Les salariés du régime général et les agents de la fonction publique disposent de deux régimes distincts en matière d'invalidité d'origine non-professionnelle. S'agissant de l'invalidité temporaire, les fonctionnaires de l'État peuvent bénéficier de l'allocation d'invalidité temporaire (AIT) dans les conditions prévues par les articles D. 712-13 à 18 du code de la sécurité sociale. Pour les deux autres versants de la fonction publique, ce droit est prévu à l'article 6 du décret n° 60-58 du 11 janvier 1960 relatif au régime de sécurité sociale des agents permanents des départements, des communes, et de leurs établissements publics n'ayant pas le caractère industriel ou commercial. Cette prestation est similaire à la pension d'invalidité du régime général : les agents sont classés en trois catégories par la caisse primaire d'assurance maladie et bénéficient de taux de remplacement identiques à ceux applicables aux salariés du privé. L'AIT est accordée à l'épuisement des congés maladie statutaires du fonctionnaire et le fonctionnaire est alors placé en position de disponibilité pour raisons de santé pendant une durée maximale de trois ans, quatre s'il est dans la capacité de reprendre son activité au cours de la quatrième année. Le fonctionnaire ne peut donc pas reprendre une activité et percevoir l'AIT.

D'autres dispositifs permettent de concilier le maintien en activité et une indemnisation au titre d'une incapacité temporaire, tel que le temps partiel thérapeutique, mais ce dernier est accordé pour une durée d'un an maximum pour les fonctionnaires. Le fonctionnaire, exerçant une quotité de travail comprise entre 50 et 90 %, bénéficie alors du maintien de l'intégralité de sa rémunération. L'incapacité permanente à l'exercice des fonctions en raison d'une invalidité ne résultant pas du service, sans possibilité de reclassement dans un autre corps, entraîne la radiation des cadres et la mise à la retraite anticipée pour invalidité, sans condition d'âge.

Dans ce cadre, le fonctionnaire bénéficie d'une pension de retraite calculée selon les règles de droit commun et sans décote. Le fonctionnaire dispose alors de la possibilité d'exercer une autre activité professionnelle, les règles du cumul emploi retraite permettant à l'ancien fonctionnaire invalide de cumuler sa pension et ses revenus d'activité sans plafonnement. Par ailleurs, les périodes d'arrêts maladie de longue durée peuvent être prises en compte pour l'ouverture du bénéfice de la retraite anticipée pour carrière longue (RACL). Ce dispositif, prévu à l'article L. 25 bis du code des pensions civiles et militaires de retraite (CPCMR), permet aux agents ayant commencé à travailler plus tôt que la moyenne et ayant accompli une certaine durée totale d'assurance, de partir à un âge anticipé par rapport à l'âge légal de droit commun. L'article D. 16-2 du même code précise les modalités de prise en compte des congés de maladie statutaire dans celle-ci. Aussi, le 2° du I de l'article D. 16-2 dispose que les périodes pendant lesquelles les fonctionnaires ont été placés en congé de maladie statutaire dans la limite de quatre trimestres sont réputées avoir donné lieu à cotisation. Ces règles sont identiques à celles appliquées au régime général pour les salariés du secteur privé. En outre, le 4° du II de ce même article prévoit que deux trimestres au titre de l'invalidité dans un autre régime obligatoire peuvent être réputés cotisés pour l'ouverture du bénéfice de la CNRACL.

Sans méconnaître les difficultés auxquelles sont confrontées les personnes atteintes par la maladie, il convient de rappeler que la retraite anticipée pour carrière longue se conçoit comme une dérogation au dispositif de droit commun permettant de bénéficier d'une pension. Le bénéfice de la retraite anticipée pour carrière longue ne saurait être ouvert que sous réserve d'une durée d'assurance témoignant d'une certaine durée de services effectifs accomplis par l'agent. Les périodes ne comportant pas l'accomplissement de services effectifs se voient ainsi appliquer un plafond, et cela dans le respect du principe de contributivité et de solidarité de notre système de retraites.  En outre, s'il n'est pas envisagé d'assouplir de nouveau les conditions de durée d'assurance nécessaires pour bénéficier de la RACL, ce dispositif a connu de récentes évolutions en faveur des assurés, en créant de nouvelles bornes d'âge pour y être éligible.

Le Gouvernement a pleinement conscience de la nécessité de mieux protéger les fonctionnaires malades et de mieux les accompagner vers une reprise d'activité. Dans la fonction publique de l'État, l'accord interministériel du 20 octobre 2023 relatif à l'amélioration des garanties en prévoyance (incapacité de travail, invalidité, décès) dans la fonction publique de l'État a ainsi prévu une réforme du dispositif de l'invalidité, au terme de laquelle le bénéficiaire sera autorisé à reprendre une activité en parallèle de la perception d'une pension d'invalidité pour les agents placés en catégorie 1. Pour la fonction publique territoriale, l'accord collectif national du 11 juillet 2023 portant réforme de la protection sociale complémentaire des agents publics territoriaux est venu renforcer ces garanties en proposant le versement d'une rente invalidité en complément de la pension de retraite. Ces garanties complémentaires visent le maintien à 90 % du dernier revenu net de l'agent en cas d'invalidité supérieure ou égale à 50 %, ou proportionnelle au taux d'invalidité si ce-dernier est inférieur à 50 %. Ces rentes sont versées en déduction des prestations de la caisse nationale de retraites des agents des collectivités locales (CNRACL). Grâce à cette couverture complémentaire en prévoyance obligatoire, les agents publics territoriaux invalides sont dorénavant mieux protégés.