Les autorisations spéciales d'absence (ASA) constituent des modalités d'aménagement du temps de travail accordées à titre exceptionnel et ponctuel permettant à l'agent de s'absenter de son poste de travail sans utiliser ses droits à congés. Les motifs d'ASA mobilisables par les agents publics sont limitativement prévus par la loi et le règlement. Aucun cas autre que ceux expressément prévus par le cadre légal n'a vocation à permettre le bénéfice général d'une ASA. En effet, il appartient au législateur d'instituer les motifs d'autorisations d'absence, qui peuvent, le cas échéant, être déclinés par le pouvoir réglementaire, dans le respect du principe de parité avec les ASA de la fonction publique d'Etat (QE n° 22676, JO Sénat, 7/07/2016, p. 2963). Ainsi, l'autorité territoriale ne peut créer un motif d'ASA non prévu par la loi. Le juge administratif a récemment confirmé cette analyse en suspendant des décisions visant la création d'un nouveau motif d'ASA « congé menstruel », non prévu par le cadre juridique national (TA de Toulouse, 20 novembre 2024, n° 2406364, 2406581 et 2406584).

La création de motifs d'ASA déterminés par le cadre juridique national permet, non seulement d'harmoniser les pratiques au sein des trois versants de la fonction publique, mais également de s'assurer du respect des règles relatives à la durée annuelle du temps de travail dans la fonction publique, dans la mesure où ces congés exceptionnels ne sont pas décomptés des droits à congés annuels. La loi n° 2025-595 du 30 juin 2025 visant à protéger les personnes engagées dans un projet parental des discriminations au travail a précisé les autorisations d'absence liées à la parentalité en renvoyant vers les ASA définies par le code du travail (article L. 622-1 du code général de la fonction publique). Les ASA liées à la parentalité des agents publics comprennent désormais et de manière obligatoire celles listées à l'article L. 1225-16 du code du travail. Si cette liste n'est pas exclusive, elle ne comprend pas le motif d'ASA « congé menstruel ». A ce jour, et en l'état actuel du droit tel qu'il vient d'être rappelé, le dispositif des congés de maladie apparaît comme l'outil statutaire le plus adapté à la situation des femmes souffrant de douleurs gynécologiques, et notamment le recours au congé de maladie ordinaire (CMO) fractionné.