Dans les directions des ressources humaines territoriales, la gestion des congés de maladie ordinaire fait partie de ces activités que l'on considère parfois comme parfaitement maîtrisées. Les procédures existent, les gestionnaires connaissent les circuits de transmission des arrêts de travail et les logiciels de paie sont paramétrés pour calculer les droits à rémunération. Pourtant, lorsqu'on examine les dossiers individuels les plus complexes, on constate que cette apparente simplicité recouvre des difficultés juridiques et organisationnelles bien réelles.

Un fonctionnaire qui enchaîne plusieurs arrêts sur une période de douze mois, un agent contractuel dont les droits à rémunération doivent être articulés avec les indemnités journalières de sécurité sociale, un départ à la retraite intervenant après une longue absence ou encore un retour au travail nécessitant un aménagement de poste sont autant de situations qui exigent une analyse dépassant largement l'enregistrement administratif d'une absence.

Les évolutions intervenues en 2025 ont rendu cette vigilance encore plus nécessaire. La réduction à 90 % du traitement pendant les trois premiers mois de congé de maladie ordinaire et les nouvelles règles de report des congés annuels ont modifié des mécanismes que les collectivités appliquaient parfois depuis de nombreuses années sans avoir eu à les réexaminer en profondeur.

Pour les DRH, le sujet ne consiste donc pas uniquement à mettre à jour une procédure ou à vérifier le paramétrage d'un logiciel. Il s'agit de s'assurer que les pratiques de gestion demeurent juridiquement fiables, que les agents reçoivent une information compréhensible sur leurs droits et que les différentes composantes de la fonction RH travaillent de manière suffisamment coordonnée.

1. Une réforme de la rémunération dont les conséquences ne se limitent pas à la paie

Depuis le 1er mars 2025, les fonctionnaires territoriaux placés en congé de maladie ordinaire perçoivent, dans les conditions prévues par les textes, 90 % de leur traitement pendant les trois premiers mois, contre 100 % auparavant. Les neuf mois suivants demeurent soumis au régime du demi-traitement, dans la limite des droits statutaires ouverts.

Cette modification peut sembler relativement simple. Elle représente pourtant un changement sensible pour les agents concernés, particulièrement lorsque les arrêts se prolongent ou se répètent.

La première difficulté concerne le calcul des droits. Le congé de maladie ordinaire s'apprécie dans une période de référence de douze mois consécutifs. Il ne suffit donc pas de constater qu'un nouvel arrêt débute pour considérer que l'agent bénéficie automatiquement de trois nouveaux mois rémunérés à 90 %. Les périodes antérieures doivent être prises en compte pour déterminer les droits encore disponibles.

Cette exigence est bien connue des gestionnaires expérimentés, mais elle mérite d'être rappelée à une période où les situations d'arrêts successifs peuvent donner lieu à des incompréhensions importantes.

La question devient plus délicate encore lorsqu'on examine les différentes composantes de la rémunération. Le traitement indiciaire, la nouvelle bonification indiciaire, l'indemnité de résidence, le supplément familial de traitement et le régime indemnitaire ne relèvent pas nécessairement de règles identiques.

En matière indemnitaire, les collectivités doivent notamment tenir compte des dispositions réglementaires applicables, du principe de parité et de leurs propres délibérations. Une baisse du traitement ne permet pas, à elle seule, de déterminer les conséquences exactes sur toutes les primes versées à l'agent.

La situation des contractuels doit également être traitée distinctement. Leurs droits au maintien de rémunération dépendent des dispositions qui leur sont propres, notamment de leur ancienneté, et doivent être articulés avec les prestations de l'assurance maladie.

Ces différences imposent une vigilance particulière dans le paramétrage des logiciels de paie. Un calcul automatisé n'est fiable que si les règles qui le fondent sont correctement identifiées. Or, les anomalies les plus difficiles à détecter ne proviennent pas toujours d'une erreur de saisie. Elles peuvent résulter d'une règle générale appliquée à une situation qui relevait d'un régime particulier.

Il existe également une dimension sociale qu'il serait imprudent de négliger. Un agent placé en arrêt de maladie peut découvrir une réduction de sa rémunération au moment même où sa situation personnelle est fragilisée. La DRH a tout intérêt à anticiper cette difficulté en expliquant les conséquences financières prévisibles des arrêts prolongés, les éventuelles échéances de passage au demi-traitement et les garanties de prévoyance susceptibles d'être mobilisées.

2. La journée de carence reste un point de vigilance dans les situations particulières

La journée de carence est désormais une règle familière aux services RH. Pour autant, son application continue de soulever des difficultés dans certaines situations individuelles.

Le principe est connu : sauf exception prévue par les textes, le premier jour d'un congé de maladie ordinaire ne donne pas lieu à rémunération. Mais ce principe ne dispense pas de vérifier la nature de l'arrêt et son articulation avec les périodes précédentes.

Une prolongation sans reprise effective ne doit pas être assimilée à un nouvel arrêt donnant systématiquement lieu à une nouvelle retenue. De même, certaines reprises de très courte durée suivies d'un nouvel arrêt pour la même affection peuvent relever d'une exception réglementaire.

D'autres situations bénéficient de protections particulières, notamment dans le cadre de certaines affections de longue durée ou de congés intervenant dans des circonstances expressément prévues par la loi.

La difficulté est aussi de ne pas confondre les mécanismes applicables aux fonctionnaires avec ceux qui concernent les agents contractuels relevant du régime général de sécurité sociale. La journée de carence applicable dans la fonction publique et le délai de carence des indemnités journalières de sécurité sociale ne répondent pas exactement aux mêmes règles.

Pour une direction des ressources humaines, ces distinctions peuvent paraître très techniques. Elles ont pourtant des conséquences directes sur les bulletins de paie et sur la compréhension des retenues opérées.

Il est donc utile que les gestionnaires disposent d'une procédure permettant d'identifier les situations dans lesquelles l'application automatique de la journée de carence doit être vérifiée. Cette précaution est particulièrement importante lorsque les arrêts se succèdent, que leur qualification évolue ou qu'une régularisation intervient plusieurs mois après les faits.

3. Le report des congés annuels oblige les collectivités à revoir leur manière de suivre les droits

Le décret n° 2025-564 du 21 juin 2025 constitue une évolution importante dans la gestion des congés annuels des agents publics.

Il a précisé les conditions dans lesquelles les droits à congé annuel qui n'ont pas pu être exercés peuvent être reportés ou, dans certaines situations, indemnisés. Ces dispositions répondent notamment à la nécessité de mettre le droit national en conformité avec les exigences européennes relatives au droit au congé annuel payé.

Pour les collectivités territoriales, la difficulté ne réside pas seulement dans l'existence d'un droit au report. Elle concerne la manière dont les droits doivent désormais être identifiés, suivis et, le cas échéant, liquidés.

Un agent placé en congé pour raison de santé continue à acquérir des droits à congé annuel selon les règles applicables à sa situation. Lorsque son absence l'empêche de les exercer, un mécanisme de report peut être mobilisé.

Ce report est cependant encadré. Le droit garanti porte notamment sur une durée maximale correspondant à quatre semaines de congé annuel par année de référence dans les situations prévues par les textes. Il convient donc de distinguer ces droits des autres jours pouvant figurer dans les compteurs de l'agent, notamment la cinquième semaine de congés annuels, les jours de fractionnement ou les jours de réduction du temps de travail.

Cette distinction est loin d'être secondaire. Les collectivités ont parfois pris l'habitude de présenter aux agents un solde global de congés, sans identifier précisément l'origine des jours ni les règles qui leur sont applicables.

Une telle présentation peut devenir insuffisante lorsqu'il faut déterminer les droits conservés après une longue période de maladie.

La période de report est, en principe, de quinze mois. Son point de départ dépend toutefois de la situation considérée. Les règles ne sont pas nécessairement identiques selon que les congés n'ont pas pu être pris avant ou pendant une absence, ou qu'ils ont été acquis au cours d'une période prolongée de maladie.

Dans certaines hypothèses, la période de report peut commencer à courir avant la reprise effective des fonctions.

Cette particularité impose une gestion beaucoup plus précise que celle qui consistait simplement à transférer un solde de congés d'une année sur l'autre.

Un agent absent pendant plusieurs exercices peut ainsi disposer de droits acquis à des périodes différentes, dont les échéances ne coïncident pas. Pour reconstituer correctement sa situation, il devient nécessaire de raisonner par année de référence et par catégorie de droits.

Les DRH doivent donc s'interroger sur la capacité de leurs logiciels de gestion du temps à conserver ces informations. Un système qui affiche uniquement un solde disponible, sans permettre de retrouver la date d'acquisition et les conditions de report, risque de compliquer considérablement le traitement des dossiers anciens.

Cette évolution est révélatrice d'un changement plus général. La gestion des congés annuels ne peut plus être considérée comme une opération isolée du suivi des absences pour raison de santé.

Les deux domaines sont désormais étroitement liés.

4. L'information individuelle sur les congés reportés devient une étape essentielle de la reprise

Le nouveau dispositif ne se limite pas à organiser les conditions du report. Il prévoit également une obligation d'information de l'agent sur ses droits.

Après la reprise des fonctions, l'administration doit, dans le délai réglementaire d'un mois, communiquer les informations relatives aux congés annuels concernés et aux conditions dans lesquelles ils peuvent être utilisés.

Cette obligation mérite une attention particulière.

Dans de nombreuses collectivités, les agents peuvent consulter leurs compteurs de congés dans un portail RH. Cette possibilité constitue un progrès, mais elle ne garantit pas nécessairement que l'information délivrée soit suffisamment précise pour satisfaire aux exigences réglementaires.

La collectivité doit pouvoir identifier les droits concernés, les échéances applicables et les conditions dans lesquelles l'agent peut effectivement exercer ses congés.

Il est également important de conserver une trace de l'information communiquée. En cas de contestation ultérieure, la capacité à établir ce qui a été porté à la connaissance de l'agent peut devenir déterminante.

Il faut toutefois éviter une lecture trop générale des conséquences d'un défaut d'information. Toutes les situations de report ne sont pas soumises à des modalités identiques, notamment lorsque des droits ont été acquis pendant une longue absence. L'absence de notification ne permet donc pas de conclure, sans examen du dossier, à la conservation illimitée de l'ensemble des congés.

La bonne méthode consiste à reconstituer les droits concernés, à identifier les périodes de report applicables et à vérifier les informations effectivement transmises.

Cette démarche suppose une coordination entre les gestionnaires de carrière, les services chargés du temps de travail et les responsables de proximité. Le retour de l'agent ne devrait plus être considéré comme la simple clôture d'un arrêt dans le système d'information RH.

Il constitue également le moment où plusieurs droits doivent être réexaminés et où certaines obligations d'information doivent être satisfaites.

5. Les départs définitifs rendent indispensable une liquidation rigoureuse des congés non pris

La question des congés annuels devient particulièrement sensible lorsqu'un agent quitte définitivement son employeur après une longue absence pour raison de santé.

Un départ à la retraite, une fin de contrat ou une autre cessation définitive des fonctions peut intervenir alors que l'intéressé n'a pas été en mesure de prendre tout ou partie de ses congés annuels.

Dans les conditions prévues par les textes, certains droits peuvent alors donner lieu à une indemnité compensatrice.

La difficulté consiste à déterminer précisément les jours indemnisables et leur valeur.

Il faut tenir compte des années concernées, des plafonds applicables, des éventuelles périodes de report et des règles de calcul de la rémunération de référence.

Une liquidation fondée sur un solde global de congés peut conduire à des erreurs, notamment si ce solde comprend des jours soumis à des régimes différents.

De la même manière, tous les éléments figurant sur le bulletin de paie ne sont pas nécessairement pris en compte selon les mêmes modalités pour calculer l'indemnité.

La direction des ressources humaines doit donc pouvoir justifier la méthode retenue. Dans les situations complexes, une fiche de liquidation détaillant l'origine des droits, les jours indemnisés et les éléments de rémunération utilisés constitue une précaution utile.

Cette traçabilité protège à la fois l'agent et la collectivité. Elle permet d'expliquer le montant versé et de sécuriser une dépense qui peut être significative lorsque l'absence s'est prolongée.

6. La gestion d'un arrêt maladie ne devrait pas être fragmentée entre plusieurs services

L'une des difficultés les plus fréquentes tient à l'organisation interne de la fonction RH.

Dans certaines collectivités, le service chargé des carrières suit les droits statutaires, le service de paie applique les conséquences financières, les gestionnaires du temps de travail assurent le suivi des congés annuels et les responsables hiérarchiques organisent le fonctionnement des équipes.

Cette répartition est parfaitement légitime. Elle peut toutefois devenir une source de fragilité lorsqu'aucun processus ne permet de relier les informations.

Un gestionnaire peut connaître la date de fin prévisionnelle d'un arrêt sans disposer d'une vision complète des droits à rémunération. Un autre peut constater un passage au demi-traitement sans avoir été associé à l'information préalable de l'agent. Les droits à congés annuels reportés peuvent être identifiés tardivement, parfois à l'occasion d'un départ définitif.

Ces situations ne résultent pas nécessairement d'une insuffisance professionnelle des gestionnaires. Elles traduisent souvent un cloisonnement des responsabilités et des systèmes d'information.

La gestion du congé de maladie ordinaire gagnerait à être organisée comme un processus continu, depuis la réception de l'arrêt jusqu'à la reprise effective des fonctions.

Cela suppose une identification claire des responsabilités, des alertes sur les échéances statutaires et financières, ainsi qu'une procédure permettant de traiter les situations qui ne relèvent pas d'une application automatique des règles.

L'objectif n'est pas de multiplier les contrôles administratifs. Il est de réduire les risques d'erreur en permettant à chaque intervenant de disposer, au bon moment, des informations nécessaires à sa mission.

7. Le maintien du lien pendant l'absence doit rester respectueux de la situation de l'agent

La gestion du congé de maladie ordinaire ne se limite pas aux droits statutaires.

Lorsqu'une absence se prolonge, le lien entre l'agent et son environnement professionnel peut progressivement s'affaiblir. L'organisation du service évolue, certains dossiers sont redistribués, de nouveaux interlocuteurs apparaissent et les pratiques de travail peuvent changer.

Au moment de la reprise, l'agent peut découvrir une situation sensiblement différente de celle qu'il avait quittée.

Le maintien d'un contact adapté peut contribuer à limiter ces difficultés. Il peut permettre de transmettre certaines informations utiles ou de présenter les dispositifs d'accompagnement disponibles.

Mais cette démarche exige du discernement.

Un agent placé en congé de maladie n'a pas à poursuivre ses activités professionnelles pendant son arrêt. Il n'appartient pas non plus au responsable hiérarchique de rechercher des informations sur son diagnostic ou sur les soins qui lui sont prescrits.

Des contacts trop fréquents, même lorsqu'ils sont présentés comme bienveillants, peuvent être ressentis comme une pression sur la durée de l'absence ou sur la date de reprise.

Les DRH ont donc intérêt à accompagner les managers sur ce sujet. Il s'agit de leur permettre de maintenir une relation professionnelle appropriée, sans remettre en cause le droit au repos de l'agent ni empiéter sur le domaine médical.

La qualité de cette relation peut avoir une influence importante sur les conditions du retour au travail.

8. La préparation de la reprise ne doit pas être réduite à une formalité administrative

Le retour d'un agent après une absence prolongée est souvent abordé sous l'angle de sa situation statutaire. La DRH vérifie la fin du congé, les éventuelles conditions médicales de reprise et les conséquences sur la rémunération.

Ces vérifications sont indispensables. Elles ne suffisent pas toujours.

La reprise peut être juridiquement régulière tout en étant difficile sur le plan professionnel. Le poste a évolué, la charge de travail a augmenté, certaines missions ont été confiées à d'autres agents ou des tensions antérieures demeurent.

Il est donc utile de préparer le retour en associant, selon les circonstances, le responsable hiérarchique, la DRH et les professionnels de prévention compétents.

Le rôle du médecin du travail ou du service de médecine préventive doit être clairement identifié. Son intervention peut contribuer à apprécier les conditions de maintien dans l'emploi, les besoins d'aménagement et les mesures de prévention nécessaires.

Il convient toutefois de ne pas transposer indistinctement aux fonctionnaires territoriaux les règles de visite de reprise prévues pour les salariés du secteur privé. Les obligations doivent être appréciées selon le statut de l'agent, la nature du congé et les dispositions applicables.

Lorsque la situation le justifie, la collectivité peut être amenée à examiner un aménagement du poste, une adaptation des horaires ou un temps partiel pour raison thérapeutique, dans les conditions réglementaires prévues.

Ces mesures supposent une coordination rigoureuse. Le manager doit connaître les adaptations nécessaires à l'organisation du travail, sans avoir accès aux informations médicales confidentielles qui ne le concernent pas.

La préparation de la reprise doit également intégrer les droits à congés annuels reportés. Leur notification et leur programmation éventuelle peuvent avoir une incidence directe sur l'organisation du service.

Une reprise réussie suppose donc de concilier plusieurs exigences qui ne relèvent pas toutes du même interlocuteur.

9. L'entretien de réaccueil peut être utile, à condition de ne pas devenir un contrôle de l'absence

L'entretien de réaccueil est parfois présenté comme une réponse aux difficultés de reprise après un congé de maladie.

Son intérêt est réel lorsqu'il permet de faciliter le retour de l'agent, de clarifier les priorités et de prendre en compte les évolutions intervenues pendant son absence.

Il faut néanmoins rappeler qu'il ne constitue pas une formalité statutaire générale obligatoire après chaque congé de maladie ordinaire.

Il s'agit d'un outil de management qui doit être utilisé avec mesure.

L'entretien ne doit pas devenir un moment où l'agent est invité à justifier son arrêt ou à communiquer des informations médicales. Il doit rester centré sur les conditions professionnelles de la reprise.

Le responsable peut présenter les changements d'organisation, les dossiers prioritaires, les moyens disponibles et les éventuelles adaptations du travail. Il peut également vérifier que l'agent dispose des informations nécessaires pour retrouver progressivement sa place dans le collectif.

Une attention particulière doit être portée à la charge de travail. Après une absence prolongée, il serait peu réaliste de considérer que l'agent peut immédiatement reprendre l'intégralité de ses missions tout en absorbant les dossiers accumulés pendant son absence.

La fixation de priorités et l'organisation d'un point de suivi quelques semaines après la reprise peuvent contribuer à prévenir de nouvelles difficultés.

Pour les DRH, l'enjeu consiste à faire de cet entretien un outil d'accompagnement, et non un instrument de surveillance de l'absentéisme.

10. Les arrêts courts et répétés doivent conduire à une analyse des situations de travail

Les absences courtes et répétées constituent une préoccupation légitime pour les employeurs territoriaux.

Elles peuvent désorganiser les services, compliquer les remplacements et accroître la charge de travail des agents présents. Dans les secteurs soumis à des contraintes de continuité particulièrement fortes, leurs conséquences peuvent être importantes.

Pour autant, la répétition des arrêts ne suffit pas à caractériser un comportement abusif.

Une analyse exclusivement quantitative de l'absentéisme peut conduire à des interprétations erronées et à des décisions managériales inadaptées.

Les données d'absence présentent un intérêt lorsqu'elles sont replacées dans leur contexte. Elles peuvent permettre d'identifier des difficultés d'organisation, des contraintes professionnelles importantes ou des situations nécessitant une intervention des acteurs de prévention.

Cette démarche suppose de croiser les indicateurs avec d'autres informations, notamment celles relatives aux conditions de travail, à l'organisation des équipes et aux risques professionnels.

Le rapport social unique peut constituer un support utile à cette analyse, à condition de ne pas en tirer des conclusions automatiques sur les causes des absences.

Pour les DRH, la difficulté consiste à maintenir un équilibre entre les exigences de continuité du service et le respect des droits des agents.

La prévention de l'absentéisme ne peut pas se réduire à une politique de contrôle. Elle doit également interroger les conditions dans lesquelles les agents exercent leurs missions et les moyens dont disposent les responsables pour organiser le travail.

11. Ce que les évolutions récentes changent réellement pour les directions des ressources humaines

La gestion du congé de maladie ordinaire a longtemps été considérée comme un domaine essentiellement administratif. Les réformes récentes montrent les limites de cette approche.

La réduction de la rémunération pendant les premiers mois d'arrêt impose une vigilance accrue sur les calculs de paie et sur l'information des agents. Les nouvelles règles de report des congés annuels nécessitent un suivi individualisé des droits, parfois sur plusieurs années. Les obligations d'information rendent indispensable une meilleure traçabilité des démarches accomplies.

À ces exigences s'ajoutent les questions de maintien dans l'emploi, de préparation des reprises et de prévention des risques professionnels.

Pour une direction des ressources humaines, la réponse ne réside pas nécessairement dans la multiplication des procédures. Elle consiste plutôt à revoir les articulations entre les différents métiers RH.

Les gestionnaires de carrière, les services de paie, les responsables du temps de travail, les managers et les acteurs de prévention doivent pouvoir intervenir dans un cadre cohérent.

Cette coordination suppose également de former les responsables hiérarchiques aux limites de leur rôle. Ils doivent pouvoir organiser le fonctionnement du service et accompagner les reprises, sans intervenir dans la gestion des informations médicales ni prendre des initiatives contraires aux droits statutaires des agents.

La fiabilité des données constitue enfin un enjeu majeur. Une collectivité doit pouvoir reconstituer les droits d'un agent, expliquer les conséquences financières d'un arrêt et justifier les modalités de report ou d'indemnisation de ses congés annuels.

Ce sont souvent ces capacités de reconstitution et d'explication qui font la différence lorsqu'un dossier devient contentieux.

12. Conclusion : la qualité de la gestion du CMO se mesure à la fiabilité des décisions et à l'accompagnement des agents

Les congés de maladie ordinaire font partie du fonctionnement quotidien des collectivités territoriales. Leur fréquence ne doit pas conduire à en banaliser la gestion.

Chaque dossier mobilise des règles statutaires, des conséquences financières et, parfois, des enjeux importants de santé au travail.

Les évolutions intervenues en 2025 ont renforcé les exigences pesant sur les employeurs. Elles obligent les directions des ressources humaines à examiner leurs pratiques avec davantage de précision, particulièrement en matière de rémunération et de congés annuels reportés.

Mais l'enjeu ne se limite pas à l'application correcte des nouveaux textes.

Il concerne également la manière dont la collectivité accompagne les agents pendant leur absence, prépare leur retour et organise la continuité du service.

Un dispositif RH fiable doit permettre de traiter les situations courantes avec efficacité, tout en conservant la capacité d'examiner individuellement les dossiers qui présentent une difficulté particulière.

Pour les DRH territoriaux, cette exigence est devenue centrale. Elle suppose de conjuguer maîtrise statutaire, qualité des données, coordination des services et discernement managérial.

C'est dans cette articulation que se joue aujourd'hui la qualité de la gestion des congés de maladie ordinaire.

Références juridiques

Code général de la fonction publique : dispositions relatives aux congés pour raison de santé et à la rémunération des agents publics, notamment l'article L. 822-3.

Loi n° 2025-127 du 14 février 2025 de finances pour 2025 : article 189 relatif à la rémunération des congés de maladie ordinaire.

Décret n° 2025-197 du 27 février 2025 : adaptation des règles de rémunération de certains congés de maladie ordinaire.

Décret n° 87-602 du 30 juillet 1987 : régime des congés pour raison de santé des fonctionnaires territoriaux.

Décret n° 88-145 du 15 février 1988 : dispositions applicables aux agents contractuels de la fonction publique territoriale.

Décret n° 2025-564 du 21 juin 2025 : régimes dérogatoires de report et d'indemnisation des droits à congé annuel dans la fonction publique.