La publication des décrets n° 2026-496, n° 2026-498, n° 2026-499 et n° 2026-501 du 12 juin 2026 soulève une question essentielle pour les employeurs publics : ces textes s’appliquent-ils réellement à la fonction publique ?

La réponse doit être nuancée. Certains dispositifs concernent directement tous les agents publics, notamment en matière de prévention et de santé au travail. D’autres visent surtout les agents contractuels de droit public, affiliés au régime général de la sécurité sociale, et ne s’appliquent pas de la même manière aux fonctionnaires titulaires et stagiaires.

1. Synthèse de l’applicabilité des décrets à la fonction publique

L’applicabilité des décrets du 12 juin 2026 dépend principalement du statut de l’agent public concerné.

Les fonctionnaires titulaires et stagiaires relèvent de règles statutaires propres, notamment pour le congé de maladie ordinaire, le congé de longue maladie, le congé de longue durée ou encore le congé pour invalidité temporaire imputable au service. Les agents contractuels, eux, relèvent du régime général de la sécurité sociale pour le versement des indemnités journalières.

2. Décret n° 2026-496 du 12 juin 2026 : le Passeport de prévention

Le décret n° 2026-496 du 12 juin 2026 concerne le Passeport de prévention. Il s’applique pleinement aux employeurs publics, sans distinction entre fonctionnaires et agents contractuels.

Ce passeport permet de tracer les formations suivies par les agents en matière de santé et de sécurité au travail. Il devient un outil de preuve essentiel pour démontrer que l’employeur public a respecté son obligation de prévention.

Les collectivités territoriales, établissements publics, administrations de l’État et établissements hospitaliers doivent déclarer les formations concernées dans le Passeport de prévention.

Cette obligation vise notamment les formations liées aux habilitations électriques, aux risques chimiques, à l’amiante, à la manutention, à la prévention des troubles musculosquelettiques, aux risques psychosociaux ou encore à la sécurité routière.

Les services RH devront organiser la collecte des données, fiabiliser les historiques de formation et prévoir des procédures de mise à jour régulière. Les grandes collectivités devront également privilégier les imports de données en masse afin d’éviter une charge administrative excessive.

3. Décrets n° 2026-498 et n° 2026-499 des 12 juin 2026: arrêts maladie et contrôle médical

Les décrets n° 2026-498 et n° 2026-499 des 12 juins 2026 modifient les règles relatives aux arrêts de travail et au contrôle médical. Leur impact diffère fortement selon le statut de l’agent.

À compter du 1er septembre 2026, la première prescription médicale d’arrêt de travail ne peut plus excéder 31 jours. Chaque prolongation est ensuite plafonnée à 62 jours.

Pour les fonctionnaires titulaires, cette règle ne remet pas en cause les droits statutaires au congé de maladie ordinaire. L’employeur public ne peut pas refuser le maintien du traitement au seul motif que la prescription médicale excéderait la durée prévue par le décret.

En revanche, pour les agents contractuels, le respect de ces plafonds devient déterminant. Une prescription non conforme peut entraîner un blocage ou un refus de versement des indemnités journalières par la CPAM.

Le décret n° 2026-499 du 12 juin 2026 prévoit la possibilité de saisir le contrôle médical de la sécurité sociale après trois mois de renouvellement continu d’un arrêt de travail.

Cette procédure concerne les assurés relevant du régime général, donc principalement les agents contractuels. Les fonctionnaires demeurent soumis aux règles statutaires propres à la fonction publique, avec l’intervention des conseils médicaux compétents.

Le décret supprime également certaines limitations applicables aux arrêts prescrits par les sages-femmes dans le cadre d’une interruption volontaire de grossesse médicamenteuse. Cette mesure relève d’une logique de simplification et d’adaptation aux situations individuelles.

4. Décret n° 2026-501 : accidents du travail et maladies professionnelles

Le décret n° 2026-501 du 12 juin 2026 limite à quatre ans le versement des indemnités journalières de sécurité sociale en cas d’accident du travail ou de maladie professionnelle.

Cette mesure concerne directement les agents contractuels de droit public affiliés au régime général. Elle ne s’applique pas aux fonctionnaires titulaires, qui bénéficient du régime statutaire du congé pour invalidité temporaire imputable au service.

Le fonctionnaire victime d’un accident de service ou d’une maladie professionnelle peut bénéficier du CITIS, avec maintien de son traitement jusqu’à la guérison, la consolidation ou la mise à la retraite.

L’agent contractuel, en revanche, pourra voir ses indemnités journalières interrompues au terme d’une période maximale de quatre ans pour un même sinistre professionnel.

5. Enjeux financiers pour les employeurs publics

Ces textes peuvent générer un transfert de charges vers l’employeur public, notamment pour les agents contractuels.

Lorsque les indemnités journalières sont réduites, plafonnées, suspendues ou interrompues, l’administration peut être contrainte de supporter une part plus importante du maintien de rémunération, selon les règles applicables localement et les garanties prévues par les contrats de prévoyance.

Cette évolution intervient dans un contexte déjà contraint pour les finances publiques locales. Les collectivités devront donc anticiper les effets cumulés de la baisse des remboursements de sécurité sociale, du développement de la prévoyance obligatoire et de la hausse des charges de personnel.

6. FAQ juridique pour les services RH

Non. Leur applicabilité dépend du statut de l’agent. Le Passeport de prévention concerne tous les agents publics. Les règles relatives aux indemnités journalières concernent principalement les agents contractuels affiliés au régime général.

Non, ce plafond ne remet pas en cause les droits statutaires au congé de maladie ordinaire. Toutefois, les pratiques médicales pourront évoluer et conduire les fonctionnaires à obtenir des prolongations plus fréquentes.

L’employeur public ne peut pas modifier la prescription médicale. En revanche, il doit alerter l’agent sur le risque de non-indemnisation par la CPAM et l’inviter à se rapprocher rapidement de son médecin prescripteur.

Non. Les fonctionnaires titulaires relèvent du CITIS. Le plafond de quatre ans vise les indemnités journalières servies par le régime général, donc les agents contractuels.

Oui. En cas d’accident, l’absence de traçabilité des formations obligatoires ou utiles à la prévention peut fragiliser la position de l’employeur public.

7. Recommandations opérationnelles pour les décideurs publics

Les employeurs publics doivent intégrer le Passeport de prévention dans leur organisation RH. Cela suppose de fiabiliser les données de formation, d’identifier les formations concernées et de mettre en place un calendrier de déclaration.

Les collectivités doivent vérifier si leurs contrats de protection sociale complémentaire couvrent correctement les pertes de ressources liées aux nouvelles règles applicables aux agents contractuels.

Les services RH doivent anticiper les risques liés aux prescriptions non conformes, notamment en cas de subrogation. Une information claire des agents contractuels devient nécessaire.

La limitation des indemnisations longues impose d’agir plus tôt. Les employeurs publics doivent renforcer les démarches de prévention, d’aménagement de poste, de reclassement et d’accompagnement des agents fragilisés.

Conclusion

Les décrets du 12 juin 2026 ne s’appliquent pas uniformément à toute la fonction publique. Leur impact est particulièrement fort pour les agents contractuels, dont la protection dépend largement du régime général de la sécurité sociale.

Pour les DRH publics, l’enjeu est double : sécuriser juridiquement la gestion des situations individuelles et anticiper les conséquences financières de ces nouvelles règles. La distinction entre fonctionnaires et contractuels devient plus que jamais centrale dans la gestion de la santé au travail et des absences.