Le congé spécial trouve son origine dans la loi n° 84-53 du 26 janvier 1984 portant dispositions statutaires relatives à la fonction publique territoriale (art. 99). Il a été conçu comme un dispositif de fin de carrière afin de sécuriser la situation des fonctionnaires en détachement sur un emploi fonctionnel. Ainsi, aux termes des articles L. 544-10 et suivants du code général de la fonction publique (CGFP) et de l'article 6 du décret n° 88-614 du 6 mai 1988, le fonctionnaire à moins de cinq ans de son âge d'ouverture du droit pension, qui compte au moins vingt ans de services civils et militaires valables pour le calcul de ses droits à pension et qui occupe un emploi fonctionnel en position de détachement depuis deux ans au moins peut, sur autorisation, être mis en congé spécial pour une durée maximale de cinq ans. Le congé spécial est accordé de droit dans les mêmes conditions au fonctionnaire déchargé de ses fonctions par l'autorité territoriale, sans toutefois que puisse lui être opposée la condition d'une occupation de son emploi depuis deux ans au moins. A l'expiration du congé spécial, le fonctionnaire est mis d'office à la retraite (article L. 544-16 CGFP).

Le fonctionnaire perçoit, pendant son congé spécial, une rémunération égale au montant du traitement indiciaire atteint à la date de la mise en congé, majoré du montant de l'indemnité de résidence et, s'il y a lieu, du supplément familial de traitement. Pendant cette période, il peut exercer une activité rémunérée, la rémunération versée au titre du congé spécial étant alors réduite dans les proportions fixées par l'article 8 du décret n° 88-614 précité. Ce dispositif, qui n'a plus d'équivalent dans la fonction publique d'État, bénéficie environ à 500 fonctionnaires dans la fonction publique territoriale (données du rapport social unique (RSU). Le budget des collectivités territoriales concernées se trouve significativement impacté par la rémunération simultanée de deux agents sur le même emploi, le fonctionnaire en congé spécial « cessant définitivement d'exercer ses fonctions » (CE 14/05/2007 n° 286146). Dans le texte déposé au Sénat le 15 avril 2026, l'article 15 du projet de loi portant simplification des normes applicables aux collectivités territoriales prévoyait la mise en extinction du congé spécial.

Aucun nouveau congé n'aurait pu être accordé à compter du premier jour du mois suivant l'entrée en vigueur de la loi, tandis que les droits des agents déjà placés dans cette situation auraient été intégralement préservés jusqu'à leur terme. Le projet comportait également une mesure transitoire destinée à neutraliser, pour les congés ayant débuté avant le 1er septembre 2023, certaines conséquences du relèvement de l'âge d'ouverture des droits à la retraite. Cette mesure répondait à un objectif de rationalisation pleinement justifié.

Le congé spécial constitue en effet un régime particulièrement dérogatoire, bénéficiant à un nombre limité de cadres territoriaux et permettant le maintien, pendant une durée pouvant atteindre cinq ans, d'un traitement indiciaire sans exercice effectif de fonctions. Son coût repose entièrement sur la collectivité concernée, qui doit parallèlement rémunérer le successeur de l'agent sur l'emploi fonctionnel. Son extinction aurait en outre rapproché la situation de la fonction publique territoriale de celle de la fonction publique de l'État, dans laquelle un tel dispositif n'existe plus.

Le Sénat a néanmoins choisi, à l'initiative de sa commission des lois, de supprimer l'ensemble des dispositions mettant ce régime en extinction. Ce choix conduit à pérenniser un dispositif ancien et coûteux, alors même que les agents concernés disposent d'autres garanties statutaires et de plusieurs solutions individualisées, dont la rupture conventionnelle. Le texte adopté par le Sénat le 24 juin 2026 ne conserve ainsi que la mesure transitoire relative aux congés ayant débuté avant le 1er septembre 2023.