une logique de suspicion à l’égard des agents malades. Pour les employeurs publics, elle soulève également des questions pratiques : organisation des contrôles, traçabilité, garanties procédurales, contestations éventuelles et articulation avec le secret médical.

5. Une réforme inscrite dans un climat social déjà dégradé

Le rejet du projet de décret ne peut être compris sans prendre en compte le contexte social de 2026.

Depuis le 1er mars 2025, les agents en congé de maladie ordinaire ne perçoivent plus l’intégralité de leur traitement pendant les trois premiers mois. La rémunération est désormais réduite à 90 %, ce qui représente une perte significative pour de nombreux agents, en particulier ceux des catégories les plus modestes.

À cette baisse s’ajoutent le maintien du jour de carence, le gel du point d’indice, la non-reconduction de la Garantie individuelle du pouvoir d’achat et la progression de l’indemnité différentielle liée au SMIC.

Pour les agents, ces mesures ne sont pas perçues séparément. Elles s’additionnent et nourrissent un sentiment global de déclassement, de défiance et de fragilisation de la protection statutaire.

6. Les difficultés pratiques pour les DRH publics

Au-delà du débat national, les directions des ressources humaines devront gérer concrètement les conséquences d’une éventuelle publication du décret.

Le fractionnement des arrêts de travail entraînera une augmentation du nombre de certificats à traiter, de décisions à saisir, de paies à ajuster et de contrôles à suivre. Les services RH devront aussi sécuriser les délais d’instruction du temps partiel thérapeutique et informer précisément les agents sur leurs droits et obligations.

La gestion des contractuels ajoutera une difficulté supplémentaire, notamment avec la subrogation des indemnités journalières. Les collectivités devront garantir la continuité des paiements, suivre les remboursements des organismes sociaux et éviter les erreurs de paie.

7. FAQ pratique pour les employeurs publics

Non. Il ne supprime pas les congés maladie, mais il en durcit plusieurs modalités de prescription, de renouvellement, de contrôle et de gestion administrative.

Oui, le projet prévoit un plafonnement de la prescription initiale à un mois, sauf justification médicale particulière.

Oui, chaque renouvellement serait limité à deux mois maximum, avec possibilité de dérogation motivée par le médecin.

Oui, dans certaines situations, l’administration disposerait d’un délai d’instruction de trente jours avant la mise en œuvre du temps partiel thérapeutique, notamment pour solliciter un avis médical agréé.

Oui, le projet prévoit une suspension de la rémunération en cas d’absence injustifiée lors d’un contrôle à domicile. Ce point devra toutefois être entouré de garanties procédurales précises pour éviter les contestations.

8. Préconisations stratégiques pour les décideurs publics

La santé des agents ne peut pas être traitée uniquement comme un levier budgétaire. Une réforme durable suppose de distinguer la maîtrise des arrêts injustifiés de la prévention de l’usure professionnelle, de la pénibilité et des pathologies chroniques.

Les employeurs publics doivent anticiper les impacts sur leurs logiciels de paie, leurs circuits de gestion des arrêts, leurs procédures de contrôle, leurs modèles de courrier et leurs relations avec les organismes sociaux.

Le temps partiel thérapeutique doit rester un outil de reprise progressive. Les collectivités auront intérêt à éviter les blocages inutiles et à privilégier un traitement rapide des demandes lorsque la situation médicale est suffisamment claire.

Plutôt que de concentrer les moyens sur le contrôle, les employeurs publics devraient investir davantage dans la prévention, l’ergonomie, l’accompagnement des agents fragilisés et la détection précoce des situations d’usure professionnelle.

Les collectivités devront expliquer les évolutions, écouter les inquiétudes des agents et distinguer clairement ce qui relève du cadre national de ce qui peut être aménagé localement dans une logique de prévention et de protection.

Conclusion

Le rejet unanime du projet de décret sur les congés maladie révèle une crise profonde du dialogue social dans la fonction publique.

Le sujet dépasse largement la technique statutaire. Il touche à la confiance, à la santé au travail, à la protection des agents fragilisés et à la capacité des employeurs publics à accompagner les parcours de maladie sans les transformer en parcours de suspicion.

Pour les DRH publics, l’enjeu est double : se préparer techniquement à une réforme possible, tout en conservant une approche humaine, préventive et juridiquement sécurisée de la santé au travail.

Une fonction publique attractive ne peut pas se construire sur la défiance envers ses agents malades. Elle doit au contraire renforcer la prévention, accompagner les reprises et protéger les agents les plus vulnérables.