À la suite des dysfonctionnements du système de protection sociale des fonctionnaires ayant entraîné une certaine instabilité, et à de nombreuses réclamations, le médiateur de la République a rappelé ses propositions de réforme en matière de protection sociale des fonctionnaires. Il a en effet constaté des dysfonctionnements de retraite pour invalidité de maladies professionnelles qui mettent parfois les agents dans des situations difficiles.
Le médiateur demande ainsi que les fonctionnaires territoriaux bénéficient du maintien d'un demi-traitement une fois leurs congés maladie épuisés et dans l'attente de leur admission à la retraite. Un décret devrait prochainement lui donner satisfaction. Il suggère également que la radiation des cadres pour invalidité des fonctionnaires de l'État soit obligatoirement précédée de l'avis du service des pensions.
Il dénonce aussi un défaut de coordination entre le régime de la fonction publique et le régime général en matière de reconnaissance des maladies professionnelles. Ainsi, les fonctionnaires qui ont été exposés à l'amiante avant d'intégrer la fonction publique ne peuvent obtenir la prise en charge de cette pathologie ni par le régime de la fonction publique, parce que la cause est antérieure, ni par le régime général, parce qu'ils n'en dépendent plus. Le médiateur indique aussi mener une réflexion sur le fonctionnement des comités médicaux.