Depuis le 1er mars 2025, l’évolution des règles de rémunération du congé de maladie ordinaire (CMO) dans la fonction publique territoriale a profondément modifié les pratiques de gestion. Là où certaines collectivités avaient progressivement abandonné l’édition systématique d’un arrêté lors des premières périodes de congé, en raison du maintien intégral du traitement, l’application d’un taux de 90 % dès le premier jour d’absence a réintroduit un enjeu juridique et financier majeur.

La question n’est donc plus simplement organisationnelle. Elle concerne directement la sécurisation des décisions individuelles, la fiabilité de la chaîne paie, la prévention du risque contentieux et, plus largement, la responsabilité de l’autorité territoriale.

Lorsque le congé de maladie ordinaire était rémunéré à plein traitement sur les trois premiers mois, certaines directions des ressources humaines avaient fait le choix de ne plus formaliser systématiquement un arrêté de placement en CMO. L’arrêt médical transmis par l’agent était intégré dans les outils de gestion du temps et de la paie, et la situation ne produisait pas d’effet visible sur la rémunération.

Il convient toutefois de nuancer cette pratique. En présence d’un jour de carence, plusieurs collectivités avaient conservé l’édition d’un arrêté pour matérialiser l’application de cette retenue, compte tenu de son impact immédiat sur la rémunération, mais ne prenaient pas nécessairement d’arrêté pour la période restante à plein traitement durant les trois premiers mois. Cette approche traduisait une logique pragmatique : formaliser uniquement ce qui produisait un effet financier direct.

Cette simplification répondait à un souci d’efficacité administrative. En l’absence d’incidence financière durable au-delà du jour de carence, l’acte formel pouvait apparaître redondant.

Toutefois, sur le plan juridique, le congé de maladie ordinaire n’a jamais constitué une situation automatique au regard des principes généraux du droit administratif. Il s’analyse comme une décision individuelle créatrice de droits, qui doit reposer sur une base légale explicite et être formellement prononcée par l’autorité compétente. L’arrêt médical ouvre un droit, mais il ne vaut pas décision administrative. En l’absence d’arrêté, la base juridique du placement en congé demeurait donc imparfaitement formalisée.

Avant 2025, cette fragilité restait souvent théorique. Depuis la modification des règles de rémunération, elle devient pleinement concrète.

L’application d’un taux de 90 % dès le premier jour d’absence modifie substantiellement la portée de la décision de placement en congé de maladie ordinaire. La situation de l’agent n’est plus neutre financièrement sur la totalité des trois premiers mois d'absence. Elle entraîne une minoration du traitement, objectivable et susceptible d’être contestée.

Or, en application du principe de légalité des actes administratifs, des exigences de sécurité juridique et des impératifs de traçabilité comptable, toute décision administrative ayant un impact sur la rémunération d’un agent public doit être formalisée par un acte explicite de l’autorité compétente. À défaut d’arrêté, la collectivité pourrait rencontrer des difficultés pour justifier juridiquement la réduction opérée. En cas de recours gracieux, de contentieux indemnitaire ou de contrôle d’une chambre régionale des comptes, l’absence d’acte écrit pourrait être analysée comme un défaut de base légale.

Dans ce contexte, la formalisation par arrêté ne constitue plus une option de confort administratif. Elle redevient une exigence de sécurité juridique et de traçabilité.

L’établissement d’un arrêté de placement ou de maintien en congé de maladie ordinaire permet de clarifier précisément la position administrative de l’agent. Il délimite la période concernée, précise la quotité de traitement applicable et matérialise la décision prise par l’autorité territoriale.

Cet acte devient une pièce structurante du dossier individuel. Il garantit la cohérence entre la décision statutaire et le traitement versé en paie. Il sécurise également l’ordonnateur et les gestionnaires en attestant que la minoration de rémunération repose sur une décision régulière et formellement établie.

En outre, lorsqu’une décision affecte la rémunération, elle revêt le caractère d’une décision individuelle susceptible de recours. L’arrêté permet d’encadrer cette situation en assurant une notification claire et juridiquement opposable.

Il convient de distinguer la validité de l’acte et la preuve de sa notification.

La validité d’un arrêté est indépendante de la signature de l’agent. L’acte est exécutoire dès lors qu’il est signé par l’autorité territoriale compétente. La signature de l’agent ne constitue ni une condition de légalité ni une manifestation d’accord. Le congé de maladie ordinaire relève d’un droit statutaire encadré par les textes, et non d’un mécanisme contractuel.

En revanche, la notification est indispensable. La collectivité doit être en mesure de démontrer que l’agent a été informé de la décision et, le cas échéant, des voies et délais de recours. La signature manuscrite peut constituer un mode de preuve, mais elle n’est nullement obligatoire. Une notification dématérialisée avec traçabilité, un envoi via la messagerie professionnelle ou tout dispositif interne sécurisé peuvent répondre aux exigences juridiques, à condition que la preuve de transmission soit conservée.

À défaut de notification régulière mentionnant les voies et délais de recours, le délai de recours contentieux ne court pas. L’administration s’expose alors à une contestation tardive de la décision. Toutefois, conformément à la jurisprudence du Conseil d’État (notamment la décision « Czabaj »), l’exercice d’un recours reste encadré par un délai raisonnable, en principe d’un an à compter du moment où l’agent a eu connaissance de la décision. L’absence de notification ne signifie donc pas une absence totale de limite temporelle, mais elle fragilise fortement la sécurité juridique de l’acte.

Dans ces conditions, exiger systématiquement le retour signé de l’arrêté peut représenter une charge administrative importante sans véritable plus-value juridique, dès lors que la notification est traçable.

Au-delà de l’aspect strictement réglementaire, la formalisation systématique par arrêté participe d’une gouvernance RH maîtrisée. Elle permet d’objectiver les décisions, d’assurer l’égalité de traitement entre agents et de disposer d’une traçabilité complète lorsque les absences se prolongent ou s’enchaînent.

Dans un contexte où les absences pour raison de santé constituent un enjeu budgétaire significatif pour les collectivités territoriales, la rigueur formelle contribue à la maîtrise globale des risques financiers et contentieux. Elle offre également une meilleure lisibilité pour l’agent, qui dispose d’un document clair explicitant sa situation statutaire et les conséquences sur sa rémunération.

Depuis le 1er mars 2025, la rémunération à 90 % dès le premier jour de congé de maladie ordinaire modifie en profondeur les pratiques antérieures. Ce qui pouvait être perçu comme une simplification acceptable lorsque seule la journée de carence était formalisée ne l’est plus dès lors que la minoration du traitement est immédiate et continue.

Dans ce contexte, l’édition d’un arrêté de placement ou de maintien en CMO s’impose comme une mesure de sécurisation juridique, financière et organisationnelle. Il ne s’agit pas d’alourdir les procédures, mais d’assurer un formalisme maîtrisé, cohérent et traçable, en adéquation avec l’impact direct sur la rémunération.

Renoncer à l’arrêté exposerait la collectivité à un risque disproportionné au regard de l’effort administratif requis. Le retour à cette formalisation ne constitue donc pas un recul, mais une adaptation nécessaire à l’évolution du régime indemnitaire.

Au-delà de la conformité juridique, cette évolution peut être l’occasion d’aligner les pratiques internes, de sécuriser les modèles d’actes, de moderniser les circuits de dématérialisation et de mieux articuler gestion statutaire et procédure paie. Autrement dit, transformer une contrainte réglementaire en véritable levier de modernisation RH.

Par Pascal NAUD

Président, fondateur de www.naudrh.com

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