Conformément aux articles L. 712-1 et L. 714-4 du code général de la fonction publique, les fonctionnaires et agents contractuels de droit public de la fonction publique territoriale peuvent percevoir les primes et indemnités instituées par une disposition législative ou réglementaire. Les collectivités territoriales et leurs établissements publics peuvent instituer sur le fondement du décret n° 88-631 du 6 mai 1988 une prime de responsabilité, calculée en appliquant au seul traitement indiciaire brut un taux individuel fixé dans la limite de 15 %, pour les agents publics qui occupent certains emplois administratifs de direction, notamment ceux de directeur général des services (DGS) des communes de plus de 2 000 habitants. La prime de responsabilité peut ainsi être attribuée tant aux fonctionnaires qu'aux agents contractuels. Conformément à l'article 2 du décret du 6 mai 1988 précité, l'attribution de cette prime n'exclut pas le versement d'autres primes ou indemnités liées aux fonctions, aux sujétions, à l'expertise et à l'engagement professionnel.

En revanche, l'emploi de secrétaire général de mairie des communes de moins de 3 500 habitants ne figure pas parmi les emplois administratifs de direction éligibles à la prime de responsabilité, tels que listés à l'article 1er dudit décret. Pour autant, les agents exerçant cet emploi - qu'il s'agisse de fonctionnaires relavant des cadres d'emplois des secrétaires de mairie (mis progressivement en extinction), des attachés territoriaux, des rédacteurs territoriaux et des adjoints administratifs territoriaux, ou encore d'agents contractuels - peuvent, sous réserve d'une délibération qui le prévoit, bénéficier du régime indemnitaire tenant compte des fonctions, des sujétions, de l'expertise et de l'engagement professionnel (RIFSEEP), institué par le décret n° 2014-456 du 6 mai 2014.

Ce régime indemnitaire offre d'importantes marges de manoeuvre aux communes de moins de 3 500 habitants pour valoriser les fonctions de secrétaire général de mairie, dans la limite des plafonds réglementaires. Par ailleurs, la loi n° 2023-1380 du 30 décembre 2023 visant à revaloriser le métier de secrétaire de mairie prévoit l'élargissement des possibilités de recours aux contractuels aux communes de plus de 2000 habitants et a plusieurs effets au bénéfice des secrétaires généraux de mairie contractuels devenus fonctionnaires. Ainsi, les années d'exercice de fonction de secrétaire général de mairie effectuées comme contractuel par ces agents titulaires sont prises en compte pour bénéficier du dispositif temporaire de promotion interne de C en B dit « plan de requalification » (article 1 du décret n° 2024-826 du 16 juillet 2024).

Ces années d'exercice entrent de la même manière dans le calcul de l'ancienneté pour bénéficier des avantages spécifiques d'ancienneté pour l'avancement d'échelon (article 5 du décret n° 2024-827 du 16 juillet 2024). En outre, la loi précitée impose, à compter du 1er janvier 2028, que le recrutement des secrétaires généraux de mairie soit effectué au moins en catégorie B. Dès lors, les agents en CDD sur ces fonctions devront être renouvelés sur un contrat de catégorie B. Ceci s'effectuera en intégrant leur ancienneté acquise en CDD pour passer en CDI, même en cas de changement de catégorie. En effet, dans ce cas, la condition du maintien dans une même catégorie hiérarchique pendant six ans ininterrompus n'est pas opposable, dès lors que les fonctions exercées pendant cette période sont identiques.

De même, à compter du 1er janvier 2028, tout recrutement en CDI sur les fonctions de secrétaire général de mairie devra être effectué a minima en catégorie B. Il convient de noter que sans attendre cette date, les collectivités peuvent modifier la catégorie de référence des contrats des secrétaires généraux de mairie qu'elles emploient. L'ensemble de ces mesures est de nature à renforcer l'attractivité de ces postes et à valoriser les responsabilités dévolues aux secrétaires généraux de mairie.