Les primes et indemnités des agents publics pendant les périodes de congé de longue maladie et de congé de grave maladie étaient initialement suspendues.

L'article 2-1 du décret n°2010-997 du 26 août 2010, nouvellement créé par l'article 1 du décret n° 2024-641 du 27 juin 2024, prévoit désormais le maintien des primes et indemnités pendant ces périodes dans les proportions suivantes:

-33% la première année;

-60% les deuxièmes et troisième années.

Les collectivités territoriales et leurs établissements publics peuvent, en application du principe de parité prévu à l’article L. 714-4 du code général de la fonction publique et par délibération, après avis du comité social territorial, mettre en œuvre ces nouvelles dispositions permettant le maintien des primes et indemnités pendant les périodes de congé de longue maladie et de congé de grave maladie dans la limite des proportions prévues pour les agents de la fonction publique d’Etat. 

En application de l’article 2 du décret n° 2010- 997 du 26 août 2010 (Cet article ne s’applique qu’à la rémunération due à compter du 1erseptembre 2024 aux fonctionnaires placés en congés de longue maladie ou de longue durée), tel que modifié par l’article 1 du décret n°2024-641 du 27 juin 2024, la délibération peut également prévoir:

-le maintien des primes et indemnités acquises au titre de la période de congé pour maladie ordinaire lorsque, à la suite d’une demande présentée au cours de cette dernière, l’agent est placé en congé de longue maladie ou en congé de longue durée (ces primes et indemnités ne sont toutefois pas cumulables avec celles dues au titre du congé de longue maladie durant cette même période);

-le maintien des primes et indemnités acquises au titre de la période de congé de longue maladie rémunérée à plein traitement lorsque, à la suite de cette dernière, l’agent est placé en congé de longue durée (le maintien du régime indemnitaire demeure suspendu pendant ce dernier).

A noter enfin que ces nouvelles dispositions sont applicables pour la rémunération due à compter du 1er septembre 2024 aux fonctionnaires placés en congé de longue maladie et aux agents contractuels placés en congé de grave maladie. 

Les agents publics territoriaux peuvent donc déjà bénéficier de ces dispositions depuis le 1er septembre 2024 si une délibération votée par la collectivité territoriale ou l’établissement public entre la publication du décret du 27 juin 2024 et ladite date le prévoit. En revanche, une délibération votée postérieurement au 1er septembre 2024 ne peut pas prévoir d’effet rétroactif en application du principe de non-rétroactivité des actes administratifs.