Dans le cadre des débats parlementaires relatifs au projet de loi de finances pour 2026, une mesure particulièrement sensible pour les employeurs et les agents publics avait été envisagée : le passage du jour de carence en cas d’arrêt maladie de un à trois jours non rémunérés dans la fonction publique. Cette disposition, inscrite dans la version initiale du budget, poursuivait un double objectif affiché d’alignement avec le secteur privé et de maîtrise de la dépense publique. Elle devait permettre, selon les estimations conjointes de l’Inspection générale des finances et de l’Inspection générale des affaires sociales, de dégager près de 900 millions d’euros d’économies sur une année.

Toutefois, lors de l’adoption définitive du budget 2026, le mardi 27 janvier 2026, les députés ont finalement supprimé cette mesure. Ce retrait marque un infléchissement notable de la trajectoire initialement portée par le gouvernement et intervient dans un contexte où le régime de rémunération des congés maladie avait déjà été significativement durci quelques mois auparavant.

Cette évolution constitue le socle réglementaire à partir duquel la proposition d’un passage à trois jours de carence a été perçue par de nombreux acteurs comme excessive, voire déséquilibrée, au regard des efforts déjà demandés aux agents publics.

Depuis le 1er mars 2025, les règles applicables aux congés de maladie ordinaire dans la fonction publique ont en effet évolué de manière substantielle. Les agents publics ne sont plus rémunérés à hauteur de 100 % de leur traitement pendant les trois premiers mois d’arrêt, mais à hauteur de 90 %. Cette réforme, relativement peu visible dans le débat public, a pourtant des conséquences financières immédiates pour les agents, en particulier pour ceux dont les niveaux de rémunération sont les plus modestes.

Dans ce contexte, la perspective d’un allongement du délai de carence à trois jours non rémunérés a été largement perçue comme une double pénalisation. Elle aurait conduit à une perte de rémunération dès le début de l’arrêt maladie, cumulée à une indemnisation dégradée sur les mois suivants. Pour les directions des ressources humaines territoriales, cette superposition de dispositifs soulevait de réelles interrogations en matière de soutenabilité sociale, d’équité de traitement et de gestion des situations individuelles.

Plusieurs travaux et rapports antérieurs ont déjà mis en évidence les limites des dispositifs de carence comme outil de lutte contre l’absentéisme. Les analyses conduites tant dans le secteur public que dans le secteur privé soulignent que ces mécanismes produisent avant tout des effets financiers immédiats, sans impact durable démontré sur la fréquence globale des arrêts maladie, et avec des risques accrus de reports d’arrêts ou de dégradation de l’état de santé des agents concernés.

La mesure envisagée reposait avant tout sur un objectif financier clairement assumé. Les travaux des inspections générales faisaient reposer l’essentiel des économies attendues sur une diminution mécanique de la dépense publique, sans démontrer de lien direct avec une amélioration durable de l’état de santé des agents ou avec une réduction structurelle de l’absentéisme.

Par ailleurs, l’allongement du délai de carence était présenté comme un outil de responsabilisation des agents et de lutte contre les arrêts de courte durée. Cet argument, régulièrement mobilisé dans le débat public, repose sur l’idée selon laquelle la perte de rémunération exercerait un effet dissuasif. Cette approche strictement incitative par la contrainte financière demeure toutefois largement discutée dans les milieux RH et médicaux, notamment en raison de ses effets potentiellement contre-productifs sur la prévention et la santé au travail.

Présenté comme un simple alignement avec le droit commun du secteur privé, le passage à trois jours de carence reposait en réalité sur une comparaison trompeuse. S’il est exact que le délai de carence légal est fixé à trois jours dans le secteur privé, cette affirmation occulte le fait que la grande majorité des salariés bénéficient d’une couverture conventionnelle ou d’accords d’entreprise neutralisant tout ou partie de cette perte de rémunération dès les premiers jours d’arrêt maladie.

En pratique, près de 70 % des salariés du secteur privé bénéficient de dispositifs conventionnels ou d’accords d’entreprise qui compensent totalement ou partiellement la perte de rémunération dès les premiers jours d’arrêt maladie. Dans de nombreux cas, cette prise en charge intervient dès le premier jour d’absence, rendant le délai de carence théorique largement inopérant.

À l’inverse, dans la fonction publique territoriale, aucune compensation automatique du jour de carence n’existe. Les employeurs publics sont juridiquement contraints dans leur capacité à compléter la rémunération et disposent de marges de négociation collective beaucoup plus limitées. L’alignement invoqué aurait donc conduit, en réalité, à un déséquilibre social supplémentaire au détriment des agents publics.

Les analyses et études disponibles montrent que les dispositifs de jours de carence produisent des effets très différenciés selon les profils d’agents. Les impacts sont particulièrement marqués pour les agents de catégorie C, pour les agents les plus jeunes et pour ceux exerçant des métiers pénibles ou exposés, notamment dans les secteurs de l’aide à domicile, de la propreté, de la voirie ou du champ social et médico-social.

Pour ces agents, la perte de plusieurs jours de salaire représente un coût proportionnellement bien plus élevé que pour les cadres. Elle peut conduire à retarder une consultation médicale, à reprendre le travail en étant malade ou à aggraver, à moyen terme, des situations de santé fragiles. D’un point de vue strictement RH et de prévention des risques professionnels, ces effets apparaissent clairement contre-productifs.

Pour les collectivités territoriales et leurs directions des ressources humaines, le passage à trois jours de carence aurait généré des difficultés opérationnelles importantes. Il aurait accentué les tensions dans le dialogue social, dans un contexte déjà sensible marqué par les enjeux de qualité de vie au travail, d’attractivité des métiers publics et de fidélisation des agents. Il aurait également complexifié la gestion des situations individuelles, notamment pour les agents précaires ou confrontés à des problématiques médicales lourdes, tout en faisant peser un risque réel de dégradation du climat social et de sentiment d’injustice.

La suppression de la mesure permet d’éviter un choc social supplémentaire, mais elle ne met pas un terme au débat récurrent sur la maîtrise de l’absentéisme et de son coût pour les finances publiques.

L’abandon du passage à trois jours de carence invite à repenser les politiques RH territoriales autrement que par la seule contrainte financière. Les marges de manœuvre existent et reposent sur des leviers structurels plus durables, tels que le renforcement de la prévention des risques professionnels, l’amélioration des conditions de travail, le développement d’un management de proximité fondé sur l’écoute et la reconnaissance, ainsi que l’accompagnement individualisé des situations d’absentéisme récurrent.

Ces approches, moins immédiatement budgétaires, produisent en revanche des effets durables sur la santé des agents, sur la continuité du service public et sur la qualité du climat social au sein des collectivités.

La suppression du passage de un à trois jours de carence dans le budget 2026 constitue un signal politique fort face à une mesure largement perçue comme socialement injuste et juridiquement fragile. Dans un contexte où les agents publics supportent déjà une baisse de leur indemnisation maladie depuis mars 2025, cette décision apparaît comme un choix d’apaisement et de cohérence sociale.

Pour autant, la question de l’absentéisme et de son coût demeure pleinement posée. Elle appelle des réponses RH globales et équilibrées, fondées sur la prévention, le dialogue social et la qualité du management, plutôt que sur des mécanismes punitifs dont les effets inégalitaires risquent, à terme, de fragiliser davantage les collectifs de travail et le service public local.

À l’horizon 2026-2027, les attentes des employeurs territoriaux comme des agents se tournent désormais vers des réformes RH plus structurelles, articulant soutenabilité financière, attractivité de la fonction publique et amélioration concrète des conditions de travail. Le dialogue social territorial, appelé à se renouveler dans un contexte de fortes tensions sur les ressources humaines, devrait jouer un rôle central dans la construction de solutions durables, adaptées aux réalités des collectivités et aux enjeux de santé au travail.

Par Pascal NAUD

Président, fondateur de www.naudrh.com

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