1. Un calendrier d’entrée en vigueur en deux temps

La première vigilance consiste à distinguer les deux échéances fixées par le décret.

Cette entrée en vigueur différenciée oblige les employeurs à organiser leur mise en conformité selon deux calendriers distincts, tout en informant les agents, les encadrants et les professionnels chargés de l’instruction des dossiers.

2. Temps partiel thérapeutique : une procédure profondément revue

L’employeur public doit, en principe, se prononcer sur la demande de temps partiel thérapeutique dans un délai de 30 jours.

Le calendrier est plus exigeant lorsque la demande est présentée à l’issue de certaines situations statutaires. La décision doit alors intervenir au plus tard le jour de la reprise, notamment après :

-un congé de longue maladie ;

-un congé de longue durée ;

-un congé pour invalidité temporaire imputable au service (CITIS) ;

-une disponibilité pour raison de santé.

Cette exigence s’applique également aux demandes de renouvellement. Les services RH doivent donc anticiper l’instruction médicale et administrative afin d’éviter qu’une absence de décision ne perturbe la reprise de l’agent.

Le temps partiel thérapeutique peut désormais être accordé directement dans la limite globale d’un an. Le renouvellement administratif tous les trois mois n’est donc plus systématiquement nécessaire.

Cette simplification réduit la répétition des démarches, mais elle ne prive pas l’employeur de sa capacité de contrôle. L’autorité territoriale peut faire examiner l’agent par un médecin agréé à tout moment.

Le contrôle systématique par un médecin agréé à l’issue de trois mois de temps partiel thérapeutique est supprimé. Le contrôle devient donc une faculté mobilisable lorsque la situation le justifie, et non plus une formalité automatique liée à la seule durée du dispositif.

3. Des refus plus strictement encadrés

Le décret renforce les garanties procédurales entourant le refus d’une demande de temps partiel thérapeutique. Il convient de distinguer le motif médical du motif lié au service.

L’autorité administrative ne peut refuser la demande pour un motif médical sans avoir recueilli au préalable l’avis d’un médecin agréé. La décision administrative ne peut donc reposer sur une appréciation médicale autonome de l’employeur.

Lorsque le refus est justifié par les nécessités de continuité ou de fonctionnement du service, l’employeur doit organiser au préalable un entretien avec l’agent. Celui-ci peut se faire assister par la personne de son choix.

La décision de refus doit être motivée. Une formule générale évoquant les seules « nécessités de service » apparaît insuffisante : l’employeur doit pouvoir exposer les contraintes concrètes qui rendent l’organisation sollicitée incompatible avec la continuité ou le fonctionnement du service.

Lorsque l’agent conteste les conclusions du médecin agréé et saisit le conseil médical, le temps partiel thérapeutique en cours est prolongé jusqu’à l’avis du conseil médical. Cette règle évite une interruption du dispositif pendant l’examen du désaccord médical.

4. Arrêts de travail : prescriptions et contrôles renforcés

À compter du 1er septembre 2026, la transmission et la durée des prescriptions d’arrêt de travail sont davantage encadrées.

Les arrêts de travail doivent être établis au moyen d’un formulaire Cerfa sécurisé. Cette évolution poursuit un objectif de fiabilisation des prescriptions et de prévention de la fraude documentaire.

La durée de chaque prescription est normalement limitée :

-un mois pour un arrêt initial ;

-deux mois pour une prolongation.

Une dérogation reste possible lorsque la situation médicale la justifie. Il est essentiel de ne pas confondre cette limitation de la durée de chaque prescription avec une réduction des droits statutaires à congé : le décret encadre la prescription médicale, et non la durée globale des droits de l’agent.

La prolongation doit, en principe, être prescrite par le médecin ayant établi l’arrêt initial. Des exceptions demeurent possibles selon les situations prévues par les textes. Ce point devra être vérifié lors de la réception du document, sans conduire le gestionnaire à porter lui-même une appréciation médicale.

L’employeur peut organiser un contrôle de présence de l’agent à son domicile. Le refus de se soumettre au contrôle ou une absence injustifiée peut entraîner une suspension de la rémunération, dans le respect de la procédure applicable et des garanties de l’agent.

La mise en œuvre d’un tel contrôle suppose une procédure interne sécurisée : traçabilité de la demande, respect des horaires de sortie autorisés, prise en compte des justificatifs et notification claire des conséquences éventuelles.

5. Se former pendant un congé pour raison de santé

Le décret ouvre également la possibilité, pour un agent placé en congé pour raison de santé, de commencer ou de poursuivre une formation, sous réserve de l’avis favorable d’un médecin agréé.

Cette mesure peut favoriser le maintien du lien professionnel, la préparation d’une reprise, une reconversion ou une évolution professionnelle. Elle ne doit toutefois pas être automatisée : la compatibilité de la formation avec l’état de santé de l’agent doit être médicalement établie.

6. La feuille de route immédiate des services RH

La sécurisation juridique passe désormais par une traduction opérationnelle du décret. Les employeurs territoriaux ont intérêt à engager sans délai les actions suivantes :

1. Réviser les formulaires et notices internes relatifs au temps partiel thérapeutique et aux arrêts de travail.

2. Adapter les circuits d’instruction pour respecter le délai de 30 jours et anticiper les décisions devant intervenir le jour de la reprise.

3. Mettre à jour les modèles de décision, notamment les refus fondés sur une considération médicale ou sur le fonctionnement du service.

4. Formaliser l’entretien préalable en cas de refus lié aux nécessités du service : convocation, possibilité d’assistance, compte rendu et motivation.

5. Organiser la réception et le contrôle des nouveaux formulaires d’arrêt de travail à compter du 1er septembre 2026.

6. Encadrer les contrôles de présence afin de respecter les droits des agents et de sécuriser toute éventuelle suspension de rémunération.

7. Informer les encadrants et les agents des nouvelles règles, en distinguant clairement les deux dates d’entrée en vigueur.

7. Ce qu’il faut retenir

- La réforme du temps partiel thérapeutique s’applique depuis le 1er août 2026.

- Les nouvelles règles relatives aux arrêts de travail s’appliquent à compter du 1er septembre 2026.

- L’employeur dispose en principe de 30 jours pour répondre à une demande de temps partiel thérapeutique.

- Le contrôle médical systématique après trois mois disparaît, mais un contrôle reste possible à tout moment.

- Les refus sont soumis à des garanties procédurales renforcées.

- La durée de chaque prescription d’arrêt est encadrée, sans réduction des droits statutaires globaux à congé.

- Les procédures, modèles et outils RH doivent être actualisés sans attendre.

Référence juridique

Décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 relatif aux congés pour raison de santé et au temps partiel thérapeutique dans la fonction publique