L'article L. 812-4 du code général de la fonction publique (CGFP) prévoit que les services de médecine préventive ont pour mission d'éviter toute altération de l'état de santé des agents territoriaux du fait de leur travail, notamment en surveillant leur état de santé, les conditions d'hygiène du travail ainsi que les risques de contagion. Afin de mener à bien cette mission, l'article 20 du décret n° 85-603 du 10 juin 1985 relatif à l'hygiène et à la sécurité du travail ainsi qu'à la médecine professionnelle et préventive dans la fonction publique territoriale, prévoit que les agents des collectivités et des établissements mentionnés à l'article L. 4 du CGFP bénéficient d'une visite d'information et de prévention au minimum tous les deux ans. Cette fréquence de visites, plus importante que dans la fonction publique d'État, se justifie par les risques particuliers auxquels peuvent être exposés certains agents de la fonction publique territoriale, notamment dans les filières techniques.

Pour faire face à la diminution du nombre de médecins, plusieurs mesures ont été prises afin de garantir aux fonctionnaires l'accès à des professionnels de santé, et ainsi protéger la santé des agents territoriaux. Plusieurs dispositifs permettent de prolonger la carrière des médecins territoriaux au-delà de la limite d'âge fixée à soixante-sept ans, et ainsi limiter le phénomène de désertification médicale. L'article L. 556-11-1 du CGCP fixe par dérogation à soixante-treize ans la limite d'âge pour les agents contractuels employés en qualité de médecin du travail par les collectivités territoriales ou leurs établissements publics. De plus, en vertu de l'article 138 de la loi n° 2004-806 du 9 août 2004 relative à la politique de santé publique, les médecins peuvent demander à effectuer des vacations dans des établissements publics de santé, auquel cas la limite d'âge est portée à titre transitoire à soixante-quinze ans jusqu'au 31 décembre 2035.

Outre ces mesures, le décret n° 2022-551 du 13 avril 2022 relatif aux services de médecine de prévention dans la fonction publique territoriale vise à optimiser le fonctionnement des services de médecine préventive, et ainsi améliorer la prise en charge des agents territoriaux. Ce décret instaure la mutualisation des services de médecine préventive entre les trois versants de la fonction publique, permet la télémédecine et institue, en lieu et place des visites périodiques, des visites d'information et de prévention réalisables par des infirmiers. Le Gouvernement reste attentif à cette problématique et réfléchit à d'autres pistes permettant de protéger la santé des agents territoriaux. En outre, il envisage l'alignement de la fréquence des visites médicales pour les catégories A et B de la filière administrative sur l'État (tous les 5 ans), permettant de libérer du temps pour les médecins territoriaux afin de se consacrer à la prévention du collectif et aux actes prioritaires, tels que le suivi renforcé des agents occupant des postes à risques, la mise en œuvre de campagnes de sensibilisation et l'accompagnement individualisé des situations de vulnérabilité.