1. Ce que change le décret du 16 septembre 2026

Le décret n° 2026-867 tire les conséquences de la réforme réduisant à un an la durée maximale dérogatoire d'indemnisation pour arrêt de travail des assurés qui en bénéficient et dont la participation aux frais de santé n'est pas limitée ou supprimée dans les conditions visées par les 3° et 4° de l'article L. 160-14 du Code de la sécurité sociale.

Le décret procède en conséquence à plusieurs modifications réglementaires du Code de la sécurité sociale, notamment de ses articles D. 382-25-2, D. 382-25-3, D. 622-10 et D. 712-26.

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2. Le maintien d'une durée de trois ans pour certaines ALD

La réforme comporte une exception essentielle : la durée maximale d'indemnisation de trois ans est maintenue pour les assurés atteints d'une affection de longue durée relevant des 3° et 4° de l'article L. 160-14 du Code de la sécurité sociale.

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3. Fonction publique : attention au champ d'application

C'est probablement le point qui appelle le plus de vigilance pour les employeurs territoriaux.

La notice du décret énumère notamment parmi les publics concernés les « fonctionnaires de l'État et magistrats bénéficiant d'une durée d'indemnisation dérogatoire », en dehors des personnes atteintes des affections de longue durée expressément préservées par le dispositif.

Le décret vise également, dans ses visas, l'article L. 822-6 du Code général de la fonction publique.

Pour une collectivité territoriale ou un établissement public local, la première étape consiste donc à identifier le régime juridique effectivement applicable à l'agent, plutôt qu'à transposer mécaniquement la nouvelle durée maximale d'indemnisation.

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4. Une entrée en vigueur au 15 octobre 2026

Le calendrier d'application constitue un autre élément important du décret.

Les nouvelles dispositions s'appliquent :

-aux arrêts de travail prescrits à compter du 15 octobre 2026 ;

-ainsi qu'aux arrêts de travail en cours au 15 octobre 2026 pour une incapacité de travail atteignant six mois à compter de cette date.

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5. Un régime transitoire à ne pas négliger

Le décret organise également la situation des personnes déjà engagées dans le dispositif avant l'entrée en vigueur de la réforme.

Les dispositions antérieures continuent de s'appliquer jusqu'au terme de la durée maximale de trois ans pendant laquelle l'indemnité journalière peut être servie aux assurés sociaux qui, au 15 octobre 2026, se sont vu reconnaître le bénéfice de la procédure prévue à l'article L. 324-1 du Code de la sécurité sociale et dont la participation n'est pas limitée ou supprimée au titre de l'article L. 160-14 du même code.

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6. Ce que les DRH territoriaux doivent retenir

Pour les services RH territoriaux, ce texte appelle avant tout une lecture juridiquement rigoureuse de son champ d'application.

Cette méthode permet d'éviter une erreur classique : considérer qu'une réforme portant sur les conditions ou la durée d'indemnisation par l'assurance maladie modifie nécessairement et dans les mêmes proportions les droits statutaires attachés au congé de maladie du fonctionnaire.

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Conclusion : une réforme importante, mais à ne pas transposer trop rapidement à la FPT

Le décret n° 2026-867 du 16 septembre 2026 concrétise une évolution significative : la réduction à un an de la durée maximale dérogatoire d'indemnisation dans les situations visées par la réforme, tout en maintenant une durée de trois ans pour certaines affections de longue durée.

Pour les professionnels des ressources humaines territoriales, l'enjeu est cependant ailleurs : ne pas confondre cette évolution du régime d'indemnisation avec une modification générale des droits statutaires à congé de maladie dans la fonction publique territoriale.

Chaque situation doit donc être examinée en fonction du statut de l'agent, du régime applicable, de la nature de l'arrêt et des dispositions transitoires.