L'article L. 551-1 du code général de la fonction publique dispose que la démission résulte d'une demande écrite marquant une volonté non équivoque de cesser ses fonctions et est irrévocable une fois acceptée. L'autorité territoriale peut refuser la démission lorsque le départ porterait une atteinte grave au bon fonctionnement du service, sous réserve que ce refus soit motivé. La jurisprudence administrative contrôle la motivation du refus (Tribunal administratif de Nancy, 13 mai 2025, n° 2302575). L'article L. 822-7 prévoit que le fonctionnaire atteint d'une affection le mettant dans l'impossibilité d'exercer ses fonctions, nécessitant un traitement et des soins prolongés et présentant un caractère invalidant et de gravité confirmée, a droit à un congé de longue maladie rémunéré par la collectivité, d'une durée maximale de trois ans.

Pour certaines affections limitativement énumérées, le fonctionnaire peut bénéficier d'un congé de longue durée rémunéré par la collectivité, pouvant aller jusqu'à 5 ans. L'article 17 du décret n° 87-602 relatif à l'organisation des conseils médicaux, aux conditions d'aptitude physique et au régime des congés maladie des fonctionnaires territoriaux dispose que lorsque le fonctionnaire a épuisé ses droits statutaires à congé de maladie, la décision de reprise, de reclassement, de mise en disponibilité d'office ou d'admission à la retraite pour invalidité est prise après avis du conseil médical et que le demi-traitement est maintenu jusqu'à la date de cette décision.

Conscient des difficultés que peuvent entraîner les délais de consultation des conseils médicaux tant pour les agents que pour les employeurs, le Gouvernement a entendu simplifier les procédures afin de réduire ces délais d'examen, par le décret n° 2022-350 du 11 mars 2022 relatif aux conseils médicaux dans la fonction publique territoriale. Le Gouvernement a bien conscience que ces règles peuvent avoir des conséquences financières et organisationnelles importantes pour les petites communes concernées. La collectivité doit garantir l'application du droit au congé des agents en situation de santé fragilisée, mais elle peut toutefois limiter l'impact financier et organisationnel de ses services par la mutualisation, l'anticipation dans la suite de la gestion des ressources humaines et par l'usage des procédures de reclassement ou d'inaptitude, en lien avec le centre de gestion dont elle relève.