La Cour administrative d’appel de Nantes, dans un arrêt du 10 février 2026 (n°24NT02526), apporte une clarification déterminante sur l’indemnisation des congés annuels non pris en raison d’un congé de longue maladie

🔎 Les faits

Une fonctionnaire territoriale, détachée auprès de l’Office français de la biodiversité, n’a pas pu prendre ses congés annuels en 2022 et 2023 en raison d’un congé de longue maladie. À la fin de son détachement, elle sollicite une indemnité compensatrice correspondant aux jours non pris.

Le juge des référés lui accorde une provision partielle. Elle fait appel.

⚖️ Ce que dit la Cour

La Cour confirme plusieurs principes essentiels :
-D’abord, le droit au congé annuel payé de quatre semaines minimum, garanti par la directive 2003/88/CE, ne peut s’éteindre du fait d’un congé maladie. Si l’agent est empêché de prendre ses congés pour raison de santé, il conserve ce droit.
-Ensuite, en cas de fin de relation de travail, les congés non pris doivent donner lieu à une indemnité financière, dans la limite des droits reportables.
 

La Cour retient une période de report de quinze mois, conformément à la jurisprudence européenne.
Point crucial : l’indemnité doit être calculée sur la base d’un plein traitement, même si l’agent était en demi-traitement pendant son congé de longue maladie. La réduction de rémunération liée au CLM est sans incidence sur la base de calcul de l’indemnité compensatrice.
En l’espèce, la Cour fixe la provision à 3 200 euros bruts pour 33 jours non pris.

🎯 Enjeux RH pour la fonction publique

Cette décision rappelle plusieurs impératifs pour les employeurs publics :

-La gestion des congés annuels en situation de maladie ne peut plus être traitée comme une simple question organisationnelle. Elle engage directement la responsabilité financière de la collectivité ou de l’établissement.

-Les services RH doivent sécuriser le suivi des droits à congés en cas d’arrêt long, anticiper les fins de détachement, de disponibilité ou de contrat, et intégrer la règle du report de quinze mois.
-Enfin, la base de calcul doit être juridiquement maîtrisée : le plein traitement constitue la référence, indépendamment du régime indemnitaire perçu durant la maladie.

💡 Pourquoi cette décision est stratégique ?

Elle s’inscrit dans la continuité de la jurisprudence européenne et confirme la primauté du droit de l’Union sur des dispositions réglementaires nationales incompatibles.

Pour les DRH territoriaux, cela signifie une vigilance accrue sur les droits acquis non consommés et sur le risque budgétaire latent lié aux congés non pris.

La gestion des congés en cas de longue maladie devient ainsi un sujet de sécurisation statutaire à part entière.