La santé menstruelle, hormonale et reproductive entre progressivement dans le champ du dialogue social de la fonction publique territoriale. Après plusieurs mois de blocage juridique et de contentieux préfectoraux contre les initiatives locales, l’administration ouvre désormais la voie à une expérimentation nationale d’autorisations spéciales d’absence pour les agentes concernées.

Cette évolution marque un changement important. Jusqu’à présent, les collectivités territoriales qui souhaitaient instaurer localement un congé menstruel ou une autorisation d’absence liée à des troubles gynécologiques se heurtaient à l’absence de base légale nationale. Désormais, le sujet est replacé dans un cadre négocié, expérimental et potentiellement sécurisé.

1. Pourquoi les congés menstruels locaux ont été bloqués

Les premières initiatives de congés menstruels dans les collectivités territoriales sont nées d’une volonté de répondre à une réalité trop longtemps ignorée : certaines agentes souffrent de troubles menstruels, hormonaux ou reproductifs particulièrement invalidants, qui rendent certaines journées de travail difficilement supportables.

Mais ces initiatives locales se sont heurtées à une difficulté juridique majeure. En l’état du droit, les autorisations spéciales d’absence sont strictement encadrées par les textes nationaux. Une collectivité ne peut pas créer librement une nouvelle catégorie d’ASA pour motif de santé sans fondement législatif ou réglementaire.

Pour l’État, la création locale de jours d’absence supplémentaires posait deux difficultés : le respect de la durée annuelle de travail et l’égalité de traitement entre agents publics.

2. Ce qu’a rappelé le juge administratif

Les tribunaux administratifs ont confirmé l’illégalité des dispositifs locaux créés sans base nationale. Ils ont considéré que les collectivités territoriales ne disposaient pas de la compétence nécessaire pour instituer seules une nouvelle autorisation d’absence liée à la santé menstruelle.

Cette jurisprudence a placé les employeurs territoriaux dans une situation paradoxale : reconnaître un besoin réel de santé au travail sans pouvoir juridiquement créer un droit local autonome.

3. Le revirement de l’État : vers une expérimentation nationale

Le préprojet d’accord national présenté le 23 juin 2026 dans le cadre du dialogue social marque un changement de doctrine. L’État ne se contente plus de contester les initiatives locales : il ouvre la perspective d’une expérimentation nationale d’autorisations spéciales d’absence.

Cette expérimentation viserait les agentes souffrant de troubles menstruels, hormonaux ou reproductifs. Elle permettrait de sortir d’une logique purement contentieuse pour entrer dans une logique de négociation, d’évaluation et de sécurisation.

4. Quels troubles seraient concernés ?

Le choix des mots est important. Le préprojet ne se limite pas à la notion de « congé menstruel ». Il vise plus largement les troubles menstruels, hormonaux ou reproductifs.

Cette formulation permettrait d’intégrer plusieurs situations : douleurs menstruelles invalidantes, endométriose, adénomyose, troubles liés à la ménopause, parcours d’assistance médicale à la procréation ou conséquences physiques d’une fausse couche.

Cette approche est plus pertinente qu’un dispositif limité aux seules règles douloureuses, car elle reconnaît la diversité des réalités de santé vécues par les agentes au cours de leur vie professionnelle.

5. Comment respecter le secret médical ?

La mise en œuvre d’un tel dispositif devra impérativement respecter le secret médical et la protection des données personnelles.

L’employeur ne peut pas collecter, enregistrer ou conserver des informations détaillées sur les cycles, les pathologies gynécologiques ou l’état de santé intime des agentes.

La médecine de prévention pourrait donc jouer un rôle central. Elle pourrait apprécier l’éligibilité de l’agente au dispositif et transmettre à l’administration un avis d’aménagement ou d’autorisation, sans révéler le diagnostic médical.

6. Quelles alternatives à l’absence ?

L’autorisation spéciale d’absence ne doit pas être pensée comme l’unique réponse possible. Pour certaines agentes, le télétravail ponctuel, l’aménagement des horaires, l’adaptation temporaire du poste ou la limitation de certaines contraintes physiques peuvent suffire à éviter une absence.

Ces alternatives sont particulièrement utiles lorsque l’agente souhaite continuer à travailler mais ne peut pas supporter un trajet, une station debout prolongée, une exposition au public ou certaines contraintes matérielles.

En revanche, ces solutions ne sont pas applicables à tous les métiers. Les agentes en accueil physique, dans les écoles, les crèches, les services techniques, les EHPAD, les établissements médico-sociaux ou les fonctions de terrain peuvent difficilement bénéficier des mêmes marges de flexibilité.

7. Les critiques syndicales et les limites du dispositif

Les organisations syndicales accueillent favorablement l’ouverture du sujet, mais soulignent plusieurs limites.

La première tient à la cohérence globale de la politique de santé au travail. Il serait paradoxal d’expérimenter une autorisation d’absence liée à la santé menstruelle tout en durcissant parallèlement les règles applicables aux congés de maladie ou aux autorisations d’absence pour motifs familiaux.

La deuxième limite concerne la médecine de prévention. Si l’accès au dispositif dépend d’un avis médical préalable, encore faut-il que les agentes puissent obtenir rapidement un rendez-vous. Or la médecine préventive territoriale connaît déjà d’importantes difficultés de ressources.

La troisième limite est celle du non-recours. Certaines agentes pourraient hésiter à demander le bénéfice du dispositif par peur de la stigmatisation, du jugement de leur encadrement ou d’un impact négatif sur leur carrière.

8. Ce que les DRH territoriaux doivent anticiper

Les DRH doivent préparer le sujet avec les représentants du personnel, notamment au sein du comité social territorial. L’objectif est de définir un cadre clair, respectueux du droit et compatible avec l’organisation des services.

Un protocole interne devra préciser qui reçoit la demande, quelles informations peuvent être traitées, comment le secret médical est préservé et comment l’absence est codée dans le logiciel de gestion du temps.

Les managers devront être sensibilisés à la santé menstruelle, hormonale et reproductive afin d’éviter les réactions maladroites, les remarques stigmatisantes ou les pratiques de mise à l’écart.

Chaque collectivité devra identifier les situations dans lesquelles le télétravail ponctuel, l’aménagement d’horaires ou l’adaptation temporaire du poste peuvent constituer une réponse adaptée.

La santé des femmes au travail doit être intégrée dans une politique plus large d’égalité professionnelle, de prévention des risques et de qualité de vie au travail.

Conclusion

La santé menstruelle dans la fonction publique territoriale entre dans une nouvelle phase. Après une période de blocage juridique et d’annulations contentieuses, l’État semble désormais reconnaître la nécessité d’un cadre national expérimental.

Pour les collectivités, l’enjeu sera de concilier trois exigences : sécuriser juridiquement le dispositif, respecter strictement le secret médical et garantir l’égalité d’accès des agentes concernées.

Cette expérimentation ne devra pas être une mesure symbolique. Elle devra s’inscrire dans une politique réelle de santé au travail, de prévention, d’égalité professionnelle et de modernisation du management public.