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Jurisprudence RH • Fonction publique • Septembre 2026
Congé de longue maladie refusé : un agent public peut-il devoir rembourser 22 646 € de rémunération ?

Régularisation rétroactive, disponibilité d'office et récupération d'un trop-perçu : ce que les DRH territoriaux doivent retenir d'un arrêt de la cour administrative d'appel de Toulouse.

CAA de Toulouse, 22 septembre 2026, n° 24TL02040

L'essentiel en une minute

Une décision portant sur la situation statutaire d'un fonctionnaire peut, exceptionnellement, produire des effets rétroactifs lorsqu'une telle rétroactivité est nécessaire pour assurer la continuité de sa carrière ou régulariser sa situation.

Mais cette possibilité ne dispense pas l'employeur public de justifier ses décisions, de vérifier les droits à rémunération et de sécuriser les éventuelles procédures de recouvrement.

1. Les faits : un refus de CLM suivi d'une dette de 22 646 €

Une enseignante placée en arrêt maladie depuis le 14 septembre 2020 sollicite, en avril 2021, le bénéfice d'un congé de longue maladie. L'administration refuse cette demande par un arrêté du 23 août 2021.

Une décision du 14 décembre 2021 confirme ce refus et place notamment l'intéressée en disponibilité d'office pour raison de santé du 14 septembre au 30 novembre 2021. Elle prévoit également sa reprise à temps complet à compter du 3 janvier 2022.

Le 2 février 2023, l'administration émet un titre exécutoire de 22 646,05 €, correspondant à des rémunérations considérées comme indûment versées sur plusieurs mois de 2021 et 2022.

Une mise en demeure de payer est ensuite adressée à l'agente pour un total de 24 911,05 €, majoration comprise.

L'intéressée conteste les décisions relatives à sa situation médicale et statutaire, ainsi que le titre de perception et la mise en demeure.

La question juridique centrale

L'administration peut-elle régulariser rétroactivement une situation statutaire, puis réclamer le remboursement des rémunérations dont elle estime le versement injustifié ?

2. Une décision statutaire peut exceptionnellement être rétroactive

En principe, les décisions administratives ne peuvent légalement disposer que pour l'avenir.

La cour administrative d'appel rappelle toutefois une exception applicable aux décisions relatives à la carrière des fonctionnaires.

Le principe retenu par la cour

Une décision relative à la carrière peut recevoir une portée rétroactive dans la mesure nécessaire pour assurer la continuité de la carrière de l'agent ou procéder à la régularisation de sa situation.

CAA Toulouse, 22 septembre 2026, point 20.

Dans cette affaire, le placement rétroactif de l'agente en congé de maladie ordinaire, puis en disponibilité d'office, a été jugé compatible avec le principe de non-rétroactivité.

La cour considère que ces décisions répondaient à la nécessité d'assurer la continuité de sa carrière.

Ce que cela signifie pour un service RH

Une collectivité peut être confrontée à un décalage entre la date d'effet d'une situation statutaire et la date à laquelle l'autorité territoriale est en mesure de prendre sa décision.

L'enjeu est alors de justifier juridiquement la régularisation, d'identifier précisément les périodes concernées et d'en déterminer les conséquences financières.

Attention à la portée de cette solution

L'arrêt ne reconnaît pas un pouvoir général de rétroactivité. Il admet une exception strictement liée aux nécessités de continuité de carrière ou de régularisation. En FPT, les conditions de placement en disponibilité d'office et les garanties statutaires propres à chaque situation doivent être vérifiées séparément.

3. Congé de longue maladie : une pathologie constatée ne suffit pas toujours

Le congé de longue maladie répond à des conditions statutaires qui ne se résument pas à la seule existence d'une affection médicalement diagnostiquée.

L'administration doit notamment apprécier l'impossibilité d'exercer les fonctions, la nécessité de soins prolongés, ainsi que le caractère invalidant et la gravité confirmée de l'affection.

Dans l'affaire examinée, l'agente produisait plusieurs documents médicaux faisant état notamment de difficultés psychologiques et de manifestations anxio-dépressives.

Toutefois, la cour estime que ces pièces ne suffisaient pas à démontrer le caractère invalidant requis pour bénéficier du congé de longue maladie.

Elle valide donc le refus opposé par l'administration.

L'enseignement pour les DRH territoriaux

La réalité d'une maladie et l'ouverture du droit à un congé statutaire particulier constituent deux questions distinctes.

Un dossier médical peut établir une affection sans démontrer que toutes les conditions juridiques du congé sollicité sont réunies.

Le service RH doit veiller à la qualité de l'instruction administrative, dans le respect des compétences médicales et du secret médical.

4. L'avis médical ne remplace pas la décision de l'employeur

La cour rappelle également une distinction fondamentale : l'avis de l'instance médicale et la décision de l'autorité administrative ne se confondent pas.

En l'espèce, le recteur avait examiné le dossier de l'agente et pris en considération l'avis du comité médical. La cour ne relève aucun élément démontrant qu'il se serait considéré juridiquement lié par cet avis.

Le moyen tiré de l'absence d'exercice de sa propre compétence décisionnelle est donc écarté.

Application pratique

Une décision RH doit être prise par l'autorité compétente, à partir d'une instruction régulière et d'une appréciation adaptée à la situation.

Dans la fonction publique territoriale, il convient toutefois de vérifier les cas particuliers dans lesquels l'avis du conseil médical conditionne juridiquement la décision ou la reprise des fonctions.

5. Refus de CLM : l'obligation de motivation doit être respectée

Le refus d'accorder un congé de longue maladie constitue une décision refusant un avantage dont l'attribution représente un droit pour les fonctionnaires remplissant les conditions légales.

Cette décision doit donc être motivée, conformément aux exigences du code des relations entre le public et l'administration.

Dans cette affaire, la cour juge la motivation suffisante au regard des références juridiques figurant dans l'arrêté et des indications contenues dans sa lettre d'accompagnement.

Elle rappelle que l'exigence de motivation doit être conciliée avec le respect du secret médical.

Une distinction importante

La cour considère que l'avis du comité médical ne constituait pas, en lui-même, une décision administrative individuelle défavorable soumise à l'obligation de motivation prévue à l'article L. 211-2 du CRPA.

Elle retient également, dans le cadre juridique applicable à l'espèce, que la décision de disponibilité d'office et de reprise des fonctions n'était pas soumise à cette même exigence sur le fondement invoqué.

Vigilance en FPT

Ces appréciations portent sur les décisions en litige et les textes applicables à l'époque des faits. Elles ne dispensent pas de rechercher les autres obligations de motivation éventuellement applicables aux décisions individuelles prises aujourd'hui par les collectivités.

6. Trop-perçu de rémunération : le recouvrement doit être justifié

Le litige ne portait pas uniquement sur la situation statutaire de l'agente. Il concernait également le remboursement de rémunérations que l'administration considérait comme indûment versées.

Le titre de perception émis pour 22 646,05 € était contesté, notamment au regard de sa signature, de la compétence de son auteur et des éléments permettant de comprendre le calcul de la dette.

La cour relève que le titre indiquait les périodes concernées et détaillait, pour chaque mois, les éléments de rémunération à recouvrer.

Elle juge ces informations suffisamment précises au regard des exigences applicables au titre de perception de l'État.

La conséquence pour les employeurs territoriaux

Lorsqu'une régularisation statutaire entraîne un recalcul de la paie, le service RH doit pouvoir reconstituer les droits de l'agent période par période.

La collectivité doit distinguer les rémunérations réellement indues des sommes qui demeurent légalement acquises à l'agent.

Les règles de prescription, les modalités de notification et les procédures applicables au recouvrement doivent également être contrôlées.

Un point essentiel : le maintien du demi-traitement

Certaines sommes versées pendant l'attente d'une décision après l'expiration des droits statutaires à congé de maladie peuvent rester acquises à l'agent, même lorsqu'une décision ultérieure régularise rétroactivement sa situation.

Il serait donc juridiquement dangereux de déduire du seul caractère rétroactif d'une disponibilité d'office que tous les versements intervenus pendant cette période doivent être remboursés.

Enfin, l'arrêt distingue le contentieux relatif au bien-fondé ou à l'exigibilité de la créance des contestations portant sur la régularité formelle des actes de poursuite. Ces dernières peuvent relever d'un autre juge.

7. Ce que les DRH territoriaux doivent concrètement retenir

Bien que le litige concerne une fonctionnaire de l'État, les problématiques qu'il soulève se retrouvent fréquemment dans les collectivités territoriales.

Premier enjeu : sécuriser la chronologie statutaire

Chaque période de congé, d'attente d'avis médical, de disponibilité ou de reprise doit reposer sur une situation juridiquement identifiée.

Deuxième enjeu : séparer l'instruction médicale et la décision RH

L'autorité territoriale doit respecter la procédure médicale applicable sans abandonner sa propre compétence administrative.

Troisième enjeu : maîtriser les conséquences financières

Une régularisation administrative peut modifier les droits à rémunération. Mais chaque somme réclamée doit être juridiquement et comptablement justifiée.

Quatrième enjeu : conserver les preuves

Décisions, avis, notifications, éléments de paie et décomptes doivent permettre de retracer l'ensemble du traitement du dossier.

8. La méthode RH pour sécuriser un dossier de CLM refusé

Face à un refus de congé de longue maladie susceptible de produire des conséquences statutaires et financières, une méthode en six étapes peut être retenue.

1. Reconstituer la chronologie. Identifier les congés accordés, les dates de demandes, les périodes médicalement justifiées et les décisions prises.

2. Vérifier le cadre statutaire applicable. Déterminer les droits ouverts à l'agent et les conditions juridiques d'une éventuelle disponibilité d'office.

3. Sécuriser la procédure médicale. Contrôler les saisines requises, les avis rendus, l'information de l'agent et les garanties procédurales.

4. Formaliser les décisions administratives. Vérifier leur compétence, leur fondement, leur motivation lorsqu'elle est exigée et leur notification.

5. Reconstituer les droits financiers. Examiner les traitements, indemnités et éventuels maintiens de rémunération, en tenant compte des sommes légalement acquises.

6. Sécuriser le recouvrement éventuel. Vérifier la prescription, les bases de calcul, les pièces justificatives et les procédures applicables aux collectivités territoriales.

Question à se poser avant toute émission de titre

La collectivité est-elle en mesure de démontrer, pour chaque période et chaque élément de rémunération, pourquoi la somme réclamée constitue effectivement un indu ?

Bibliothèque professionnelle RH FPT

Votre dossier RH ne s'arrête pas ici

Vous gérez une situation de congé de longue maladie, de disponibilité d'office ou de régularisation de rémunération ?

Retrouvez trois ressources NAUDRH.COM sélectionnées pour répondre aux difficultés complémentaires que soulève ce type de dossier.

Problème RH n° 1 • Décision médicale
Quelle est la portée juridique des avis du conseil médical ?

Lorsque l'avis médical est défavorable, dans quelles conditions l'autorité territoriale peut-elle ou doit-elle suivre cet avis ?

Une ressource pour identifier les situations où l'avis ne lie pas l'administration et les cas particuliers dans lesquels il conditionne la décision RH.

Consulter l'analyse sur les avis du conseil médical

Problème RH n° 2 • Secret médical et procédure
Le procès-verbal du conseil médical peut-il être communiqué à l'agent ?

Comment répondre à une demande d'accès aux documents médicaux sans porter atteinte au secret médical, aux droits des tiers ou aux garanties procédurales ?

Cette analyse prolonge la question de la communication du dossier soulevée dans l'arrêt de Toulouse.

Sécuriser la communication des documents du conseil médical

Problème RH n° 3 • Rémunération et régularisation
Maintien du demi-traitement à l'expiration des droits à congé de maladie

Une disponibilité d'office rétroactive permet-elle de récupérer les demi-traitements versés dans l'attente de la décision administrative ?

Cet article explique pourquoi certains versements restent acquis à l'agent malgré une régularisation statutaire rétroactive.

Comprendre les règles de maintien du demi-traitement

Ces ressources sont proposées par difficulté professionnelle, et non par ordre de publication. Leur lecture doit être complétée par la vérification des textes applicables à la date de la décision envisagée.

9. Analyse : la véritable portée de cette jurisprudence

L'intérêt de cet arrêt dépasse la question de l'attribution du congé de longue maladie.

Il montre comment une décision relative à l'état de santé d'un fonctionnaire peut entraîner une succession de conséquences statutaires, administratives et financières.

Une régularisation rétroactive peut être admise lorsqu'elle est nécessaire à la continuité de la carrière, mais elle n'autorise pas automatiquement la récupération de toutes les rémunérations antérieurement versées.

La sécurité juridique repose sur la cohérence de l'ensemble du dossier : instruction médicale, décision statutaire, notification, liquidation de la rémunération et éventuel recouvrement.

La cour confirme ici le refus de congé de longue maladie et la validité du titre de perception. Elle annule cependant partiellement le jugement de première instance sur une question de compétence juridictionnelle relative à la contestation formelle de la mise en demeure de payer.

À retenir

En gestion RH territoriale, une décision prise tardivement peut être légalement régularisée dans certaines conditions. Mais plus la régularisation intervient tard, plus il devient essentiel de documenter précisément ses fondements et ses conséquences financières.

Référence jurisprudentielle

Cour administrative d'appel de Toulouse, 2e chambre, 22 septembre 2026, n° 24TL02040, inédit au recueil Lebon.

Attention : le litige concerne une fonctionnaire de l'État et des décisions prises en 2021. Les applications territoriales présentées constituent des enseignements de gestion à apprécier au regard des textes propres à la FPT, notamment du décret n° 87-602 du 30 juillet 1987 dans sa version applicable.

Pascal NAUD
Président fondateur de NAUDRH.COM
Expertise en ressources humaines et management public territorial

naudrhexpertise@gmail.com

Article d'analyse jurisprudentielle. Les préconisations pratiques doivent être adaptées à la situation statutaire de chaque agent et à l'état du droit applicable.

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CAA de TOULOUSE, 2ème chambre, 22/09/2026, 24TL02040

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