En cas de maladie, d'accident ou de maternité, les salariés affiliés à la sécurité sociale ont droit, sous certaines conditions, à des prestations en argent perçues sous la forme d'indemnités journalières.

Aux termes de l'article 80 quinquies du CGI, les indemnités journalières versées par les organismes de sécurité sociale et de la Mutualité sociale agricole ou pour leur compte sont soumises à l'impôt sur le revenu suivant les règles applicables aux traitements et salaires, à l'exclusion :

 - des indemnités, à hauteur de 50 % de leur montant, allouées aux victimes d'accidents du travail ou de maladies professionnelles (CGI, art. 81, 8°) ;

- et de celles allouées à des personnes atteintes d'une affection comportant un traitement prolongé et une thérapeutique particulièrement coûteuse.

Les fonctionnaires en congé de maladie ne sont pas rémunérés en vertu de leur régime de sécurité sociale le traitement alloué aux fonctionnaires atteints de maladie doit être considéré, pour sa totalité, comme un revenu imposable.

Le personnel non titulaire de l’Etat est affilié au régime général de la sécurité sociale pour les risques maladie, maternité, invalidité et décès. En cas de congé de maladie ou de maternité, les agents non titulaires de l'État continuent d'être rémunérés à plein traitement ou à demi traitement et les indemnités journalières auxquelles ils peuvent prétendre sont versées directement par les caisses d'assurance maladie à l'administration qui les emploie.

En cas de maladie, conformément à l’article 12 du décret les indemnités journalières comprises dans ce traitement sont imposables en vertu des dispositions de l'article 80 quinquies du CGI.

Les indemnités journalières maladie sont donc imposables.

Lorsque l'employeur assure le maintien du salaire pendant un arrêt de travail, la situation doit, en application du principe de la disponibilité du revenu, être réglée comme suit :

- la somme versée par l'employeur pour le maintien du salaire présente le caractère d'un salaire et doit être soumise à l'impôt sur le revenu au titre de l'année au cours de laquelle elle a été perçue (ce salaire doit être également soumis aux taxes et participations sur les salaires dues par l'employeur) ;

- au moment où l'employeur, subrogé dans les droits du salarié auprès de la caisse d'assurance maladie, perçoit les indemnités journalières, il doit les reverser à son salarié qui lui rembourse alors, à due concurrence, le salaire qu'il a antérieurement perçu pour le maintien de sa rémunération (en pratique, l'employeur procède généralement à la retenue du salaire dont il avait fait l'avance).

L'employeur ne déclare alors que les rémunérations dont il a eu la charge effective, c'est-à-dire le salaire proprement dit, compte tenu des remboursements et à l'exclusion des indemnités journalières.

Pour autant la subrogation ne permet pas d’exonérer des indemnités journalières qui sont par nature imposables.

La CPAM déclare donc de son côté, les indemnités journalières versées à l’employeur pour le compte du salarié. Lorsque l'arrêt de travail et le paiement des indemnités journalières interviennent dans le courant de la même année civile, il y a globalement compensation entre les sommes considérées.

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