Publié au Journal officiel du 31 juillet 2026, le décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 modifie plusieurs règles relatives aux congés pour raisons de santé des agents publics civils et militaires. Son objet ne se limite pas au contrôle des arrêts. Il transforme également la procédure du temps partiel pour raison thérapeutique, développe les possibilités de contrôle médical à distance et organise plus étroitement la préparation du retour à l’emploi.

La portée générale du décret

Le décret n° 2026-705 s’inscrit dans un mouvement plus large de réforme de la protection sociale des agents publics. Il concerne plusieurs catégories d’agents relevant des trois versants de la fonction publique ainsi que des personnels soumis à des régimes particuliers, notamment les militaires.

Le texte modifie les règles applicables aux congés pour raisons de santé, aux contrôles médicaux et au temps partiel pour raison thérapeutique. Son architecture est transversale, mais ses modalités exactes doivent être lues dans chacun des textes qu’il modifie. Les services RH ne doivent donc pas appliquer indistinctement une même procédure à tous les agents sans vérifier leur versant, leur statut et le décret d’application qui leur est propre.

Le calendrier d’entrée en vigueur

Ce calendrier progressif permet aux employeurs publics d’adapter leurs systèmes d’information, leurs procédures de paie, leurs modèles d’arrêtés et leurs relations avec les médecins agréés. Il ne doit pas être interprété comme une période d’attente. Certaines dispositions sont applicables dès le 1er août 2026.

Les nouvelles règles relatives aux arrêts de travail

Le décret renforce la formalisation des arrêts de travail et leur articulation avec les règles du Code de la sécurité sociale. Il s’inscrit dans un mouvement de rapprochement entre les procédures applicables aux agents publics et celles du régime général.

Les durées de prescription initiale et de prolongation sont davantage encadrées. Les gestionnaires doivent toutefois distinguer les règles fixées par le décret du 29 juillet 2026 de celles résultant d’autres textes relatifs à la prescription des arrêts de travail. Il est donc préférable d’éviter toute lecture isolée du nouveau décret.

La prolongation d’un arrêt doit également respecter les règles relatives au praticien compétent. Les situations dans lesquelles un autre médecin intervient doivent être examinées avec prudence, en tenant compte des exceptions prévues et des impossibilités médicales ou matérielles dûment justifiées.

Le renforcement des contrôles

Le décret renforce les possibilités de contrôle des agents placés en congé pour raisons de santé. Ces contrôles peuvent porter sur la situation médicale ou sur le respect des obligations attachées au congé.

L’employeur public doit néanmoins respecter la vie privée, le secret médical et les garanties procédurales de l’agent. Toute personne chargée d’un contrôle administratif doit être régulièrement habilitée et intervenir dans les limites de sa mission.

Une absence lors d’un contrôle ne doit pas être assimilée automatiquement à une fraude. L’agent peut avoir un rendez-vous médical, suivre un soin, se trouver dans une situation d’urgence ou disposer d’une justification compatible avec son arrêt. La décision financière doit donc être précédée d’une instruction sérieuse et contradictoire.

Lorsque le texte permet une interruption de rémunération, la mesure doit être fondée sur des faits établis, notifiée à l’agent et précisément motivée. Les conséquences sur le traitement, les primes et la durée du congé doivent être vérifiées au regard du régime applicable.

La nouvelle procédure du temps partiel thérapeutique

Le décret modifie sensiblement la procédure du temps partiel pour raison thérapeutique. L’objectif reste de favoriser le maintien ou le retour à l’emploi, mais la décision de l’employeur s’inscrit désormais dans un calendrier plus précisément encadré.

Dans les situations ordinaires, l’employeur doit statuer dans un délai maximal de trente jours à compter de la réception de la demande complète. Lorsque la demande intervient à l’issue de certains congés longs ou d’un congé imputable au service, la décision doit intervenir au plus tard à la date de reprise.

Le refus d’une demande initiale, le refus de renouvellement ou l’interruption du temps partiel thérapeutique doivent être motivés. Lorsque la décision repose sur les nécessités de la continuité et du fonctionnement du service, un entretien préalable doit être organisé. L’agent peut y être assisté par une personne de son choix.

Lorsque la décision repose sur un motif médical, elle ne peut être prise sans l’avis médical requis par le texte applicable. Le décret supprime par ailleurs certains contrôles systématiques automatiques, tout en maintenant la faculté de diligenter un examen médical lorsque la situation le justifie.

Le développement du contrôle médical à distance

Le décret ouvre plus largement la possibilité de recourir à des examens médicaux à distance. Cette évolution répond notamment aux difficultés d’accès aux médecins agréés dans certains territoires.

La téléconsultation ou la télé-expertise ne peuvent toutefois être utilisées que lorsque les conditions médicales et techniques le permettent. Elles ne doivent pas dégrader la qualité de l’examen ni porter atteinte à la confidentialité des données de santé.

Les employeurs doivent vérifier que les prestataires et médecins sollicités disposent d’outils conformes aux règles de sécurité et de protection des données. Le recours à la distance ne dispense pas d’un examen en présentiel lorsque celui-ci est nécessaire.

La préparation du retour et de la transition professionnelle

L’une des évolutions les plus intéressantes du décret concerne la possibilité de préparer le retour à l’emploi pendant certaines périodes d’arrêt. Le texte facilite, sous conditions, l’engagement d’actions de formation, de bilan de compétences, de réadaptation ou de transition professionnelle.

Cette orientation rompt avec une vision purement passive du congé de santé. L’agent peut commencer à préparer une reprise, une reconversion ou un reclassement lorsque son état de santé le permet et que les avis nécessaires ont été recueillis.

Cette possibilité ne doit jamais devenir une obligation implicite pesant sur l’agent malade. Elle doit reposer sur son état de santé, son projet professionnel et les préconisations médicales. L’objectif est de faciliter le retour, non d’exercer une pression supplémentaire pendant l’arrêt.

Les difficultés opérationnelles et sociales

La réforme a suscité de fortes réserves des organisations syndicales et de plusieurs employeurs publics. Les critiques portent principalement sur le renforcement des contrôles, le risque de suspension de rémunération, la complexité des règles de prolongation et la charge administrative supplémentaire imposée aux services RH.

Dans les territoires confrontés à la pénurie médicale, l’exigence de consulter un praticien déterminé peut placer certains agents dans une situation difficile. Les DRH devront apprécier avec sérieux les impossibilités invoquées et éviter une interprétation excessivement formaliste.

Le contrôle des arrêts peut être légitime. Il ne doit cependant pas se substituer à une politique de prévention de l’usure professionnelle, des risques psychosociaux, de la surcharge de travail et des difficultés d’organisation.

Les petites communes et établissements peuvent rencontrer des difficultés pour organiser des contrôles, respecter les nouveaux délais et mobiliser rapidement les médecins agréés. La mutualisation avec les centres de gestion pourra devenir un levier important de sécurisation.

Ce que les DRH doivent mettre en place

La première priorité consiste à mettre à jour les procédures internes. Les modèles de courrier, les arrêtés, les fiches réflexes et les formulaires de demande de temps partiel thérapeutique doivent être adaptés aux nouvelles règles.

La deuxième priorité concerne les délais. Les systèmes d’information RH doivent permettre d’identifier immédiatement la date de réception d’une demande de TPT et de déclencher une alerte avant l’expiration du délai applicable.

La troisième priorité est la professionnalisation des contrôles. Les personnes habilitées doivent connaître leurs pouvoirs, leurs limites, les règles de confidentialité et la procédure contradictoire à respecter.

La quatrième priorité porte sur l’information des agents et des managers. Une réforme aussi sensible ne peut être appliquée uniquement par des modifications invisibles du logiciel de paie. Les agents doivent comprendre leurs obligations, les justificatifs attendus et les voies de contestation.

Enfin, les employeurs publics doivent investir dans l’accompagnement du retour à l’emploi. La formation, le bilan de compétences, le reclassement, le temps partiel thérapeutique et la médecine préventive doivent être articulés dans une stratégie cohérente.

Foire aux questions

Conclusion

Le décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 constitue une réforme importante de la gestion des congés pour raisons de santé dans la fonction publique. Il renforce les contrôles, formalise davantage les prescriptions et transforme la procédure du temps partiel thérapeutique.

Il ne doit toutefois pas être réduit à un texte de lutte contre l’absentéisme. Il développe également des outils de préparation du retour à l’emploi et de transition professionnelle.

Pour les employeurs publics, l’enjeu consiste désormais à concilier trois exigences : la maîtrise des absences, la protection des droits des agents et la prévention de la désinsertion professionnelle.

Une application exclusivement répressive fragiliserait le climat social et multiplierait les contentieux. Une application insuffisamment structurée exposerait l’employeur à des erreurs de paie et de procédure. Seule une mise en œuvre juridiquement maîtrisée, médicalement cohérente et humainement équilibrée permettra de donner à cette réforme toute sa portée.