Il existe effectivement une disparité dans les conditions d'organisation du compte épargne temps entre la fonction publique de l'Etat et la fonction publique territoriale. Ainsi les premiers disposent de quarante jours pouvant être utilisés sur une durée de dix ans contre vingt jours utilisables pendant cinq ans pour les seconds. Il est cependant indiqué que ce délai de cinq ans doit être compris comme "glissant", c'est-à-dire qu'il est prorogé du fait de nouveaux versements de jours de congés.
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