À compter du 1er septembre 2026, les arrêts de travail seront davantage encadrés : un arrêt initial ne pourra plus excéder 31 jours et chaque prolongation sera limitée à 62 jours. Mais cette réforme s’applique-t-elle réellement aux agents de la fonction publique territoriale ?

La réponse est nuancée. Les fonctionnaires territoriaux conservent leurs droits statutaires au congé de maladie ordinaire. En revanche, les agents contractuels de droit public, affiliés au régime général de la sécurité sociale, sont directement concernés par ces nouvelles limites de prescription.

1. Quelle est la nouvelle règle au 1er septembre 2026 ?

Le décret n° 2026-498 du 12 juin 2026 introduit un encadrement des prescriptions médicales d’arrêts de travail donnant lieu au versement d’indemnités journalières de sécurité sociale.

À compter du 1er septembre 2026, la première prescription d’arrêt de travail ne pourra plus dépasser 31 jours. Chaque prolongation sera ensuite limitée à 62 jours.

Cette réforme ne fixe pas une durée maximale totale d’arrêt maladie. Elle impose simplement des points de réévaluation médicale plus fréquents.

2. Les fonctionnaires territoriaux sont-ils directement concernés ?

Pour les fonctionnaires territoriaux titulaires et stagiaires, la réponse juridique est claire : la limitation à 31 jours ne remet pas en cause leurs droits statutaires au congé de maladie ordinaire.

Le fonctionnaire territorial relève du régime statutaire de la fonction publique. Son congé de maladie ordinaire est régi par les textes propres à la fonction publique territoriale, et non par les règles d’indemnisation du régime général de la sécurité sociale.

Une collectivité ne pourra donc pas refuser de placer un fonctionnaire en congé de maladie ordinaire au seul motif que son certificat médical initial dépasserait 31 jours.

Elle ne pourra pas non plus suspendre son traitement statutaire uniquement parce que la prescription excéderait cette nouvelle limite.

3. Les agents contractuels territoriaux sont-ils concernés ?

La situation des agents contractuels territoriaux est différente.

Même lorsqu’ils sont recrutés par une collectivité territoriale sous contrat de droit public, les agents contractuels relèvent du régime général de la sécurité sociale pour le versement des indemnités journalières.

Ils sont donc directement concernés par les nouvelles limites de prescription prévues à compter du 1er septembre 2026.

Si un agent contractuel transmet un arrêt initial de 45 jours sans justification médicale conforme, la CPAM pourra refuser d’indemniser la période dépassant 31 jours.

Cette situation peut avoir des conséquences immédiates sur la paie, notamment lorsque la collectivité pratique la subrogation.

4. Tableau comparatif fonctionnaires / contractuels

5. Quelles conséquences pratiques pour les services RH ?

La réforme va produire plusieurs effets concrets dans les collectivités territoriales.

Les médecins appliqueront probablement les nouvelles durées à l’ensemble de leurs patients, y compris aux fonctionnaires. Les services RH devront donc traiter davantage de certificats médicaux pour une même absence.

Pour les agents contractuels, la conformité de la prescription devient un enjeu de paie. Un arrêt initial trop long peut entraîner un refus partiel d’indemnisation par la CPAM.

Lorsque la collectivité avance la rémunération et récupère ensuite les IJSS, tout blocage CPAM peut générer des régularisations, des indus ou des tensions de trésorerie.

Les agents contractuels devront être informés clairement de cette nouvelle règle afin d’éviter les situations de perte de revenus liées à une prescription non conforme.

6. FAQ pratique

Juridiquement, ses droits statutaires au congé de maladie ordinaire ne sont pas limités par cette règle. Toutefois, en pratique, les médecins devraient prescrire des arrêts plus courts, renouvelables.

Non. La collectivité ne peut pas opposer à un fonctionnaire une règle relevant du Code de la sécurité sociale pour refuser un droit statutaire.

Oui. Si la prescription ne respecte pas les nouvelles limites, la CPAM peut refuser de verser les indemnités journalières pour la période non conforme.

Non. Les arrêts longs restent possibles. Mais ils devront être renouvelés par prolongations successives, chacune ne pouvant pas dépasser 62 jours.

Il convient d’alerter rapidement l’agent sur le risque de non-indemnisation par la CPAM et de l’inviter à se rapprocher de son médecin prescripteur.

7. Recommandations pour les employeurs territoriaux

Une communication spécifique doit être préparée à destination des agents contractuels afin de leur expliquer les conséquences possibles d’une prescription non conforme.

Les services RH doivent prévoir un contrôle administratif rapide de la durée des arrêts transmis par les contractuels, sans remettre en cause le secret médical ni la validité médicale de l’arrêt.

Les gestionnaires devront distinguer clairement les effets de la réforme selon le statut de l’agent : fonctionnaire ou contractuel.

Les collectivités doivent se préparer à recevoir davantage de certificats de prolongation, y compris pour les fonctionnaires territoriaux.

Il est recommandé de vérifier si les garanties de prévoyance couvrent les conséquences d’un refus ou d’une interruption d’indemnisation par la CPAM.

Conclusion

La limitation des prescriptions d’arrêts maladie à 31 jours à compter du 1er septembre 2026 ne s’appliquera pas de manière uniforme aux agents territoriaux.

Pour les fonctionnaires territoriaux, elle ne remet pas en cause les droits statutaires au congé de maladie ordinaire. Pour les agents contractuels territoriaux, elle s’appliquera directement par le biais du régime général de la sécurité sociale et pourra avoir des conséquences financières importantes.

La véritable difficulté pour les collectivités sera donc opérationnelle : distinguer les situations, sécuriser la paie des contractuels, informer les agents et absorber une gestion administrative plus fréquente des prolongations d’arrêts maladie.