Dans la fonction publique territoriale, la gestion des arrêts maladie intervenant en cours de journée soulève régulièrement des interrogations opérationnelles. De nombreux services RH sont confrontés à la même situation : un agent exerce ses fonctions le matin, consulte un médecin dans la journée, puis transmet un arrêt de travail établi à la date du jour, sans précision d’horaire. Peut-il alors prétendre à la reconnaissance des heures effectuées ? L’employeur peut-il les comptabiliser au titre du temps de travail effectif ?

La réponse repose sur une articulation rigoureuse entre le droit statutaire, la notion de service fait et le régime juridique des congés de maladie.

Lorsqu’un certificat médical mentionne une date de début d’arrêt sans préciser d’horaire, l’arrêt produit ses effets sur l’ensemble de la journée civile.

Ce principe découle directement de la nature du congé de maladie, qui s’apprécie en jours calendaires et non en fraction horaire. Juridiquement, l’agent est donc placé en congé de maladie pour la totalité de la journée, y compris s’il a effectivement exercé ses fonctions durant une partie de celle-ci.

Dans cette hypothèse, les heures réalisées avant la consultation médicale ne peuvent être regardées comme du temps de travail effectif. Elles ne peuvent, par conséquent, ouvrir droit ni à récupération, ni à crédit d’heures, ni à valorisation spécifique.

Cette position repose sur une pratique administrative constante, cohérente avec la logique statutaire du congé de maladie fondée sur l’incapacité à exercer les fonctions. Le congé de maladie suspend l’obligation de service pour la journée entière et ne peut, sauf mention expresse, être fractionné à l’intérieur d’une même journée.

En pratique, l’absence de mention horaire conduit à neutraliser intégralement la journée au titre du congé de maladie.

Lorsque le certificat médical précise explicitement un horaire de début d’arrêt, par exemple « à compter de 14h », l’arrêt de travail ne couvre que la période postérieure à cet horaire. Les heures accomplies avant le début de l’arrêt relèvent alors pleinement du service fait.

Elles doivent être reconnues comme du temps de travail effectif et intégrées dans le décompte du temps de travail de l’agent. Cette reconnaissance peut avoir des incidences sur les droits à récupération, le décompte des heures supplémentaires ou encore le respect des obligations de service.

Cette distinction permet de concilier la réalité du travail accompli avec la portée juridique de l’arrêt de travail, en apportant une réponse équilibrée et conforme au droit.

Exemple de règle interne à formaliser : « Tout arrêt de travail ne comportant pas de précision horaire est réputé couvrir l’intégralité de la journée, sans possibilité de valorisation des heures éventuellement effectuées le jour même. »

Au regard de ces éléments, les employeurs territoriaux doivent adopter une doctrine de gestion claire, homogène et juridiquement sécurisée.

Il convient de considérer systématiquement que tout arrêt de travail dépourvu de précision horaire couvre l’intégralité de la journée. Aucune valorisation des heures éventuellement effectuées le jour même ne doit être opérée.

Cette position garantit l’égalité de traitement entre les agents et limite les risques contentieux liés à des pratiques divergentes.

Au-delà de la règle juridique, un enjeu important réside dans la pédagogie.

Il est fortement recommandé d’informer les agents qu’en cas de consultation médicale en cours de journée, ils peuvent demander au praticien de préciser un horaire de début d’arrêt. Cette mention permet une prise en compte fidèle du temps réellement travaillé et évite les situations perçues comme injustes.

Cette information peut être intégrée dans les règlements du temps de travail, les notes de service ou les guides RH internes afin d’assurer une diffusion claire et homogène de la règle.

Plusieurs éléments doivent retenir l’attention des services des ressources humaines.

La cohérence des pratiques constitue un enjeu majeur. Toute dérogation ou traitement individualisé expose l’employeur à des contestations fondées sur une rupture d’égalité de traitement.

La traçabilité est également essentielle. Les certificats médicaux doivent être examinés avec rigueur afin de vérifier la présence ou l’absence d’une mention horaire.

Enfin, il convient de rappeler que la rémunération et le régime indemnitaire suivent le régime du congé de maladie. La journée est donc traitée comme telle, indépendamment du temps éventuellement travaillé.

Le cadre juridique repose sur les dispositions du Code général de la fonction publique relatives aux congés de maladie, notamment les articles L. 822-1 et suivants.

La logique statutaire du congé de maladie, fondée sur l’impossibilité d’exercer les fonctions, conduit à une appréciation en jours calendaires et non en fraction de journée, sauf mention explicite contraire figurant sur le certificat médical.

La règle est sans ambiguïté : en l’absence de précision horaire sur un certificat médical, la journée est juridiquement considérée comme entièrement non travaillée, même si l’agent a exercé une partie de ses fonctions.

Seule la mention explicite d’un horaire de début d’arrêt permet de reconnaître les heures accomplies en amont comme du service fait.

Pour les employeurs territoriaux, l’enjeu est double : sécuriser les pratiques sur le plan juridique et accompagner les agents dans la compréhension de ces règles afin de prévenir les incompréhensions et tensions.

Au-delà de cette question ponctuelle, ce sujet s’inscrit dans une problématique plus large de pilotage du temps de travail et de sécurisation globale des pratiques RH. La formalisation de règles claires, leur diffusion auprès des agents et leur application homogène constituent des leviers essentiels pour fiabiliser la gestion des absences, renforcer la sécurité juridique des décisions et consolider la crédibilité de la fonction RH au sein des collectivités.

Par Pascal NAUD

Président, fondateur de www.naudrh.com

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