Arrêts de travail : une durée d’indemnisation ramenée de 3 ans à 1 an dans certaines situations.

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Arrêts de travail : une durée d’indemnisation ramenée de 3 ans à 1 an dans certaines situations.

Le décret n° 2026-866 du 16 septembre 2026 modifie les règles applicables à la durée maximale dérogatoire d’indemnisation de certains arrêts de travail. Il renforce également le dispositif permettant de sanctionner l’obtention injustifiée de prescriptions d’arrêt de travail. Pour les employeurs territoriaux, une lecture précise du texte est indispensable : cette réforme de l’indemnisation ne doit pas être confondue avec une réduction générale des droits statutaires à congé de maladie des fonctionnaires territoriaux.

À retenir

Une durée maximale d’indemnisation de 1 an remplace, dans certaines situations, la durée dérogatoire de 3 ans.
La durée maximale de 3 ans est maintenue pour les assurés relevant des situations expressément prévues par le texte.
Une reprise du travail pendant 1 an permet, dans le nouveau régime concerné, de faire courir une nouvelle période d’indemnisation.
Le décret renforce parallèlement les possibilités de sanction en cas d’obtention injustifiée d’un arrêt de travail.
Les principales nouvelles règles d’indemnisation s’appliquent à compter du 15 octobre 2026, sous réserve des dispositions transitoires.

1. Ce que change le décret du 16 septembre 2026

Publié au Journal officiel du 18 septembre 2026, le décret n° 2026-866 du 16 septembre 2026 relatif à la durée maximale dérogatoire d'indemnisation pour arrêt de travail et à la sanction des abus intervient principalement sur deux sujets.

Le premier concerne la durée pendant laquelle les indemnités journalières peuvent être servies pour certaines affections relevant de la procédure prévue à l'article L. 324-1 du code de la sécurité sociale.

Le second concerne la lutte contre les prescriptions d'arrêts de travail injustifiés.

Point de vigilance : le décret ne supprime pas indistinctement la possibilité de bénéficier d'une indemnisation pendant trois ans. Le nouveau dispositif distingue plusieurs situations selon le régime dont relève l'assuré.

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2. Une durée maximale d’indemnisation ramenée à un an

La modification centrale concerne l'article R. 323-1 du code de la sécurité sociale.

Pour les affections donnant lieu à l'application de la procédure prévue à l'article L. 324-1, lorsque la participation de l'assuré aux frais de santé n'est pas limitée ou supprimée en application des 3° et 4° de l'article L. 160-14 du code de la sécurité sociale, la durée maximale pendant laquelle l'indemnité journalière peut être servie est désormais fixée à :

1 AN

Le décret précise également que la durée de reprise du travail au-delà de laquelle cette période d'un an peut courir à nouveau est elle-même fixée à un an.

Il s'agit donc d'une modification substantielle du régime dérogatoire d'indemnisation pour les assurés concernés.

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3. Dans quels cas les trois ans sont-ils maintenus ?

Le décret conserve cependant une durée maximale d'indemnisation de trois ans pour les affections donnant lieu à la procédure de l'article L. 324-1 lorsque la participation de l'assuré est limitée ou supprimée en application des 3° et 4° de l'article L. 160-14 du code de la sécurité sociale.

Dans cette situation :

la durée maximale pendant laquelle l'indemnité journalière peut être servie reste fixée à trois ans ;
la durée de reprise du travail permettant de faire courir à nouveau le délai de trois ans demeure fixée à un an.

En pratique : le décret instaure donc une distinction déterminante entre les assurés concernés. Toute analyse suppose de vérifier précisément la situation juridique de l'assuré avant de conclure à une durée maximale d'un an ou de trois ans.

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4. Arrêts injustifiés : le dispositif de sanction est renforcé

Le décret comporte un deuxième volet qui concerne directement la lutte contre les abus en matière d'arrêt de travail.

L'article R. 147-6 du code de la sécurité sociale est complété afin d'intégrer explicitement l'obtention d'une prescription d'arrêt de travail non justifié.

Le dispositif vise ainsi l'assuré qui abuse de sa qualité d'assuré social afin d'obtenir, de manière injustifiée, une prescription d'arrêt de travail sans lien avec son état de santé.

À ne pas confondre : cette disposition relève du dispositif de sanction prévu par le code de la sécurité sociale. Elle ne constitue pas, à elle seule, un nouveau fondement permettant à un employeur territorial de prononcer automatiquement une sanction disciplinaire contre un agent en arrêt de travail.

Pour l'employeur public, les éventuelles conséquences statutaires ou disciplinaires doivent donc toujours être appréciées au regard des règles propres à la fonction publique et des faits effectivement établis.

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5. Quelle date d’entrée en vigueur ?

Le calendrier d'entrée en vigueur mérite une attention particulière.

La disposition relative à la sanction de l'obtention d'une prescription d'arrêt de travail non justifié entre en vigueur le lendemain de la publication du décret.

Les principales dispositions modifiant le régime d'indemnisation s'appliquent, quant à elles, aux :

-arrêts de travail prescrits à compter du 15 octobre 2026 ;

-ainsi qu'aux arrêts de travail en cours au 15 octobre 2026 répondant aux conditions prévues par l'article 3 du décret.

Date à retenir 15 octobre 2026 Application des principales nouvelles règles d'indemnisation

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6. Des dispositions transitoires à ne pas négliger

L'article 3 du décret organise également le passage de l'ancien au nouveau régime.

Les anciennes dispositions des articles R. 323-1, R. 323-3, R. 323-3-1 et R. 331-2 du code de la sécurité sociale continuent notamment de s'appliquer jusqu'au terme de la durée maximale de trois ans aux assurés sociaux qui, au 15 octobre 2026, se sont déjà vu reconnaître le bénéfice de la procédure prévue à l'article L. 324-1 et répondent aux conditions précisées par le décret.

Conséquence opérationnelle : il ne suffit pas de connaître la date d'un arrêt de travail. Pour les situations en cours, il faut également vérifier si l'assuré bénéficie déjà de la procédure prévue à l'article L. 324-1 et déterminer le régime juridique qui lui demeure applicable.

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7. Fonction publique territoriale : attention à ne pas tirer une mauvaise conclusion

⚠️ Point de vigilance RH FPT

Ce décret ne doit pas être présenté comme ramenant de trois ans à un an la durée des congés de maladie des fonctionnaires territoriaux.

Le décret n° 2026-866 intervient principalement dans le champ du code de la sécurité sociale et modifie les règles relatives au service des indemnités journalières pour les assurés concernés.

Or, dans la fonction publique territoriale, trois notions doivent être juridiquement distinguées :

1. Le droit au congé

Il dépend du statut de l'agent et des règles statutaires applicables.

2. La rémunération

Elle obéit aux règles propres au régime applicable à l'agent pendant son absence.

3. L'indemnisation sociale

Elle relève, pour les agents concernés, des règles de sécurité sociale modifiées par le décret.

Cette distinction est particulièrement importante dans une collectivité employant des agents relevant de situations statutaires différentes.

Les conséquences pratiques du décret doivent donc être appréciées en fonction du statut de l'agent et du régime de protection sociale effectivement applicable.

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8. Que doivent faire concrètement les services RH ?

Pour les employeurs territoriaux, l'enjeu n'est donc pas seulement de connaître la nouvelle durée d'un an. Il est surtout de déterminer quels agents et quelles situations sont effectivement concernés.

À compter du 15 octobre 2026, plusieurs vérifications apparaissent nécessaires :

1. Identifier le statut de l'agent : fonctionnaire ou agent contractuel, notamment.

2. Distinguer les droits statutaires de l'indemnisation de sécurité sociale afin d'éviter toute réduction erronée des droits à congé.

3. Identifier le régime de sécurité sociale applicable à l'agent concerné.

4. Vérifier la situation exacte au regard des articles L. 324-1 et L. 160-14 du code de la sécurité sociale avant de retenir une durée maximale d'un an ou de trois ans.

5. Examiner les situations déjà en cours au 15 octobre 2026 afin de déterminer si elles relèvent des dispositions transitoires.

6. Sécuriser les paramétrages et procédures de paie lorsque la collectivité intervient dans la gestion des prestations ou dans un mécanisme de subrogation.

7. Ne pas déduire automatiquement d'une sanction relevant de l'assurance maladie l'existence d'une faute disciplinaire : une éventuelle procédure statutaire doit reposer sur ses propres fondements et sur des faits établis.

Réflexe RH : avant toute décision individuelle, raisonner dans cet ordre :

statut de l'agent → nature de l'arrêt → régime de sécurité sociale → situation au regard de l'ALD → date de prescription → régime transitoire éventuel → conséquences en paie.

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9. Conclusion : une réforme importante, mais à appliquer avec précision

Le décret n° 2026-866 du 16 septembre 2026 marque une évolution significative du régime d'indemnisation des arrêts de travail.

Pour certaines situations relevant de la procédure prévue à l'article L. 324-1 du code de la sécurité sociale, la durée maximale dérogatoire d'indemnisation est désormais limitée à un an. Le maintien d'une durée maximale de trois ans demeure cependant prévu dans les situations expressément définies par le texte.

Parallèlement, le Gouvernement renforce le dispositif de lutte contre les abus en intégrant explicitement l'obtention injustifiée d'une prescription d'arrêt de travail.

Pour les collectivités territoriales, la principale difficulté sera d'éviter les raccourcis. Une modification de la durée d'indemnisation par la sécurité sociale n'équivaut pas à une modification générale de la durée des congés statutaires des fonctionnaires territoriaux.

C'est donc l'articulation entre statut, protection sociale, rémunération et indemnisation qui devra être examinée dans chaque situation individuelle.

Référence juridique

Décret n° 2026-866 du 16 septembre 2026 relatif à la durée maximale dérogatoire d'indemnisation pour arrêt de travail et à la sanction des abus.

Journal officiel de la République française du 18 septembre 2026, texte n° 24.

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