Les responsables des ressources humaines de la fonction publique territoriale sont aujourd’hui confrontés à une évolution profonde du droit des congés, portée par le droit de l’Union européenne et progressivement consolidée par le juge national.

L’arrêt rendu par la Cour de cassation le 10 septembre 2025 (n° 23-22.732) s’inscrit dans cette dynamique. Il ne crée pas une règle nouvelle, mais vient consacrer avec une portée normative forte une obligation déjà issue du droit européen et partiellement intégrée en droit interne par la loi du 22 avril 2024.

Pour les employeurs publics locaux, l’enjeu est désormais opérationnel : anticiper l’extension de ces principes au champ de la fonction publique et sécuriser les pratiques internes afin de prévenir des contentieux à fort enjeu financier.

Bien avant l’intervention de la Cour de cassation, le droit de l’Union européenne imposait déjà le report des congés payés lorsqu’un salarié se trouvait dans l’impossibilité de les prendre en raison d’un arrêt maladie.

La Cour de justice de l’Union européenne a en effet consacré de manière constante le droit au congé annuel payé comme un droit fondamental, qui ne peut être perdu du fait d’une incapacité de travail.

La loi du 22 avril 2024 est venue traduire cette exigence en droit français, en introduisant l’article L. 3141-19-1 du code du travail. Ce dispositif prévoit le report des congés lorsque le salarié est empêché de les prendre en raison d’une maladie ou d’un accident, sans distinction selon le moment de survenance de cet empêchement.

L’arrêt du 10 septembre 2025 vient compléter ce dispositif en tranchant explicitement la situation d’un salarié tombant malade pendant ses congés. La Cour de cassation reconnaît clairement que les jours concernés doivent être reportés.

Si cette jurisprudence relève formellement du droit privé, sa portée dépasse largement ce périmètre.

Le juge administratif s’inscrit en effet dans une logique de convergence avec le droit européen. Il a déjà reconnu à plusieurs reprises l’obligation de garantir l’effectivité du droit à congé annuel dans la fonction publique. À cet égard, le Conseil d’État a notamment jugé que le droit au congé annuel payé constitue un principe dont les agents publics ne peuvent être privés en raison d’une incapacité de travail (CE, 26 avril 2017, n° 406009). De même, les conclusions de rapporteurs publics ont régulièrement souligné la nécessité d’assurer une pleine effectivité de ce droit, en cohérence avec les exigences européennes.

Dans ce contexte, il est juridiquement cohérent d’anticiper une extension de ces principes aux agents publics. Deux situations doivent particulièrement retenir l’attention des employeurs territoriaux.

Lorsqu’un agent est placé en congé de maladie pendant une période de congés annuels, les jours concernés ne peuvent plus être considérés comme consommés.

Lorsqu’un agent n’a pas pu prendre ses congés en raison d’un arrêt maladie, l’employeur doit organiser leur report dans un délai raisonnable.

Il est hautement probable que le Conseil d’État, à court ou moyen terme, consacre explicitement ces solutions dans le champ de la fonction publique.

Si cette jurisprudence relève formellement du droit privé, sa portée dépasse largement ce périmètre.

Le juge administratif s’inscrit en effet dans une logique de convergence avec le droit européen. Il a déjà reconnu à plusieurs reprises l’obligation de garantir l’effectivité du droit à congé annuel dans la fonction publique.

Dans ce contexte, il est juridiquement cohérent d’anticiper une extension de ces principes aux agents publics. Deux situations doivent particulièrement retenir l’attention des employeurs territoriaux.

Lorsqu’un agent est placé en congé de maladie pendant une période de congés annuels, les jours concernés ne peuvent plus être considérés comme consommés.

Lorsqu’un agent n’a pas pu prendre ses congés en raison d’un arrêt maladie, l’employeur doit organiser leur report dans un délai raisonnable.

Il est hautement probable que le Conseil d’État, à court ou moyen terme, consacre explicitement ces solutions dans le champ de la fonction publique.

Le maintien de pratiques anciennes consistant à considérer les congés comme définitivement acquis, même en cas de maladie, expose désormais les collectivités à un risque juridique réel.

Ce risque se matérialise notamment par des demandes indemnitaires liées à la perte de droits à congés, mais également par des recours dirigés contre les décisions individuelles de gestion.

Dans ce contexte, la sécurisation juridique des pratiques ne relève plus d’une option mais d’une exigence stratégique pour les directions des ressources humaines.

Les collectivités territoriales doivent faire évoluer leur doctrine interne afin d’intégrer ces exigences issues du droit européen et de la jurisprudence.

Il est désormais indispensable de reconnaître le principe selon lequel un agent en arrêt maladie pendant ses congés conserve ses droits à congés pour les jours concernés.

Les procédures internes doivent être adaptées afin de permettre un report effectif des jours non pris, avec des modalités clairement définies et opposables.

Les outils de gestion du temps doivent également être ajustés pour éviter toute perte automatique de droits liée à des paramétrages obsolètes.

Enfin, l’information des agents et des encadrants constitue un levier essentiel pour garantir une application homogène et juridiquement sécurisée de ces nouvelles règles.

À titre d’illustration, un agent ayant posé deux semaines de congés annuels en août et placé en arrêt maladie à compter du troisième jour de congé ne peut plus être considéré comme ayant consommé l’intégralité de ses congés. Seuls les jours effectivement pris avant l’arrêt restent décomptés. Les jours correspondant à la période d’arrêt doivent être recrédités et faire l’objet d’un report, selon des modalités fixées par la collectivité. Cette situation impose notamment une coordination entre le service RH, le manager et les outils de gestion du temps afin de sécuriser le traitement administratif et d’éviter toute perte de droits.

Ce type de cas concret doit désormais être anticipé et intégré dans les procédures internes pour garantir une application uniforme et juridiquement sécurisée.

Cette évolution ne se limite pas à la gestion des congés. Elle révèle un mouvement plus large : l’influence croissante du droit de l’Union européenne sur le droit de la fonction publique.

Les employeurs territoriaux doivent désormais adopter une lecture dynamique du droit, intégrant les évolutions jurisprudentielles et les principes européens.

Cette transformation renforce le rôle stratégique des directions des ressources humaines, appelées à sécuriser les pratiques tout en accompagnant les évolutions juridiques.

L’arrêt du 10 septembre 2025 constitue une étape décisive dans la consolidation du droit au congé payé effectif.

Pour les collectivités territoriales, il s’agit d’un signal clair : les pratiques doivent évoluer sans attendre une transposition explicite en droit public.

En anticipant ces évolutions, les employeurs publics sécurisent leur gestion RH, limitent leur exposition contentieuse et renforcent la confiance des agents dans le respect de leurs droits.

À l’inverse, l’inaction expose à une judiciarisation croissante, dans un contexte où le juge fait primer de plus en plus directement les exigences du droit européen.

Il est donc recommandé d’engager sans délai un audit interne des pratiques de gestion des congés, de mettre à jour les règlements et procédures applicables, et de sécuriser les outils de gestion du temps afin d’aligner les pratiques de la collectivité avec ces nouvelles exigences juridiques.

L’arrêt du 10 septembre 2025 constitue une étape décisive dans la consolidation du droit au congé payé effectif.

Pour les collectivités territoriales, il s’agit d’un signal clair : les pratiques doivent évoluer sans attendre une transposition explicite en droit public.

En anticipant ces évolutions, les employeurs publics sécurisent leur gestion RH, limitent leur exposition contentieuse et renforcent la confiance des agents dans le respect de leurs droits.

À l’inverse, l’inaction expose à une judiciarisation croissante, dans un contexte où le juge fait primer de plus en plus directement les exigences du droit européen.

Par Pascal NAUD

Président, fondateur de www.naudrh.com

Contact naudrhexpertise@gmail.com