Afin d'améliorer la prise en charge des agents malades et de faciliter leur maintien dans l'emploi ou leur retour à l'emploi, le décret n° 2022-353 du 11 mars 2022 relatif aux conseils médicaux dans la fonction publique de l'État a réformé l'organisation des instances médicales de la fonction publique de l'État et le recours aux conseils médicaux qui ne sont désormais plus systématiquement saisis pour tout renouvellement de congé de maladie, de longue maladie ou de longue durée. Concernant les fonctionnaires en attente d'un passage devant le conseil médical en vue de l'octroi ou du renouvellement d'un congé de longue maladie (CLM) et congé de longue durée (CLD), ceux-ci peuvent se trouver dans deux types de situations. S'il n'a pas épuisé ses droits à congé de maladie, le fonctionnaire continue de percevoir l'intégralité ou une quotité allant de 50 % à 60% de son traitement, selon la nature du congé dont il bénéficie et selon le temps écoulé depuis le début de ce congé.

Dans l'hypothèse où l'agent est en CLM depuis un an et qu'il a donc épuisé ses droits à plein traitement mais pas ses droits à CLM, l'agent peut obtenir un renouvellement après avis du conseil médical. Or, l'article 37 du décret n° 86-442 du 14 mars 1986 relatif à la désignation des médecins agréés, à l'organisation des conseils médicaux, aux conditions d'aptitude physique pour l'admission aux emplois publics et au régime de congés de maladie des fonctionnaires prévoit qu'à l'issue d'une période de CLM, tout ou partie du traitement continue de lui être payé à condition qu'il ait demandé et obtenu le renouvellement de son congé.

Cette disposition fait donc reposer sur l'agent l'obligation de saisir en temps et en heure le conseil médical. Si la demande a été faite mais que la décision de l'administration n'est pas encore intervenue à l'expiration de cette première année, une lecture stricte de cet article 37 implique que la rémunération ne puisse être maintenue tant que l'avis du conseil médical n'aura pas été rendu. Toutefois, en pratique, il est d'usage de maintenir la rémunération afin d'éviter de mettre en oeuvre une procédure de suspension qui sera suivie, en cas d'avis favorable, d'une procédure de rétablissement de la rémunération avec, le cas échéant, un rattrapage correspondant à la période de suspension, dans la mesure où le retard pris dans la décision de renouvellement du congé ne dépend pas de l'agent. En termes statutaires, l'agent reste en position d'activité, comme pour tout congé de maladie. S'il a épuisé ses droits à congé de maladie et s'il est dans l'attente de l'avis d'un conseil médical sur sa situation, il convient de faire application des dispositions des articles 27 et 47 du décret du 14 mars 1986 qui ont été modifiées précisément sur ce point par le décret n° 2024-641 du 27 juin 2024 relatif au régime de certains congés pour raison de santé des fonctionnaires et des agents contractuels de l'État. Ces deux articles imposent désormais à l'administration de placer l'agent en position de disponibilité pour raison de santé et de maintenir le versement d'une indemnité égale au montant du traitement et des primes et indemnités qu'il percevait à l'expiration de son congé de maladie.

Dans ces situations, le versement de cette indemnité et primes éventuelles est maintenu jusqu'à ce que l'administration prenne une décision définitive prononçant la reprise d'activité, le reclassement, la mise en disponibilité ou l'admission à la retraite du fonctionnaire. Ce dispositif a été créé afin de répondre aux situations où la décision de réintégration, de reclassement, de mise en disponibilité ou de radiation des cadres pour invalidité ne peut être prise par l'administration compétente, dans les délais impartis, à l'expiration des droits statutaires à congés du fonctionnaire. La décision d'attribution de l'indemnité constitue une décision favorable créatrice de droit.

En l'absence d'illégalité, ce type de décision ne peut être retiré qu'à la demande du bénéficiaire et sous réserve de la remplacer par une décision plus favorable. Par conséquent, le fonctionnaire ayant bénéficié de cette indemnité conserve le montant des sommes qui lui ont été versées quel que soit l'issue de la procédure requérant l'avis des instances médicales (CE, 9 novembre 2018, n° 412684, mentionné aux tables du recueil Lebon). Néanmoins, étant donné que cette situation temporaire de disponibilité a vocation à disparaître rétroactivement lorsque l'administration a rendu sa décision, le montant de l'indemnité inférieur ou égal à la rémunération ou à la pension finalement accordées est récupéré par l'employeur ; autrement dit les montants ne se cumulent pas entre eux.