La réglementation applicable aux arrêts maladie et au temps partiel thérapeutique des agents publics évolue sensiblement en 2026.

Deux dates doivent désormais être distinguées : le 1er août 2026 pour les nouvelles règles relatives au temps partiel thérapeutique et le 1er septembre 2026 pour celles concernant les arrêts maladie.

Pour les directions des ressources humaines, ces évolutions ne sont pas uniquement techniques. Elles ont des conséquences directes sur la réception et le contrôle des arrêts, l'instruction des demandes de temps partiel thérapeutique, la motivation des décisions et l'organisation des procédures internes.

1. Deux dates d'entrée en vigueur à retenir

La réforme ne s'applique pas uniformément à compter d'une date unique.

Les nouvelles règles concernant le temps partiel thérapeutique sont applicables aux demandes présentées depuis le 1er août 2026.

Les principales évolutions relatives aux arrêts maladie sont, quant à elles, applicables depuis le 1er septembre 2026.

2. Arrêts maladie : de nouvelles obligations à compter du 1er septembre 2026

L'une des évolutions les plus visibles concerne la formalisation des arrêts de travail.

Le document publié par la DGAFP indique désormais l'utilisation obligatoire du certificat d'arrêt de travail sécurisé. Les volets destinés à l'administration doivent lui être transmis dans les conditions prévues par la nouvelle réglementation.

Cette évolution impose aux services RH une vigilance accrue lors de la réception des arrêts afin de vérifier leur conformité formelle.

3. Durée des prescriptions : un nouvel encadrement

Autre évolution importante : la durée des prescriptions est désormais davantage encadrée.

Selon la présentation de la DGAFP, l'arrêt initial est limité à un mois et les renouvellements sont en principe limités à deux mois.

Cet encadrement concerne également les congés de longue maladie et de longue durée, sous réserve des possibilités de dérogation médicale permettant, dans certaines situations, une prescription pouvant aller jusqu'à six mois.

Cette évolution ne modifie pas pour autant la durée totale des droits statutaires attachés aux différents congés. Elle porte sur la durée des prescriptions et leur renouvellement.

Le régime d'interdiction d'exercer une activité rémunérée, auparavant associé notamment aux congés de longue maladie et de longue durée, est désormais étendu au congé de maladie ordinaire.

Les employeurs publics disposent ainsi d'un cadre plus explicite concernant les obligations des agents placés en congé pour raison de santé.

4. Contrôle des agents en arrêt : des conséquences renforcées

La réglementation renforce également les modalités de contrôle des agents placés en arrêt maladie.

Une personne habilitée par l'administration peut notamment vérifier la présence de l'agent à son domicile en dehors de ses heures de sortie autorisées.

Une absence injustifiée ou le refus de se soumettre à cette visite peuvent avoir des conséquences directes sur le versement de la rémunération.

La DGAFP précise que la rémunération peut être interrompue jusqu'à la fin de l'arrêt. La reprise de son versement suppose alors la production d'un nouvel arrêt justifiant le congé maladie.

5. De nouveaux droits pour les agents

Les nouvelles règles ne sont pas uniquement synonymes de contraintes supplémentaires. Elles introduisent également plusieurs droits destinés à mieux sécuriser la situation des agents.

Lorsqu'un congé de maladie ordinaire arrive à échéance alors qu'une décision concernant un congé de longue maladie ou un congé de longue durée n'est pas encore intervenue, l'agent peut bénéficier d'une indemnité d'attente.

L'objectif est d'éviter une rupture de revenu pendant la période nécessaire à l'instruction du dossier par le conseil médical.

Le document de la DGAFP prévoit également la possibilité, sous certaines conditions, de commencer ou de poursuivre une formation pendant un congé pour raisons de santé.

Cette faculté suppose notamment un avis favorable du médecin agréé ainsi qu'un accord de l'administration, laquelle dispose d'un délai de trente jours pour se prononcer sur la demande.

À compter de 2028, une visite médicale de reprise doit compléter le dispositif afin de faciliter le retour à l'emploi.

6. Temps partiel thérapeutique : une procédure profondément revue

Le temps partiel thérapeutique permet à un agent de reprendre progressivement son activité après un arrêt ou, dans certaines situations, de poursuivre son activité à temps partiel sans arrêt préalable.

Son objectif reste inchangé : favoriser le maintien ou le retour dans l'emploi tout en conciliant la protection de la santé de l'agent et la continuité du service.

Les conditions médicales, les quotités de travail, les règles de rémunération et la durée maximale d'un an ne sont pas modifiées par la réforme présentée par la DGAFP.

C'est principalement la procédure qui évolue.

Jusqu'alors, le temps partiel thérapeutique était accordé et renouvelé par périodes comprises entre un et trois mois, dans la limite globale d'un an.

Depuis le 1er août 2026, cette obligation disparaît. La durée de l'autorisation peut être déterminée directement en fonction de la situation de l'agent, toujours dans la limite maximale d'un an.

7. Des délais de réponse désormais imposés à l'employeur public

Il s'agit probablement de l'une des évolutions les plus importantes pour les services RH.

Jusqu'à présent, aucun délai maximal général de réponse n'était fixé dans les conditions rappelées par la DGAFP.

Désormais, lorsque la demande fait suite notamment à un congé de longue maladie, un congé de longue durée, un congé imputable au service ou certaines situations d'éloignement pour raison de santé, l'administration doit se prononcer au plus tard le jour prévu pour la reprise de l'agent.

Dans les autres situations, l'employeur dispose d'un délai maximal de trente jours à compter de la réception de la demande.

8. Le contrôle médical du temps partiel thérapeutique évolue

Autre changement majeur : l'examen médical n'est plus organisé selon une échéance systématique liée au dépassement d'une durée de trois mois.

L'employeur peut désormais faire examiner l'agent par un médecin agréé dès la réception de la demande puis à tout moment pendant le TPT lorsque la situation le justifie.

Le nouveau cadre précise également les conséquences d'une absence de l'agent à un examen médical.

Lorsqu'elle intervient pendant l'instruction de la demande, cette absence peut être considérée comme un désistement. Lorsqu'elle intervient pendant un TPT déjà accordé, elle peut conduire à l'interruption de l'autorisation.

9. Refus ou interruption du TPT : des garanties procédurales renforcées

Le refus ou l'interruption d'un temps partiel thérapeutique doit désormais être motivé.

La procédure applicable dépend cependant du fondement de la décision.

Un entretien préalable doit être organisé. L'agent peut être assisté par une personne de son choix au cours de cet entretien.

L'avis préalable d'un médecin agréé doit être recueilli avant toute décision.

Les conclusions du médecin agréé peuvent être contestées devant le conseil médical en formation restreinte, à l'initiative de l'agent ou de l'administration.

Lorsque l'agent est déjà placé en TPT, son autorisation est prolongée jusqu'à ce que le conseil médical se prononce.

Si le conseil médical confirme les conclusions du médecin agréé, celles-ci deviennent définitives dans le cadre de la procédure décrite par la DGAFP, sans nouvelle contestation devant le conseil médical supérieur.

10. Ce que les employeurs territoriaux doivent faire concrètement

Au-delà de la lecture des nouveaux textes, la réforme suppose une adaptation opérationnelle des pratiques RH.

Les collectivités ont intérêt à actualiser immédiatement leurs procédures internes relatives aux congés pour raison de santé et au temps partiel thérapeutique.

Il convient notamment de fiabiliser la réception et l'enregistrement des demandes, d'identifier précisément les délais de réponse, d'adapter les modèles de décisions, de sécuriser les modalités de contrôle et de formaliser les procédures applicables en cas de refus ou d'interruption d'un TPT.

Une information des gestionnaires RH, des encadrants et, le cas échéant, des agents apparaît également nécessaire afin d'éviter l'application d'anciennes procédures devenues obsolètes.

Une réforme qui modifie réellement les pratiques de gestion

Derrière des évolutions qui peuvent paraître procédurales se dessine une modification substantielle de la gestion des congés pour raison de santé.

D'un côté, les obligations des agents et les possibilités de contrôle sont renforcées. De l'autre, les décisions de l'employeur public sont davantage encadrées, notamment par des délais, une obligation de motivation et des garanties procédurales nouvelles.

Pour les employeurs territoriaux, la priorité doit donc être de sécuriser l'ensemble de la chaîne administrative : réception des documents, instruction, contrôle, décision et préparation de la reprise.

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