Depuis le début de la crise sanitaire, les employeurs territoriaux ont été invités à placer, à titre dérogatoire, en autorisation spéciale d'absence (ASA) leurs agents vulnérables présentant un risque de développer une forme grave d'infection au Covid-19 dès lors que leurs missions ne pouvaient être exercées en télétravail ou que la mise en place de mesures de protection renforcée n'était pas possible.

La période pendant laquelle les agents concernés sont placés en ASA est assimilée à des jours de travail effectif pour la détermination des droits à congé annuel. En revanche, le temps d'absence occasionné par cette ASA ne génère pas de jours de réduction du temps de travail. Contrairement aux agents testés positifs et placés en congé de maladie, les ASA des agents vulnérables ne peuvent pas être assimilées à des périodes de maladie.

En conséquence, ces agents ne peuvent pas bénéficier des dispositifs de report des congés annuels non pris pour cause de maladie, ni de l'indemnité financière pouvant être accordée aux agents n'ayant pas pu prendre leurs congés en raison d'absences pour maladie, dans les conditions fixées par la jurisprudence de la Cour de justice de l'Union européenne (notamment, arrêt C-350/06 et C-520/06 du 20 janvier 2009) et la jurisprudence administrative (notamment, Conseil d'État du 26 avril 2017, n° 406009 et 14 juin 2017, n° 391131 ; Conseil d'État, 8 janvier 2016, n° 385818).

En outre, aucun dispositif spécifique de report des jours de congés n'a été institué dans la fonction publique territoriale.

En effet, le placement en ASA permet la pose des congés annuels sans que l'octroi de ces congés ne soit subordonné à la reprise effective du service par l'intéressé. Les règles de droit commun relatives aux modalités de gestion des congés sont donc applicables aux agents placés en ASA pour cause de vulnérabilité. Conformément aux dispositions de l'article 5 du décret n° 85-1250 du 26 novembre 1985 relatif aux congés annuels des fonctionnaires territoriaux, « le congé dû pour une année de service accompli ne peut se reporter sur l'année suivante, sauf autorisation exceptionnelle donnée par l'autorité territoriale.  ».

L'autorité territoriale peut donc autoriser, à titre dérogatoire, le report des congés annuels des agents publics territoriaux vulnérables qui ont été placés en ASA pendant la crise sanitaire. Par ailleurs, dans l'hypothèse où ces agents ne pourraient pas poser la totalité de leurs congés, ils ont la possibilité, afin de ne pas perdre le bénéfice de leurs droits à congés, d'ouvrir et d'alimenter un compte-épargne temps dans les conditions de droit commun.

En application du décret n° 2004-878 du 26 août 2004 relatif au compte épargne-temps (CET) dans la fonction publique territoriale, le CET est alimenté par le report de jours de réduction du temps de travail et de congés annuels, sans que le nombre de jours de congés annuels pris dans l'année puisse être inférieur à vingt et sans que le nombre total de jours inscrits sur le CET n'excède soixante.

Dans ces circonstances, il est recommandé de porter à la connaissance des agents concernés leur solde de congés annuels à prendre avant la fin de l'année et de les informer qu'à défaut, ces jours non pris ne pourront être reportés sur l'année suivante sauf autorisation exceptionnelle donnée par l'autorité territoriale. Il importe également de leur rappeler les conditions réglementaires d'alimentation du CET.

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