En vertu du principe de libre administration consacré à l'article 72 de la constitution, les collectivités territoriales sont libres d'instituer ou non un régime indemnitaire. Conformément aux dispositions de l'article 88 de la loi n° 84-53 du 26 janvier 1984 portant dispositions statutaires relatives à la fonction publique territoriale, les collectivités ayant mis en place un régime indemnitaire au bénéfice de leurs agents sont soumises au principe de parité, en vertu duquel elles ne sont liées que par le plafond du régime indemnitaire applicable aux corps homologués de l'Etat. En l'absence de dispositions législatives spécifiques, les collectivités sont libres de prévoir, par délibération, le maintien ou non des primes et indemnités dans certaines situations de congé. Cette faculté trouve son fondement dans le principe de parité, le décret n° 2010-997 du 26 août 2010 relatif au régime de maintien des primes et indemnités des agents publics de l'Etat et des magistrats de l'ordre judiciaire dans certaines situations de congés le prévoyant. Le juge administratif a confirmé, à plusieurs reprises, l'absence de droit acquis au maintien des primes et indemnités liées à l'exercice des fonctions durant un congé de maladie (CE, 12 juillet 2006, n° 274628 et CE, 11 septembre 2006, n° 252517). Si le décret du 26 août 2010 précité ne prévoit pas le maintien du régime indemnitaire durant les périodes de congés de longue maladie ou de congé de longue durée ultérieures, il permet à un agent de l'Etat placé en congé de longue maladie ou en congé de longue durée à la suite d'une demande présentée durant l'un des congés ouvrant droit au maintien, de conserver le bénéfice des primes et indemnités maintenues durant ce congé initial. Dans ces conditions, l'organe délibérant peut, s'il le souhaite, prévoir un tel maintien par délibération. Enfin, conformément à l'engagement pris dans le cadre du protocole du 30 novembre 2018 relatif à l'égalité professionnelle entre les femmes et les hommes, le Gouvernement a inséré dans la loi de transformation de la fonction publique une disposition tendant au maintien obligatoire du régime indemnitaire en cas de congé de maternité. Dans le cadre des travaux préparatoires au projet de loi transformation de la fonction publique comme lors des débats parlementaires, les employeurs territoriaux n'ont pas demandé l'extension de cette disposition aux autres cas de congé.

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