Sources : Légifrance et Service Public (décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026, JO du 31 juillet 2026) — nouvelles modalités des arrêts de travail des agents publics

Synthèse opérationnelle. À une semaine d'une échéance majeure, il est indispensable d'attirer l'attention des services de ressources humaines sur les nouvelles règles applicables aux arrêts de travail des agents publics, qui entrent en vigueur le 1er septembre 2026. Le décret du 29 juillet 2026, relatif aux congés pour raisons de santé des agents publics civils et militaires, comporte en effet un calendrier d'entrée en vigueur échelonné. Les dispositions relatives au temps partiel thérapeutique et aux examens médicaux à distance sont applicables depuis le 1er août 2026. Les dispositions relatives aux arrêts de travail, à leur contrôle, aux certificats médicaux sécurisés et aux congés de longue maladie entrent, quant à elles, en vigueur le 1er septembre 2026. Un dispositif de préparation de la reprise est par ailleurs prévu pour une échéance ultérieure, en 2028. La réforme des arrêts de travail poursuit un double objectif : rapprocher les règles applicables aux agents publics de celles du régime général de la sécurité sociale, et renforcer le contrôle des arrêts de travail. Elle transpose ainsi à la fonction publique des mesures récemment instaurées ou en cours d'instauration pour les salariés du secteur privé. Pour la fonction publique territoriale, ces évolutions impliquent une adaptation des procédures internes de gestion des congés de maladie. Pour les collectivités, prendre la mesure de l'échéance du 1er septembre 2026, connaître les nouvelles règles des arrêts de travail, et adapter en conséquence leurs procédures internes de gestion des congés de maladie sont des impératifs de cette rentrée.

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Sources : décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 (modifiant le décret n° 87-602 du 30 juillet 1987 et le décret n° 88-145 du 15 février 1988) — textes territoriaux modifiés

Synthèse opérationnelle. La réforme des arrêts de travail se traduit, pour la fonction publique territoriale, par la modification de deux textes réglementaires de référence, qu'il importe d'identifier pour bien situer les évolutions. Le décret du 29 juillet 2026 modifie en effet, pour la fonction publique territoriale, le décret du 30 juillet 1987 relatif à l'organisation des conseils médicaux, aux conditions d'aptitude physique et au régime des congés de maladie des fonctionnaires territoriaux, ainsi que le décret du 15 février 1988 relatif aux agents contractuels de la fonction publique territoriale. Ces deux textes constituent le socle réglementaire des congés de maladie, respectivement pour les fonctionnaires et pour les contractuels territoriaux, et se trouvent ainsi actualisés par la réforme. Il convient de noter que la rédaction du décret a fait l'objet de signalements quant à deux discordances rédactionnelles concernant la fonction publique territoriale, relevées par des analyses spécialisées : une incohérence dans la numérotation d'un article du décret de 1987, et un renvoi, dans le décret de 1988, à des articles qui ne correspondent pas aux congés visés. Ces discordances devront être prises en compte dans l'attente d'une éventuelle correction du texte. Pour les collectivités, identifier les textes territoriaux modifiés par la réforme, soit les décrets de 1987 et de 1988, actualiser leur documentation de référence, et prendre en compte les éventuelles discordances rédactionnelles signalées sont des éléments d'une appropriation rigoureuse de la réforme.

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Sources : décret n° 87-602 du 30 juillet 1987 modifié ; jurisprudence administrative en matière de congés de maladie — le respect des règles de transmission des arrêts

Synthèse opérationnelle. La réforme renforçant le formalisme et le contrôle des arrêts de travail, il est utile de rappeler que le respect des règles de transmission et de justification des arrêts est, de longue date, contrôlé par le juge, et conditionne les droits de l'agent. La jurisprudence administrative a en effet eu l'occasion de rappeler l'importance du respect, par l'agent, des obligations relatives à la transmission et à la justification de ses arrêts de travail. Ainsi, en l'absence de motif légitime, d'impossibilité absolue ou de force majeure, un employeur public peut légalement tirer les conséquences du non-respect, par l'agent, des formalités et des délais prescrits pour la transmission des justificatifs de son arrêt. Le manquement de l'agent à ses obligations peut ainsi affecter ses droits, notamment au maintien de sa rémunération. La réforme des arrêts de travail, en renforçant les obligations des agents et en conditionnant plus nettement le maintien de la rémunération à leur respect, s'inscrit dans cette logique de responsabilisation. Elle donne un fondement réglementaire renforcé au contrôle du respect des obligations par les agents. Il en résulte, pour les collectivités, la nécessité d'appliquer ces règles avec rigueur, mais aussi avec discernement, en tenant compte des motifs légitimes éventuels, afin de sécuriser leurs décisions. Pour les collectivités, appliquer avec rigueur les règles de transmission et de contrôle des arrêts de travail, tenir compte des motifs légitimes éventuels invoqués par l'agent, et sécuriser ainsi juridiquement leurs décisions relatives aux congés de maladie sont des éléments d'une gestion maîtrisée des arrêts de travail.

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Sources : décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 ; décret n° 87-602 du 30 juillet 1987 modifié — les conséquences du non-respect des obligations sur la rémunération

Synthèse opérationnelle. Un aspect essentiel de la réforme des arrêts de travail réside dans le lien renforcé entre le respect, par l'agent, de ses obligations, et le maintien de sa rémunération, ce qui en fait un enjeu financier direct. La réforme précise et renforce les obligations pesant sur l'agent placé en arrêt de travail : établissement de l'arrêt selon les nouvelles modalités, transmission dans les délais, respect des prescriptions, notamment quant aux sorties autorisées, et le cas échéant, respect des contrôles. Le maintien de la rémunération de l'agent pendant son congé de maladie se trouve désormais plus nettement conditionné au respect de ces obligations. Le non-respect de ces obligations pourra ainsi entraîner la suspension de la rémunération de l'agent. Cette conséquence financière, qui existait déjà dans son principe, se trouve confortée et clarifiée par la réforme, dans une logique de responsabilisation des agents et d'alignement sur les règles du régime général. Il en résulte, pour les collectivités, la nécessité d'informer clairement les agents de leurs obligations et des conséquences de leur non-respect, et de tirer, le cas échéant, les conséquences des manquements sur la rémunération, dans le respect des règles et du contradictoire. Pour les collectivités, prendre en compte le conditionnement renforcé du maintien de la rémunération au respect des obligations de l'agent, informer clairement les agents de leurs obligations et des conséquences de leur non-respect, et tirer, le cas échéant, les conséquences des manquements sont des éléments d'une gestion à jour des arrêts de travail.

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Sources : décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 ; Service Public — le plafonnement de la durée de prescription des arrêts

Synthèse opérationnelle. Parmi les mesures phares de la réforme figure le plafonnement de la durée de prescription des arrêts de travail, aligné sur les règles du régime général, dont les collectivités doivent connaître les modalités. À compter du 1er septembre 2026, la durée des prescriptions d'arrêt de travail se trouve encadrée. Un arrêt de travail initial ne pourra excéder une durée d'un mois, soit trente et un jours. En cas de prolongation, la durée est portée à un plafond de deux mois, soit soixante-deux jours. Ces plafonds connaissent toutefois des exceptions, lorsque la situation particulière liée à l'état de santé de l'agent le justifie médicalement : dans ces cas, une durée supérieure peut être prescrite, sous réserve de justification médicale. Ce plafonnement, qui reprend une règle applicable dans le régime général, vise à encadrer la prescription des arrêts et à favoriser le suivi régulier de la situation de l'agent. Il implique, en pratique, que des arrêts de longue durée devront faire l'objet de prescriptions successives, dans le respect des plafonds, sauf justification médicale d'une durée supérieure. Les collectivités devront être attentives à ces nouvelles durées dans la gestion des arrêts de leurs agents. Pour les collectivités, connaître le plafonnement de la durée de prescription des arrêts de travail, soit un mois pour un arrêt initial et deux mois en cas de prolongation, sauf exception médicalement justifiée, et prendre en compte ces règles dans la gestion des congés de maladie sont des éléments d'une gestion à jour des arrêts de travail.

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Sources : décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 ; Service Public — le formulaire sécurisé d'arrêt de travail

Synthèse opérationnelle. L'une des mesures les plus visibles de la réforme est l'obligation, au 1er septembre 2026, d'établir les arrêts de travail au moyen d'un formulaire sécurisé, dans un objectif de lutte contre la fraude. À compter du 1er septembre 2026, tout avis d'arrêt de travail établi au format papier devra l'être au moyen d'un formulaire administratif sécurisé, délivré par le médecin prescripteur. Ce formulaire sécurisé comporte des dispositifs destinés à en garantir l'authenticité et à prévenir les falsifications. Il vise notamment à lutter contre la vente et l'usage de faux arrêts de travail, phénomène qui a pris de l'ampleur. Cette obligation reprend une règle applicable aux salariés du secteur privé depuis le 1er septembre 2025. La dématérialisation de l'arrêt demeure par ailleurs possible. L'arrêt précise notamment si les sorties de l'agent sont autorisées, interdites ou libres. Pour les collectivités, cette évolution implique une vigilance sur le modèle de certificat transmis par les agents : il conviendra de veiller à ce que les arrêts reçus soient bien établis sur le formulaire sécurisé, et de savoir identifier un document non conforme. Cette vérification participe de la lutte contre la fraude aux arrêts de travail. Pour les collectivités, prendre en compte l'obligation du formulaire d'arrêt de travail sécurisé à compter du 1er septembre 2026, être attentives au modèle de certificat transmis par les agents, savoir identifier un document non conforme, et concourir ainsi à la lutte contre la fraude sont des éléments d'une gestion vigilante des arrêts de travail.

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Sources : décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 ; pratiques de dialogue social (2026) — l'accompagnement de la réforme auprès des agents et des instances

Synthèse opérationnelle. La mise en œuvre des nouvelles règles des arrêts de travail suppose un effort d'information des agents et un dialogue avec les instances représentatives, gage d'une application comprise et acceptée. La réforme modifie en effet des règles qui concernent directement l'ensemble des agents, susceptibles d'être placés en arrêt de travail. Une information claire des agents sur les nouvelles obligations est donc essentielle : recours au formulaire sécurisé, respect des délais de transmission, plafonnement des durées, obligations relatives aux sorties et aux contrôles, et conséquences du non-respect sur la rémunération. Cette information, en amont de l'entrée en vigueur, permet aux agents de connaître leurs obligations et d'éviter des manquements involontaires, préjudiciables à leurs droits. Le dialogue avec les instances représentatives du personnel, notamment le comité social territorial, sur la mise en œuvre de ces nouvelles règles, participe également d'une application concertée et transparente de la réforme. Il permet d'expliquer les évolutions, d'entendre les préoccupations éventuelles, et de veiller à une application équilibrée. Dans un contexte où ces règles renforcent le contrôle et les obligations des agents, la qualité de l'information et du dialogue est d'autant plus importante pour prévenir les incompréhensions et les tensions. Pour les collectivités, informer clairement les agents des nouvelles règles des arrêts de travail avant leur entrée en vigueur, dialoguer avec les instances représentatives sur leur mise en œuvre, et veiller à une application concertée et transparente sont des éléments d'un accompagnement réussi de la réforme.

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Sources : décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 ; pratiques de gestion de l'absentéisme (2026) — le suivi des agents en arrêt et le maintien du lien

Synthèse opérationnelle. Au-delà du contrôle, la réforme et le suivi des arrêts de travail invitent à porter attention au maintien du lien avec l'agent absent et à la préparation de son retour, dans une logique de gestion des ressources humaines et de prévention de la désinsertion professionnelle. Le plafonnement des durées d'arrêt et le suivi plus régulier de la situation de l'agent qui en résulte offrent en effet l'occasion d'un suivi plus attentif des agents en arrêt de travail, notamment de longue durée. Ce suivi ne se limite pas au contrôle : il peut aussi être l'occasion de maintenir un lien avec l'agent absent, dans le respect de sa situation, et de préparer, le moment venu, son retour dans de bonnes conditions. La prévention de la désinsertion professionnelle, particulièrement pour les agents en arrêt prolongé, est un enjeu important : plus un agent reste éloigné du travail, plus son retour peut être difficile. C'est dans cette perspective que s'inscrit d'ailleurs le dispositif de préparation de la reprise, prévu par la réforme pour une échéance ultérieure, en 2028, pour les interruptions de travail les plus longues. Le suivi des arrêts gagne ainsi à être appréhendé non seulement sous l'angle du contrôle, mais aussi sous celui de l'accompagnement et du maintien dans l'emploi. Pour les collectivités, appréhender le suivi des arrêts de travail dans une logique d'accompagnement autant que de contrôle, maintenir un lien approprié avec les agents en arrêt de longue durée, et préparer leur retour dans de bonnes conditions sont des éléments d'une gestion des arrêts soucieuse du maintien dans l'emploi.

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Sources : décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 ; guides des centres de gestion (2026) — l'adaptation des procédures internes de gestion des congés de maladie

Synthèse opérationnelle. La mise en œuvre des nouvelles règles au 1er septembre 2026 suppose, pour les collectivités, une adaptation concrète de leurs procédures internes et de leurs outils de gestion des congés de maladie, à conduire sans délai. Plusieurs chantiers pratiques doivent être menés. Il convient d'abord d'actualiser les procédures internes de réception, d'enregistrement et de contrôle des arrêts de travail, pour tenir compte des nouvelles règles : vérification du formulaire sécurisé, prise en compte des plafonds de durée, suivi des obligations des agents. Il importe ensuite d'adapter, le cas échéant, les outils et systèmes d'information de gestion des ressources humaines, afin qu'ils intègrent ces nouvelles règles et modalités. Il convient également de préparer et d'outiller les gestionnaires en charge des congés de maladie, par une information sur les nouvelles règles et la mise à disposition de repères pratiques. Il importe enfin de préparer les modèles de courriers et d'actes tenant compte des évolutions, notamment s'agissant des conséquences éventuelles des manquements. Ces adaptations, à conduire dans un délai contraint compte tenu de l'échéance du 1er septembre, sont indispensables à une application correcte et sécurisée des nouvelles règles. Pour les collectivités, actualiser sans délai les procédures internes de gestion des congés de maladie, adapter les outils et systèmes d'information, préparer et outiller les gestionnaires, et se doter des modèles nécessaires sont des éléments d'une mise en œuvre opérationnelle réussie de la réforme.

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Sources : décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 ; analyses sur le coût de l'absentéisme (2026) — l'enjeu financier de la maîtrise de l'absentéisme

Synthèse opérationnelle. La réforme des arrêts de travail comporte un enjeu financier pour les collectivités, l'absentéisme pour raison de santé représentant un coût significatif dont la maîtrise est un objectif de la réforme. L'absentéisme pour raison de santé pèse en effet sur les finances et l'organisation des collectivités : coût du maintien de la rémunération des agents absents, coût des remplacements, désorganisation des services, report de charge sur les agents présents. La maîtrise de l'absentéisme est ainsi un enjeu financier et organisationnel important pour les collectivités. La réforme des arrêts de travail, en renforçant le contrôle des arrêts, le formalisme des certificats et les obligations des agents, poursuit notamment un objectif de meilleure maîtrise de l'absentéisme et de lutte contre les arrêts injustifiés ou frauduleux. Le renforcement du contrôle et la clarification des conséquences du non-respect des obligations sur la rémunération participent de cet objectif. Pour autant, la maîtrise de l'absentéisme ne saurait se réduire au seul contrôle : elle passe aussi par la prévention, l'amélioration des conditions de travail, et l'accompagnement des agents, facteurs de réduction de l'absentéisme de fond. La réforme offre ainsi de nouveaux outils, à mobiliser dans une approche équilibrée entre contrôle et prévention. Pour les collectivités, prendre en compte l'enjeu financier de l'absentéisme, mobiliser les nouveaux outils de contrôle offerts par la réforme, mais aussi agir sur la prévention et les conditions de travail, et rechercher une approche équilibrée sont des éléments d'une maîtrise durable de l'absentéisme.

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Sources : analyses prospectives (2026) ; décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 ; décret n° 2026-498 du 12 juin 2026 — le rapprochement des régimes public et privé

Synthèse opérationnelle. Au-delà de ses dispositions techniques, la réforme des arrêts de travail traduit un mouvement de fond qu'il est éclairant de mettre en perspective : le rapprochement progressif des règles applicables aux agents publics de celles du régime général de la sécurité sociale et du secteur privé. La réforme des arrêts de travail transpose en effet à la fonction publique des mesures récemment instaurées, ou en cours d'instauration, pour les salariés du secteur privé, notamment par un décret de juin 2026. Formulaire sécurisé, plafonnement des durées de prescription, renforcement des contrôles : autant de règles qui rapprochent le régime des agents publics de celui des salariés du privé. Ce rapprochement s'inscrit dans un mouvement plus large de convergence des règles applicables aux deux secteurs, déjà observé en d'autres matières, comme la rupture conventionnelle. Il traduit une évolution de la conception du statut, dont certaines spécificités s'estompent au profit d'un alignement sur le droit commun. Le signal de fond à suivre est cette convergence public-privé en matière de santé au travail et de protection sociale, qui interroge la spécificité du régime des agents publics et son articulation avec le régime général. Cette convergence comporte des enjeux : harmonisation et lisibilité des règles, d'une part, mais aussi préservation des spécificités justifiées du service public, d'autre part. Pour les collectivités, appréhender la réforme des arrêts de travail comme une manifestation du rapprochement public-privé en matière de santé au travail, en mesurer la portée et les enjeux, et suivre ce mouvement de convergence des régimes sont des éléments d'une compréhension approfondie de l'évolution du cadre statutaire.

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