Le décret n° 2019-122 du 21 février 2019 créant le congé pour invalidité temporaire imputable au service (CITIS) est venu modifier le décret n° 86-442 du 14 mars 1986, en introduisant notamment l'article 47-11 qui dispose que « lorsqu'un fonctionnaire est en congé pour invalidité temporaire imputable au service depuis plus de douze mois consécutifs, son emploi peut être déclaré vacant ». Cette disposition s'inscrivait dans une démarche de modernisation du droit applicable aux accidents et maladies professionnelles des fonctionnaires (ordonnance n° 2017-53 du 19 janvier 2017) et visait à concilier la protection des agents victimes d'accidents de service (introduction de la présomption d'imputabilité) avec des impératifs de continuité du service public. La vacance de poste introduite par le décret du 21 février 2019 précité présente plusieurs caractéristiques protectrices envers les agents.

D'une part, cette mesure ne revêt pas un caractère automatique : la déclaration de vacance n'est ni obligatoire, ni automatique. Elle constitue une faculté pour l'administration qui doit apprécier plusieurs critères avant de l'appliquer, notamment la continuité du service et le fait que l'agent soit susceptible de reprendre le service à brève échéance. D'autre part, cette mesure ne peut intervenir qu'après douze mois de CITIS. Avant ce délai, l'agent conserve nécessairement son emploi. Cette durée permet, dans la très grande majorité des cas, le retour de l'agent à son poste.

En effet, en 2024, la durée moyenne d'un CITIS pour les agents du ministère chargé de l'éducation nationale s'élevait à 29,7 jours. L'article 47-12 du décret du 14 mars 1986 précité prévoit qu'à l'issue de son CITIS, l'agent est réintégré dans son emploi ou, à défaut, réaffecté dans un emploi correspondant à son grade, le cas échéant en surnombre. Si elles ne mentionnent pas explicitement la réintégration après une période de CITIS, les lignes directrices de gestion ministérielles relatives à la mobilité des personnels des ministères chargés de l'éducation nationale, de la jeunesse et des sports rappellent que la réintégration à l'issue d'une période de détachement, de disponibilité ou de congé de longue durée ne constitue pas une mutation, mais un acte de gestion qui précède les opérations de mutation stricto sensu. Aussi, la réintégration des agents titulaires est prioritaire sur tout emploi, y compris sur les emplois occupés par des agents non-titulaires.

 Ces mêmes lignes directrices de gestion ministérielles indiquent que les recteurs doivent porter une attention particulière à toutes les situations humaines qui l'exigent et qu'il peut être procédé à des affectations dans l'intérêt du service et des personnes. En complément des lignes directrices de gestion ministérielles, la plupart des lignes directrices de gestion académiques relatives à la mobilité font état d'une priorité de retour sur poste accordée aux agents réintégrant après une période de CITIS supérieure à 12 mois.