Un défi juridique et organisationnel majeur pour la fonction publique territoriale

La gestion des arrêts maladie de longue durée, dans un contexte où le taux d’absentéisme pour raison de santé dans la fonction publique territoriale dépasse régulièrement 8 % et où plus de la moitié des communes françaises comptent moins de 1 000 habitants, s’impose aujourd’hui comme l’un des sujets les plus sensibles pour les maires des petites communes et, par extension, pour les responsables des ressources humaines de la fonction publique territoriale. La question écrite n° 7730 publiée avec sa réponse ministérielle le 10 février 2026, met en lumière une réalité de terrain largement partagée : la complexité administrative et juridique des situations d’agents titulaires placés en arrêt prolongé.

Dans les collectivités de petite taille, souvent dépourvues de service RH structuré ou d’expertise juridique interne, la gestion d’un agent en arrêt de longue durée peut rapidement devenir un véritable casse-tête institutionnel. Lorsque les arrêts se succèdent pendant des mois, voire des années, sans reprise effective du service, l’autorité territoriale doit concilier plusieurs impératifs : garantir la protection statutaire de l’agent, respecter les avis des instances médicales et assurer la continuité du service public, notamment dans des secteurs sensibles comme la petite enfance.

Une réforme des instances médicales orientée vers la simplification

La réponse ministérielle rappelle que la réforme issue du décret n° 2022-350 du 11 mars 2022 relatif aux conseils médicaux dans la fonction publique territoriale poursuit un objectif clair : simplifier le fonctionnement des instances médicales et accélérer le traitement des demandes des agents, tout en maintenant un haut niveau de protection pour les situations les plus fragiles.

La création d’une instance médicale unique, le conseil médical, a permis de rationaliser des procédures auparavant réparties entre comité médical et commission de réforme. Sur le plan institutionnel, cette unification constitue une avancée notable. Elle clarifie les compétences, homogénéise les pratiques et sécurise le cadre procédural.

Toutefois, pour les petites communes, la difficulté ne réside pas uniquement dans l’architecture des textes mais dans leur mise en œuvre concrète, car la simplification normative ne supprime ni la technicité du droit applicable ni la nécessité d’un pilotage rigoureux des procédures, comme en témoigne par exemple la gestion d’un retard d’avis du conseil médical bloquant une reprise de fonctions ou la difficulté d’organiser un remplacement durable dans une équipe déjà réduite.

Le principe du caractère non contraignant des avis médicaux

Un point essentiel rappelé par la réponse ministérielle tient au caractère préparatoire des avis du conseil médical et du conseil médical supérieur. Conformément à la jurisprudence du Conseil d’État du 2 février 1998 (n° 135799), ces avis ne lient pas l’administration.

En théorie, l’autorité territoriale conserve donc son pouvoir de décision et peut adopter une position différente de celle préconisée par l’instance médicale. L’avis lui-même ne peut, en principe, faire l’objet d’un recours autonome devant le juge administratif.

En pratique, cette faculté doit être maniée avec prudence et suppose, lorsque l’autorité territoriale entend s’écarter d’un avis médical, une décision formellement motivée par arrêté, appuyée sur une traçabilité complète du dossier, une référence explicite aux éléments médicaux examinés ainsi qu’à l’intérêt du service, afin de sécuriser juridiquement la position de la collectivité. S’écarter d’un avis médical impose une motivation particulièrement solide et juridiquement étayée. Pour une petite commune dépourvue d’appui juridique, cette marge d’appréciation peut se transformer en facteur d’insécurité. Le risque contentieux, notamment indemnitaire, ne peut être ignoré.

Les hypothèses où l’avis s’impose à l’administration

La réponse ministérielle précise néanmoins que certaines situations confèrent un caractère contraignant à l’avis du conseil médical.

C’est notamment le cas lors de la reprise d’activité après douze mois de congé de maladie ordinaire en application de l’article 17 du décret n° 87-602 du 30 juillet 1987, lors de la reprise de fonctions après un congé de longue maladie ou de longue durée prévue à l’article 31 du même décret, ainsi que pour l’octroi d’un temps partiel thérapeutique sur le fondement des articles L. 823-1 et suivants du code général de la fonction publique.

Dans ces hypothèses, l’administration ne dispose plus de la même latitude décisionnelle. L’avis médical s’impose et peut être communiqué à l’agent qui en fait la demande. La distinction entre avis simple et avis conforme devient alors déterminante pour la stratégie de gestion des ressources humaines.

La contestation des avis : des délais clarifiés et encadrés

La réforme issue du décret n° 2022-353 du 11 mars 2022, modifiant notamment le décret n° 86-442 du 14 mars 1986, a simplifié la procédure de contestation des avis rendus en formation restreinte.

L’administration comme le fonctionnaire intéressé disposent désormais d’un délai de deux mois à compter de la notification pour saisir le conseil médical supérieur. En l’absence d’avis rendu par ce dernier dans un délai de quatre mois à compter de la réception d’un dossier complet, l’avis initial est réputé confirmé.

Ce mécanisme renforce la sécurité juridique en évitant les situations d’attente prolongée. Il impose cependant aux collectivités une vigilance accrue quant au respect des délais et à la constitution des dossiers. L’expiration d’un délai produit des effets juridiques automatiques qui peuvent engager la responsabilité de la collectivité.

Une fragilité structurelle des petites communes face à la complexité statutaire

Le problème structurel des petites communes face à la complexité statutaire

Au-delà de la technique juridique, la question écrite révèle un déséquilibre structurel entre la sophistication du droit de la fonction publique territoriale et les moyens administratifs des petites collectivités.

Dans de nombreuses communes rurales, le maire exerce les fonctions d’employeur territorial sans disposer d’un service RH dédié. La gestion d’un arrêt maladie prolongé suppose pourtant un suivi précis des droits à rémunération, une articulation fine avec le régime indemnitaire, une anticipation des remplacements, une analyse des perspectives de reclassement ou d’inaptitude, ainsi qu’une communication adaptée avec les usagers.

La moindre irrégularité procédurale peut entraîner l’annulation d’une décision ou la condamnation de la collectivité. Cette insécurité nourrit le sentiment d’isolement exprimé par de nombreux élus locaux.

Faire de la sécurisation juridique un levier de gouvernance RH

Pour les responsables des ressources humaines territoriales, la gestion des arrêts maladie de longue durée ne peut plus être envisagée comme une simple formalité administrative. Elle constitue un enjeu stratégique de gouvernance.

La sécurisation passe par une traçabilité rigoureuse des décisions, une motivation précise des arrêtés individuels, une veille juridique permanente et une collaboration étroite avec les centres de gestion. La réforme des conseils médicaux offre un cadre plus lisible qu’auparavant, mais elle requiert une appropriation technique réelle.

Dans un contexte d’absentéisme accru et de tension sur certains métiers, notamment dans la petite enfance et les services à la population, la gestion maîtrisée des arrêts maladie devient un facteur déterminant de continuité et de qualité du service public.

Vers un accompagnement renforcé des petites collectivités

La réponse ministérielle met en avant la volonté d’accélérer et de sécuriser le traitement des recours. Néanmoins, la question de l’accompagnement juridique et administratif des petites communes demeure centrale.

Le renforcement du rôle des centres de gestion, le développement d’outils d’appui mutualisés et la professionnalisation des pratiques RH constituent des leviers essentiels. La simplification des procédures ne produit d’effets durables que si elle s’accompagne d’une montée en compétence des acteurs territoriaux.

La gestion des arrêts maladie illustre la tension permanente entre la protection statutaire des agents et l’exigence de continuité du service public. Pour les responsables RH de la fonction publique territoriale, l’enjeu consiste à transformer cette contrainte en opportunité : celle de structurer les pratiques, d’anticiper les risques et de consolider la sécurité juridique des décisions.

Dans cette perspective, la réforme des conseils médicaux ne doit pas être perçue comme une simple évolution procédurale mais comme le point d’appui d’une stratégie plus large de mutualisation intercommunale des compétences, d’externalisation ponctuelle d’expertise statutaire et de professionnalisation du pilotage RH au sein des petites collectivités. Elle constitue un outil au service d’une gouvernance RH plus robuste, adaptée aux réalités des petites communes et respectueuse des équilibres fondamentaux du service public territorial.

Par Pascal NAUD

Président, fondateur de www.naudrh.com

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