Adopté en ultime lecture par l’Assemblée nationale faute d’accord avec le Sénat, le projet de loi de financement de la Sécurité sociale pour 2026 (PLFSS 2026) marque une étape importante dans l’encadrement des arrêts de travail. Dans un contexte de hausse continue des dépenses d’indemnités journalières et de tensions persistantes sur l’organisation des services publics, le législateur a choisi de mieux structurer la durée des prescriptions médicales plutôt que de recourir à des mesures financières jugées socialement sensibles.

Pour les responsables des ressources humaines de la fonction publique territoriale, ces évolutions appellent une lecture attentive : si les nouvelles règles ne remettent pas en cause les droits statutaires à congé de maladie, elles modifient le cadre de référence applicable aux prescriptions médicales et renforcent, indirectement, les enjeux de pilotage de l’absentéisme.

1. Un plafonnement inédit de la durée des arrêts de travail

1.1. Une durée maximale désormais clairement définie

Le PLFSS 2026 introduit une règle nationale de plafonnement de la durée des arrêts de travail prescrits par les médecins. Désormais, la durée d’un arrêt est limitée à un mois maximum pour une première prescription, puis à deux mois maximum pour chaque renouvellement. Cette mesure vise à mettre fin aux prescriptions longues accordées d’emblée, sans réévaluation intermédiaire de l’état de santé du patient.

Ce choix traduit une volonté affirmée de renforcer le suivi médical des personnes en arrêt de travail, en instaurant des points de réexamen réguliers. Il s’agit moins de réduire mécaniquement la durée globale des arrêts que de favoriser une appréciation plus dynamique de la situation médicale et des capacités de reprise.

1.2. Une mesure de régulation plus que de sanction

Contrairement à d’autres dispositifs envisagés lors des débats budgétaires, ce plafonnement ne repose pas sur une logique punitive ou financière. Il ne modifie ni les taux d’indemnisation ni les conditions d’ouverture des droits, mais agit sur le rythme de prescription. Le Gouvernement a ainsi privilégié un outil de régulation médicale, présenté comme plus équilibré et plus acceptable socialement.

Pour les employeurs territoriaux, cette approche peut être perçue comme un levier indirect de sécurisation des parcours d’absence, en limitant les situations d’éloignement prolongé du service sans contact médical intermédiaire.

2. Des mesures d’économies abandonnées : un signal politique fort

2.1. Le renoncement au doublement des franchises médicales

Parallèlement à l’encadrement des arrêts de travail, plusieurs mesures d’économies initialement envisagées ont été retirées du texte final. La plus emblématique est le doublement des franchises médicales, qui devait être opéré par voie réglementaire. Cette disposition, fortement contestée, aurait eu un impact direct sur le reste à charge des assurés.

Son abandon traduit la volonté de ne pas alourdir la charge financière pesant sur les patients, dans un contexte marqué par des préoccupations fortes en matière de pouvoir d’achat et d’accès aux soins.

2.2. Un recentrage sur les outils de pilotage plutôt que sur les prélèvements

Le choix opéré dans le PLFSS 2026 est révélateur d’une orientation stratégique : agir sur les comportements et les pratiques plutôt que sur les niveaux de remboursement. Cette logique rejoint les préoccupations des employeurs publics, qui cherchent à concilier maîtrise des absences, continuité du service public et respect des droits des agents.

Pour la fonction publique territoriale, ce positionnement est particulièrement sensible, les collectivités étant déjà confrontées à des marges budgétaires contraintes et à des difficultés de recrutement et de fidélisation.

3. Quelles conséquences opérationnelles pour la fonction publique territoriale ?

3.1. Une vigilance accrue dans le suivi des arrêts maladie

Même si les règles statutaires de congé de maladie des agents territoriaux ne sont pas directement modifiées par le PLFSS 2026, le nouveau cadre de prescription impose une attention renforcée au suivi administratif et médical des absences. Les services RH devront veiller à la conformité des arrêts transmis, notamment en cas de renouvellements successifs.

Cette évolution peut également renforcer l’intérêt d’un dialogue structuré avec les médecins de prévention et, le cas échéant, avec les services de contrôle médical, afin d’anticiper les situations de reprise ou d’aménagement du poste.

3.2. Un impact potentiel sur la gestion des effectifs et l’organisation des services

En favorisant des prescriptions plus courtes et plus régulièrement réévaluées, le législateur entend limiter les absences de très longue durée non accompagnées. À terme, cette dynamique pourrait faciliter une meilleure anticipation des retours, un recours plus ciblé aux remplacements et une gestion plus fine des effectifs.

Pour autant, ces effets ne seront pas automatiques. Ils dépendront largement de la capacité des collectivités à intégrer ces nouvelles règles dans une politique globale de prévention de l’absentéisme, incluant la qualité de vie au travail, la prévention des risques professionnels et l’accompagnement des agents fragilisés.

4. Entrée en vigueur et sécurisation juridique du dispositif

Le PLFSS 2026 doit encore être examiné par le Conseil constitutionnel. Ce contrôle est déterminant, tant sur le fond que sur la procédure d’adoption, compte tenu du contexte politique ayant conduit à l’ultime lecture.

L’entrée en vigueur effective des nouvelles règles interviendra après la publication de la loi au Journal officiel, sous réserve de sa conformité à la Constitution. Les employeurs territoriaux devront donc rester attentifs au calendrier de publication et aux éventuelles réserves ou censures qui pourraient être formulées.

Conclusion : un encadrement à intégrer dans une stratégie RH globale

Avec le plafonnement de la durée des arrêts de travail, le PLFSS 2026 introduit un outil de régulation inédit, fondé sur un suivi médical plus étroit plutôt que sur des restrictions financières. Pour la fonction publique territoriale, cette évolution ne bouleverse pas les droits statutaires, mais elle modifie le cadre opérationnel dans lequel s’inscrit la gestion des absences.

Les responsables RH ont tout intérêt à anticiper ces changements, en renforçant leurs procédures internes et en inscrivant cette réforme dans une approche globale de prévention, de dialogue et de sécurisation des parcours professionnels des agents.

Par Pascal NAUD

Président, fondateur de www.naudrh.com

Contact naudrhexpertise@gmail.com