Conformément aux articles 7 et 8 du décret n° 87-602 du 30 juillet 1987 relatif à l'organisation des conseils médicaux, aux conditions d'aptitude physique et au régime des congés de maladie des fonctionnaires territoriaux, le conseil médical supérieur (CMS) est compétent pour traiter des avis du conseil médical en formation restreinte. Par ailleurs, la composition et les modalités de saisine du CMS sont fixées par renvoi aux articles 16 et 17 du décret n °86-442 du 14 mars 1986 modifié relatif à la désignation des médecins agrées, à l'organisation des conseils médicaux, aux conditions d'aptitude physique pour l'admission aux emplois publics et au régime de congés de maladie des fonctionnaires.

Ainsi, en application de l'article 17 du décret précité, modifié en mars 2022, l'avis du conseil médical rendu en formation restreinte peut être contesté devant le CMS par l'administration ou le fonctionnaire intéressé dans le délai de deux mois à compter de sa notification. En l'absence d'avis émis par le CMS dans le délai de quatre mois après la date à laquelle il dispose du dossier, l'avis du conseil médical en formation restreinte est réputé confirmé. L'administration rend une nouvelle décision au vu de l'avis du CMS ou, à défaut, à l'expiration du délai de quatre mois évoqué.

Avec la réforme des conseils médicaux dans la fonction publique territoriale, mise en œuvre par les décrets n° 2022-350 du 11 mars 2022 et n° 2024-349 du 16 avril 2024, le Gouvernement a ainsi entendu simplifier et rationaliser l'organisation et le fonctionnement de ces instances dans un contexte de pénurie de médecins, sur le modèle des évolutions déjà engagées dans la fonction publique de l'État. Cette réforme vise à recentrer la formation plénière sur les situations les plus complexes et à fort impact sur la carrière, et à confier à la formation restreinte le traitement d'un plus grand nombre de dossiers courants, afin de réduire les délais d'instruction et de sécuriser les parcours des agents.

La CMS est quant à elle notamment compétente pour traiter des recours contre les avis des formations restreintes. Conscient des difficultés créées par certains délais d'examen des recours contre les avis de la formation restreinte formulés par les agents devant le CMS et par les disparités d'appréciation entre départements qui peuvent exister, le Gouvernement suit avec attention les effets concrets de ce nouveau cadre, notamment l'augmentation du nombre de dossiers examinés par la formation restreinte, augmentant mécaniquement le nombre de dossiers pouvant être contestés devant le CMS. Ainsi, un bilan des délais de traitement et des volumes de recours devant le CMS sera réalisé, en lien avec les centres de gestion et les employeurs territoriaux, afin d'objectiver les éventuels points de blocage et les évolutions afférentes qui pourraient être envisagées.