Il n'y a aucune obligation pour un fonctionnaire de revenir un jour entre un congé maladie et un congé légal. Cette pratique vient du principe qu'un congé légal est considéré comme de l'activité. En effet, aucune disposition législative ou réglementaire n’impose au fonctionnaire, après un congé maladie, de reprendre ses fonctions avant de partir en congés annuels.


Un fonctionnaire demeure en activité de service pendant son congé annuel (C.E. du 6 juillet 1979 - Rec. p.772). Or un agent doit être supposé apte médicalement pour pouvoir y prétendre. Il est tout à fait possible de prendre un congé légal à la suite d'un arrêt maladie de moins de trois mois.


Toutefois si le fonctionnaire territorial demeure en congé de maladie ordinaire pendant douze mois (plus de trois mois ) consécutifs, en congé de longue maladie ou en congé de longue durée, il ne pourra prendre un congé annuel que s’il a été au préalable reconnu apte à reprendre ses fonctions par le médecin pour avis sur la reprise.


En outre, le droit à congé annuel acquis au titre d’une année civile en cours ne peut être reporté sur l’année suivante et le congé annuel n’est accordé à la date demandée par le fonctionnaire territorial, éventuellement immédiatement à la suite d’un congé de maladie, que si les besoins du service le permettent.


Si la maladie survient alors que l’intéressé est en congés annuels et n’exerce donc pas ses fonctions, il appartient à l’autorité hiérarchique d’accorder ou non le congé de maladie, en fonction de l’intérêt du service, en raison des conséquences du report du congé annuel en cours. (CE n° 259423 et 260775 du 24 mars 2004, syndicat de lutte pénitentiaire.)


Dans l'intérêt du service, l'Administration est en droit d'obliger un fonctionnaire à prendre son congé à une date déterminée (C.E. du 20 juillet 1971 - Rec. p. 543).


Un fonctionnaire peut à tout moment pendant la durée de son congé être rappelé à son poste en cas de nécessité de service. S'il ne peut réclamer l'indemnisation du trouble que l'interruption de son congé lui a causé, en revanche il est en droit d'obtenir le remboursement des dépenses imprévues occasionnées par cette interruption (C.E. du 23 décembre 1966 - Rec. p. 698).