Sources : Banque des Territoires (juillet 2026), instance de concertation de la fonction publique — projet de décret étendant à la fonction publique les mesures de la LFSS 2026 sur les arrêts de travail

Synthèse opérationnelle. Un projet de décret, examiné en instance de concertation de la fonction publique, vise à étendre aux agents publics les mesures de la loi de financement de la sécurité sociale pour 2026 encadrant les prescriptions d'arrêts de travail. Les nouvelles modalités de limitation de la durée des arrêts — trente et un jours pour un premier arrêt, soixante-deux jours pour une prolongation, déjà prévues pour le secteur privé par le décret n° 2026-498 du 12 juin 2026 — s'appliqueraient au secteur public à compter du 1er septembre. Il ne s'agit pas d'une durée maximale totale d'arrêt maladie ni d'une interdiction des arrêts longs, mais d'un encadrement de la durée de chaque prescription, imposant des points de réévaluation médicale plus fréquents. Le texte est également présenté par le gouvernement comme l'occasion de faire évoluer d'autres mesures relatives aux congés pour raisons de santé des agents publics. Point essentiel de méthode : à ce stade, il s'agit d'un projet de décret, rejeté en concertation, et non d'un texte publié. Sa portée exacte et son calendrier définitif restent donc suspendus à sa publication au Journal officiel, que les collectivités doivent surveiller de près dans les semaines qui viennent.

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Sources : Banque des Territoires (juillet 2026), instance de concertation de la fonction publique — projet de loi de transposition de la directive européenne de 2023 sur l'égalité et la transparence des rémunérations

Synthèse opérationnelle. La même instance de concertation a examiné les dispositions du projet de loi transposant la directive européenne de 2023 en matière d'égalité et de transparence des rémunérations entre les femmes et les hommes. Fait notable pour les employeurs publics : quatorze des vingt-deux articles du projet de texte concernent la fonction publique. La transparence des rémunérations constitue un levier central du droit européen pour réduire les écarts salariaux entre femmes et hommes, en donnant aux agents des droits d'information sur les niveaux de rémunération et en imposant aux employeurs des obligations de publication et de justification des écarts. Les positions exprimées ont été contrastées : certaines organisations ont jugé la transposition raisonnable et correcte, tandis que d'autres ont dénoncé une transposition au rabais, vidée de sa portée par un renvoi massif aux décrets d'application. Les représentants des employeurs territoriaux ont voté pour, mais sans enthousiasme. Pour les DRH, ce chantier prolonge et approfondit la dynamique déjà engagée avec l'index de l'égalité professionnelle, dont l'échéance de publication au 30 septembre approche.

Impact RH : Orange Urgence : Vert

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Sources : Conseil d'État, 16 juin 2026, n° 506127, relais professionnels (2026) — report des congés annuels et censure partielle du décret n° 2025-564 du 21 juin 2025

Synthèse opérationnelle. À l'heure où l'encadrement des arrêts de travail se durcit, la décision du Conseil d'État du 16 juin 2026 conserve toute son actualité sur l'articulation entre congés annuels et absences pour raison de santé. En censurant partiellement le décret n° 2025-564 du 21 juin 2025, le juge a rappelé deux exigences majeures. D'une part, le droit au report des quatre premières semaines de congés annuels lorsque l'agent a été empêché de les prendre, notamment pour des nécessités de service. D'autre part, et surtout, l'obligation pour l'employeur d'informer l'agent de ses droits à congés et des conséquences de leur non-prise : à défaut d'une telle information, les droits ne peuvent s'éteindre. Cette exigence d'information active, d'inspiration européenne, renverse la logique antérieure selon laquelle il appartenait à l'agent de solliciter ses congés. Dans un contexte où les absences pour raison de santé pourraient se fragmenter en prescriptions plus courtes et en prolongations successives, la gestion des compteurs de congés des agents absents devient un point de vigilance : l'employeur doit tracer l'information délivrée, faute de quoi les droits perdurent et s'accumulent.

Impact RH : Orange Urgence : Vert

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Sources : Banque des Territoires (juillet 2026), projet de décret relatif aux congés pour raisons de santé des agents publics — évolution des règles du temps partiel thérapeutique

Synthèse opérationnelle. Parmi les mesures les moins commentées du projet de décret figure une évolution substantielle du temps partiel thérapeutique, dont l'application est annoncée dès le 1er août. Aujourd'hui, un agent peut être placé en temps partiel thérapeutique immédiatement, sur prescription de son médecin. Le projet de texte prévoit qu'une collectivité disposerait désormais d'un délai de trente jours pour faire procéder à l'examen de la demande par un médecin agréé, et pourrait contester devant le conseil médical les conclusions rendues par ce médecin. Le changement est loin d'être technique : il introduit un temps d'instruction là où existait une décision immédiate, et ouvre une possibilité de contestation. Or le temps partiel thérapeutique est précisément l'un des outils les plus efficaces de maintien dans l'emploi et de prévention de l'usure professionnelle, permettant souvent d'éviter une dégradation de l'état de santé et des arrêts de longue durée. Restreindre ou ralentir son accès interroge donc au regard de l'objectif affiché de maintien dans l'emploi. Pour les collectivités, il faudra, si le texte paraît, organiser une chaîne d'instruction en trente jours avec les médecins agréés, dont la disponibilité est déjà un point de tension dans de nombreux territoires.

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Sources : Weka (juillet 2026), UNSA Territoriaux (2026), décret n° 2026-498 du 12 juin 2026 — effets du plafonnement des arrêts sur les agents contractuels

Synthèse opérationnelle. Une distinction essentielle doit être faite entre les catégories d'agents. Les fonctionnaires territoriaux ne perçoivent pas d'indemnités journalières de sécurité sociale pendant leurs congés de maladie ordinaire, de longue maladie ou de longue durée : ils relèvent du régime statutaire prévu par le CGFP, et le décret n° 2026-498 du 12 juin ne modifie ni leurs droits statutaires à congé de maladie ni leurs règles de rémunération. Les agents contractuels, en revanche, même recrutés sous contrat de droit public, relèvent du régime général de la sécurité sociale pour le versement des indemnités journalières : ils sont donc directement concernés par les nouvelles limites de prescription. La conséquence est très concrète : si un agent contractuel transmet un arrêt initial dépassant trente et un jours sans justification médicale conforme, la caisse primaire pourra refuser d'indemniser la période excédentaire. Lorsque la collectivité pratique la subrogation, l'effet est immédiat sur la paie. Les effets attendus sont une multiplication des renouvellements, des formalités administratives supplémentaires et un risque accru de rupture dans l'indemnisation.

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Sources : Banque des Territoires (juillet 2026), projet de décret relatif aux congés pour raisons de santé des agents publics — contrôle administratif des agents en congé pour raison de santé

Synthèse opérationnelle. Le projet de décret comporte un volet de contrôle qui mérite l'attention des employeurs. L'autorité territoriale pourrait faire procéder au contrôle administratif des horaires pendant lesquels les agents en congé pour raison de santé sont tenus de rester à leur domicile. En cas d'absence injustifiée constatée, l'agent verrait le versement de sa rémunération interrompu jusqu'à la date de fin de cet arrêt. La mesure est lourde de conséquences financières pour l'agent, puisque la sanction ne se limiterait pas au jour du contrôle mais couvrirait toute la période restante de l'arrêt. Si un tel dispositif est adopté, il appellera de la part des collectivités une rigueur procédurale particulière : information préalable des agents sur les obligations de présence et leurs horaires, encadrement strict des modalités de contrôle, respect du contradictoire, caractérisation précise de l'absence injustifiée (par opposition aux sorties autorisées ou aux motifs légitimes), et traçabilité de l'ensemble. La jurisprudence récente, exigeante sur l'objectivation et la motivation des décisions défavorables, invite à la plus grande prudence dans le maniement d'un outil aux effets financiers aussi marqués.

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Sources : Banque des Territoires (juillet 2026), instance de concertation de la fonction publique — vote sur le projet de décret relatif aux congés pour raisons de santé

Synthèse opérationnelle. Le fait marquant de l'examen de ce projet de décret tient moins à son contenu qu'à l'unanimité du rejet qu'il a suscité. Les représentants syndicaux membres de l'instance ont rejeté en bloc le projet de réforme, et — fait notable — les représentants des employeurs territoriaux ont également voté contre. Cette convergence est rare et politiquement significative : elle montre que le durcissement des règles relatives aux congés pour raison de santé ne rencontre pas davantage l'adhésion du côté des employeurs que de celui des organisations syndicales. Plusieurs raisons peuvent l'expliquer : la complexité de gestion induite, le caractère contraint des délais d'entrée en vigueur, les difficultés opérationnelles (disponibilité des médecins agréés), et le risque social d'un texte perçu comme une mise en cause de la confiance envers les agents. Ce vote négatif unanime intervient dans un climat social déjà tendu, après l'échec du rendez-vous salarial du 8 juillet et à l'approche de la mobilisation du 29 septembre. Il ne bloque pas juridiquement la publication du décret, l'avis de l'instance étant consultatif, mais il constitue un signal politique fort dont il faudra observer les effets.

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Sources : analyses RH (2026), UNSA Territoriaux (2026) — effet cumulé des réformes des congés pour raison de santé sur l'attractivité

Synthèse opérationnelle. Prises isolément, chacune des évolutions récentes en matière de congés maladie peut se défendre par un argument technique ou budgétaire. Prises ensemble, elles dessinent une trajectoire dont l'effet cumulé sur l'attractivité mérite d'être posé. Depuis le 1er mars 2025, l'agent public en congé de maladie ordinaire perçoit 90 % de son traitement pendant les trois premiers mois, contre 100 % auparavant, la règle des 50 % sur les neuf mois suivants demeurant inchangée ; les congés de longue maladie, de longue durée et les arrêts pour accident de service ou maladie professionnelle ne sont pas concernés par cette baisse. À cela s'ajouteraient désormais le plafonnement des durées de prescription, l'encadrement du temps partiel thérapeutique et le contrôle du domicile. Dans un contexte où le point d'indice reste gelé et où les collectivités peinent déjà à recruter, l'accumulation de mesures perçues comme restrictives sur la protection en cas de maladie fragilise l'un des arguments traditionnels de l'emploi public : la sécurité. Pour les DRH, l'enjeu est double : expliquer honnêtement les règles applicables sans les dramatiser, et compenser par les leviers sur lesquels la collectivité garde la main — conditions de travail, prévention, qualité de vie au travail, maintien dans l'emploi.

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Sources : analyses RH (2026), UNSA Territoriaux (2026) — prévention de l'usure professionnelle et maintien dans l'emploi

Synthèse opérationnelle. Le débat ouvert par le durcissement des règles relatives aux arrêts maladie remet en lumière une question managériale de fond : la lutte contre les abus peut-elle constituer l'unique réponse aux difficultés rencontrées par les employeurs publics ? Derrière chaque arrêt maladie se trouvent des situations de santé parfois complexes, des conditions de travail dégradées ou des parcours professionnels fragilisés. Les leviers réellement structurants relèvent d'une autre logique : prévention de l'usure professionnelle, amélioration des conditions de travail, accompagnement des agents fragilisés, développement du maintien dans l'emploi. La fonction publique territoriale y est particulièrement exposée, avec une part importante d'agents de catégorie C exerçant des métiers physiquement exigeants (entretien, restauration, espaces verts, collecte, petite enfance, aide à domicile), où l'usure est un facteur majeur d'absentéisme. Pour les DRH et les managers, l'enjeu est d'investir sur l'analyse des causes réelles de l'absentéisme dans leur collectivité — pénibilité, organisation, management, sens — plutôt que de se reposer sur les seuls outils de contrôle, dont l'effet sur les causes profondes est nul. Un plan d'action absentéisme fondé sur un diagnostic sérieux produit des résultats plus durables qu'une politique de contrôle.

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Sources : Weka (juillet 2026), décret n° 2026-498 du 12 juin 2026 — subrogation, indemnités journalières et gestion de la paie

Synthèse opérationnelle. Le plafonnement des durées de prescription comporte un enjeu financier souvent sous-estimé, lié aux mécanismes de subrogation. Lorsqu'une collectivité pratique la subrogation pour ses agents contractuels, elle maintient le traitement et perçoit à sa place les indemnités journalières versées par la caisse primaire. Si une prescription non conforme conduit la caisse à refuser d'indemniser la période excédant trente et un jours, la collectivité se retrouve à avoir avancé une rémunération sans percevoir la contrepartie attendue, avec un risque de récupération auprès de l'agent — opération toujours délicate, humainement comme juridiquement. Ce risque, individuellement modeste, peut devenir significatif dans les collectivités employant de nombreux contractuels. Il appelle une vigilance particulière de la chaîne paie : contrôle de la conformité des arrêts transmis, alerte précoce en cas de prescription dépassant les plafonds, information de l'agent avant que la difficulté ne se matérialise sur son bulletin. Une bonne articulation entre gestionnaires RH, service paie et agents concernés est la meilleure prévention de ces situations, qui combinent perte financière pour la collectivité et détresse pour l'agent.

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Sources : Weka (2026), courrier commun de neuf associations de dirigeants territoriaux au Premier ministre — calendrier d'application de la réforme de l'encadrement supérieur

Synthèse opérationnelle. Neuf associations de dirigeants territoriaux — le SNDGCT, l'AATF, l'ANDRHGCT, l'ANDRHDT, l'ADT Inet, IngeChef, l'AITF, l'ADGCF et l'ANDCDG — ont cosigné un courrier commun adressé au Premier ministre, au ministre de l'Action et des Comptes publics et à la ministre de l'Aménagement du territoire et de la Décentralisation. Elles saluent la publication des cinq décrets du 10 juin relatifs à l'évolution du statut des administrateurs territoriaux, qualifiés de textes tant attendus et nécessaires pour harmoniser les trois versants de la fonction publique. Mais elles alertent d'une même voix sur les difficultés matérielles et temporelles de leur entrée en vigueur, dénonçant une date de mise en application au 1er juillet qu'elles jugent irréaliste, et pointant des obstacles techniques ainsi qu'un calendrier intenable. Cette prise de position collective est doublement intéressante : elle illustre la structuration croissante de la parole des dirigeants territoriaux comme acteur du débat statutaire, et elle rejoint une critique récurrente de la période — non pas le contenu des réformes, mais le rythme et les délais dans lesquels elles sont imposées aux collectivités chargées de les appliquer.

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